A DNS-metilóm és a transzkriptom által azonosított kulcsgének és útvonalak, amelyek szerepet játszanak a pettyes tojáshéj kialakulásában idős tojótyúkoknál

Absztrakt

Háttér

A baromfitojáshéj minősége szorosan összefügg a tojástermelés jövedelmezőségével. A tojáshéjfoltok fontos minőségi tulajdonságot tükröznek, amely befolyásolja a tojás megjelenését és a vásárlók preferenciáját. A foltok kialakulásának mechanizmusa azonban továbbra is kevéssé ismert. Ebben a vizsgálatban szisztematikusan hasonlítottuk össze foltos és normál tojásokat tojó tyúkok szérum immun- és antioxidáns indexeit. A tojáshéj-foltok kialakulásának mechanizmusának tisztázására transzkriptom és metilom elemzéseket használtunk.

A cistanche előnyei a férfiak számára – erősítik az immunrendszert

Kattintson ide a Cistanche Enhance Immunity termékek megtekintéséhez

【Kérjen többet】 E-mail:cindy.xue@wecistanche.com / Whats App: 0086 18599088692 / Wechat: 18599088692

Eredmények

Az eredmények azt mutatták, hogy hét differenciálisan expresszált gént (DEG) azonosítottak a normál és a foltos csoport között. A génkészlet-dúsítási analízis (GSEA) kimutatta, hogy az expresszált gének főként a kalcium jelátviteli útvonalon, a fokális adhézióban és a MAPK jelátviteli útvonalon dúsultak fel. Ezenkívül 282 differenciálisan metilált gént (DMG-t) detektáltak, amelyek közül 15 gén kapcsolódott az öregedéshez, beleértve az ARNTL-t, a CAV1-et és a GCLC-t. Az útvonal-analízis kimutatta, hogy a DMG-k összefüggésbe hozhatók a T-sejt-közvetített immunitással, az oxidatív stresszre adott válaszokkal és a DNS-károsodási ingerekre adott sejtválaszokkal. A transzkriptom és DNS metilációs adatok integrált elemzése a BFSP2-t azonosította az egyetlen átfedő génként, amely alacsony szinten expresszálódott és hipometilált a foltos csoportban.

Következtetések

Összességében ezek az eredmények azt mutatják, hogy az öregedéssel és az immunrendszerrel kapcsolatos gének és útvonalak döntő szerepet játszanak a pettyes tojáshéj kialakulásában, hasznos információkkal szolgálva a tojáshéj minőségének javításához.

cistanche tubulosa – erősíti az immunrendszert

Kulcsszavak

Tojótyúkok, Pettyes tojások, Transzkriptom, DNS-metiláció, Immunitás

Háttér

A baromfitojás az egyik legfontosabb fehérjeforrás, viszonylag alacsony ára miatt népszerű a fogyasztók körében. Az elmúlt négy évtizedben a tojástermelés jelentősen javult a speciális tojásfajták fejlődésének és a genetikai szelekciónak köszönhetően, amelynek célja: „A tojótyúkok 100 hetes takarmányozása 500 tojás előállításához” [ 1, 2]. Ennek a célnak az elérését azonban korlátozta a tojáshéj minőségének és fiziológiájának fokozatos hanyatlása a tyúkok öregedésével összefüggésben, ami megnövekedett tojáshéj tömeget, világosabb tojáshéjszínt és pettyes tojáshéjat eredményezett [3]. A vörösesbarna folt, a tojáshéj minőségi jellemzője, gyakran megjelenik a barna tojáshéj tompa végén, ami jelentősen befolyásolja a tojás megjelenését és a vásárlók preferenciáját. A tojáshéj foltosodásának mértékét pontozásos módszerrel értékelik. A foltokat a pigment intenzitása, eloszlása ​​és a foltok mérete szerint lehet pontozni [4]. Ráadásul a pettyes tojáshéj örökölhetősége 0,15-0,2 között van, ami genetikai meghatározottságra utal [5]. Ezen túlmenően egy korábbi tanulmány kimutatta, hogy az idős tyúkoknál magasabb a pettyes tojáshéj aránya, mint a fiatalabbaknak, 60 hetes koruk után eléri a 20%-ot [6]. A tojáshéj mirigy a tojásképző szerv, amely kritikus szerepet játszik a tojáshéj szerkezetében és színképzésében. A tojásképzés során a sárgája az infundibulumon, a magnumon és az isthmuson áthaladva eléri a tojáshéjmirigyet, amely nagy mennyiségű kalciumot, pigmentet, kutikulát és egyéb anyagokat választ ki, teljes tojáshéjszerkezetet és külső kutikulát alkotva [7–9 ]. A tojáshéj mirigyének bármilyen módosítása vagy károsodása hatással van a tojáshéj szerkezetének kialakulására és pigmentációjára [10–12]. A DNS-metiláció az egyik legkorábbi ismert módosulási út, amely magában foglalja a metilcsoportok átvitelét a citozin ötödik szénatomjára, és így 5-metilcitozin [13] képződik. A DNS-metiláció fontos szerepet játszik az állatok öregedési folyamatában, szabályozza az életkorral összefüggő génexpressziót, valamint a neurológiai, immunológiai és anyagcsere-betegségek etiológiáját [14–17]. Ezenkívül a DNS-metiláció környezeti tényezőkkel kombinálva különböző fenotípusokat okozhat az öregedés során [18]. Számos összetett állatállomány fenotípust kapcsoltak a DNS-metilációhoz [19, 20]. A közelmúltban az RNS-szekvenálás (RNA-seq) hasznosnak bizonyult a transzkripciós szinten meghúzódó gének és útvonalak feltárásában [21–24], mint például az embrionális izomfejlődés, a takarmányozás hatékonysága és az alomméret. Korábbi vizsgálatunk kimutatta, hogy bár a pettyes tojáshéj előfordulása nem befolyásolja a tojótyúkok teljesítményét (nem publikált adatok), a foltok befolyásolhatják a tojások megjelenését, és jelentősen csökkenthetik azok gazdasági értékét. Ráadásul a pettyes tojások kialakulásának molekuláris mechanizmusai kevéssé ismertek. Ezért ennek a tanulmánynak az volt a célja, hogy megvilágítsa a pettyes tojáshéj kialakulásának mechanizmusát transzkriptomikus és DNS-metilációs technikák segítségével. Mivel a pettyes tojáshéj örökletes és korfüggő, transzkriptomikus és DNS-metilációs elemzések kombinációját alkalmaztuk a pettyes tojáshéj kialakulásában szerepet játszó kulcsgének és útvonalak feltárására. Várhatóan a tanulmány eredményei javítani fogják a tojáshéj-jellemzők kialakulásának molekuláris mechanizmusának megértését, ami hasznos lehet az állattenyésztésben.

