A Cistanche kloroplaszt genomjának kodonhasználati torzításának elemzése
Mar 08, 2023
Absztrakt:
Célkitűzés A kloroplasztisz genom kodonhasználati torzításának és befolyásoló tényezőinek tisztázása négy Cistanche spp. gyógynövényben. Módszerek A kodonhasználati torzítás paramétereiCistanche deserticola, Cistanchesalsa ésCistanchetubulosaCUSP, CodonW 1.4.2, SPSS és Microsoft Excel segítségével elemeztük.
Eredmények Négy Cistanche faj kloroplaszt genomja hasonló kodonhasználati mintázatot mutatott, a kodonok harmadik bázisa mindegyike A/T-re végződött, és az A/T bázisokat előnyösebben használja.
A négy faj ENC (effektív kodonszáma) értéke mind 35 felett volt, ami azt jelzi, hogy a kloroplaszt gének kodonpreferenciája a Cistanche spp. gyenge. A semlegességi diagram, az ENC-plot, a PR2- torzítási diagram és a korrespondencia analízis eredményei azt mutatták, hogy a természetes szelekció volt a fő tényező, amely befolyásolja a kloroplasztisz genom kodonhasználati torzítását a Cistanche spp. Az RSCU (relatív szinonim kodonhasználat) értékeket négy optimális kodon azonosítására használtuk, amelyeken négy Cistanche spp. faja osztozik.
Következtetések Ebben a tanulmányban négy fajta kloroplasztisz genomjának kodonhasználati torzítását elemeztük.Cistanche tubulosa. és feltárta a kodon torzítást befolyásoló tényezőket, amelyek megfelelő elméleti alapot szolgáltattak a fajok szisztematikus evolúciójának, környezeti alkalmazkodásának és fajtajavításának tanulmányozásához.Cistanchemolekuláris szinten.
Kattintson ide a Cistanche Tubulosa kivonat beszerzéséhez
Kérdezz többet:
E-mail:wallence.suen@wecistanche.com Whatsapp plus 86 15292862950
Cistanche Hoffmanns. A & Link az Orobanchaceae családjába tartozó évelő parazita gyógynövény, főként Európában és Ázsiában elterjedt, négy fajjal.CistancheBelső-Mongóliában, Ningxiában, Gansuban, Csinghajban és Hszincsiangban [1].
Közöttük,Cistanche deserticola Maa legmagasabb gyógyászati értékkel rendelkezik, és "sivatagi ginzeng" néven ismert, mivel főként sivatagi területeken nő. A Cistanche nemzetséghez tartozó gyógynövények azonban a növények osztályozása [2] és a kereskedelemben kapható fajok használata terén zavart okoz [3]. A kloroplasztok a legtöbb zöld növényben a fotoszintézis helyszínei, részt vesznek a fejlődési és másodlagos metabolikus tevékenységekben [4], és koordinálják a génexpressziót az organellumok és a nukleáris genom között [5]. A kloroplasztiszoknak autonóm módon öröklött genomjuk van, és széles körben használják olyan vizsgálatokban, mint a növényi filogenetikai elemzés, a fajok azonosítása és a genetikai sokféleség kifejezése. Az elmúlt években a kloroplaszt genom nagy áteresztőképességű szekvenálási technológiájának érlelésével a Cistanche, a Cistanche salina C. salsa (CA Mey.) G. Beck, a Cistanche salsa C. sinensis G. Beck és a Cistanche tubulosa Wight nemzetség több növénye is megjelent. kloroplasztisz-szekvenálási vizsgálatoknak vetették alá, valamint ezek filogenetikai és genetikai jellemzőit. Azonban a Cistanche spp. jelentették.
A kodon, más néven genetikai kód, a híd a nukleinsavak és a fehérjék között. híd a nukleinsavak és a fehérjék között, és fontos felismerése és átvitele a biológiai genetikai információs kodonoknak, más néven genetikai kódoknak, fontos vektorok a biológiai genetikai információ felismerésében és továbbításában, és döntő szerepet játszanak a biológiai öröklődésben és variációban [8 ].
A fajok közötti különbségek miatt a fehérjetranszlációs folyamatban jellemző, hogy egy vagy több faj transzlációs folyamatát alkalmazzák, hajlamosak egy vagy több specifikus szinonim kodon használatára. Ezt a jelenséget kodonhasználati torzításnak (CUB) nevezik [9]. Ezt a jelenséget kodonhasználati torzításnak (CUB) [9] nevezik, és a kodonpreferencia jelentős hatással van az mRNS transzlációjára, a DNS transzkripciójára, a fehérje szerkezetére, expressziójára és expressziójára. A kodonpreferencia fontos szerepet játszik az mRNS transzlációjában, a DNS transzkripciójában, a fehérje szerkezetében, az expresszióban, a funkcióban és a kotranszlációs foldingban, valamint más sejtmetabolikus folyamatokban. A kodonpreferencia fontos szerepet játszik a celluláris metabolikus folyamatokban, például az mRNS transzlációjában, a DNS-transzkripcióban, a fehérjeszerkezetben, az expresszióban, a működésben és a kotranszlációs foldingban [10]. Shi Yanshuo és munkatársai [11] négy Panax ginseng faj kodonpreferenciáját elemezték négy Panax Linn kloroplasztisz genom preferenciájának elemzésével. négy Panax Linn kloroplasztisz genomjának kodonpreferenciájának elemzésével. növényeket, és arra a következtetésre jutottak, hogy az azonos nemzetséghez tartozó növények szorosabb rokonságban állnak egymással. Song Yun és munkatársai [12] kimutatták, hogy az ICE1 gén kodonpreferencia alapján optimalizálható, így ellenállóbbá válik az alacsony hőmérsékletű stresszel szemben.
Song Yun és munkatársai [12] kimutatták, hogy az ICE1 gén optimalizálható alacsony hőmérsékleti stressz alatti expresszióra kodonpreferencia alapján; Li Xianhuang és munkatársai [13] azt találták, hogy Li Xianhuang és munkatársai [13] azt találták, hogy a kodonpreferencia tükrözheti a fajok közötti evolúciós kapcsolatokat; Zhang Jun Yan Li és munkatársai [13] azt találták, hogy a kodonpreferencia a fajok közötti evolúciós kapcsolatot tükrözi; Jun Yan Zhang és munkatársai [14] kimutatták, hogy a mutáció és a természetes szelekció együtt befolyásolja a Swertia bimaculate (L.) expresszióját. Zhang Junyan és munkatársai [14] kimutatták, hogy a mutáció és a természetes szelekció együttesen befolyásolja a Swertia bimaculate (Sieb. et Zucc.) Hook evolúciós kapcsolatát. f. et Thoms. ex CB Clark kloroplaszt genom kodon preferenciája a swertia bimaculate számára (Sieb. et Zucc.) Hook. f. et Thoms. A növényi kloroplasztisz genomokban a kloroplaszt genomiális kodonpreferenciáinak vizsgálatát azért végezték, hogy alapot nyújtsanak a svéd háziasításához. Ezért a növényi kloroplasztisz genomok kodonhasználati mintáinak tanulmányozása alapot adhat a svéd háziasítására. Ezért a kloroplasztisz genomok kodonhasználati mintáinak tanulmányozása javíthatja a génexpressziós vektor építési molekuláris mechanizmusok hatékonyságát a környezethez való alkalmazkodásban és a növényfajták fejlesztésében. Ezért a növényi kloroplaszt genomok kodonhasználati mintáinak tanulmányozása adattámogatást nyújthat a génexpressziós vektorok felépítésének hatékonyságának javításához, a fajok evolúciós kapcsolatainak feltárásához, a környezethez való alkalmazkodás molekuláris mechanizmusainak megértéséhez és a növényfajok fejlesztéséhez [15].