1. ábra Idős tojótyúkok normál és pettyes tojásai. A Normál tojás, B Foltos tojás

1. táblázat A normál és foltos csoportok szérum biokémiai paraméterei

Eredmények

A szérum biokémiai paraméterei

A typical egg and speckled egg are shown in Fig. 1. Serum antioxidant and immune indices were measured to determine the physiological status of the laying hens. Serum biochemical parameters are listed in Table 1. Serum levels of immunoglobulin G (IgG) and immunoglobulin A (IgA) are common indicators of humoral immune function. Birds in the normal group had a higher (p = 0.028) IgA content than those in the speckle group. Superoxide dismutase (SOD), catalase (CAT), total antioxidant capacity (T-AOC), glutathione (GSH), and glutathione peroxidase (GSH-PX) are important antioxidant enzymes in the body. MDA is one of the products formed by the reaction of lipids with oxygen radicals, and its content represents the degree of lipid peroxidation. These indices are important in evaluating the oxidative stress process. However, there were no differences (p >0.05) az antioxidáns paraméterekben a normál és a foltos csoport között.

A tojáshéj mirigy transzkriptom profilja

Hat cDNS-könyvtárat állítottunk elő a foltos és normál csoportokból. A minőség-ellenőrzés után összesen 615 170 158 nyers olvasást és 604 275 600 tiszta leolvasást sikerült elérni (a nyers leolvasások 98,22%-a). A HISAT2 szoftverrel történő igazítás után a leképezési arány 90, 75–93, 18% volt, és az egyedi leképezési arány minden mintában nagyobb volt, mint 73, 47% (S3 kiegészítő táblázat). A génexpressziós szinteket klaszter hőtérkép és főkomponens-analízis (PCA) segítségével szemléltetjük. Nem volt szignifikáns különbség a foltos és normál csoportból származó minták génexpressziós profiljában, mivel a minták nem alkottak különálló klasztereket (2A, B ábra). Összesen hét differenciálisan expresszált gént (DEG) azonosítottak a normál és a foltos csoport között<0.05, |log2 Fold Change|>1), beleértve két felfelé és öt leszabályozott gént (2. táblázat). A génkészlet-dúsítási elemzés (GSEA) azt mutatta, hogy négy útvonalat szignifikánsan feldúsítottak az expresszált gének (S4 kiegészítő táblázat). A negatív normalizált dúsítási pontszámok (NES) alacsonyabb expressziós szintet jeleztek bizonyos útvonalakban a normál csoportban, mint a foltos csoportban, ahol a kalcium jelátviteli útvonal, a neuroaktív ligandum-receptor kölcsönhatás, a fokális adhézió és a MAPK jelátviteli útvonal volt az legalacsonyabb kifejezés (2C. ábra). Az RNS-seq által azonosított fa DEG-eket (BFSP2, IQSEC, TMOD4) kvantitatív valós idejű PCR-rel (qRT-PCR) ellenőriztük. A három gén hasonló expressziója nyilvánvaló volt az RNA-Seq és qRT-PCR használatával, és a meghatározási együttható (R2 ) elérte a 0,93 értéket (2D. ábra), ami azt jelzi, hogy az RNS-seq adatok megbízhatóak.

2. táblázat Különbözően expresszált gének (DEG-ek) a pettyes és normál tojásokat tojó tyúkok között

2. ábra A tojáshéj mirigy transzkriptom profilja. A génexpressziós szintek hőtérképe, B Az összes gén főkomponens-analízise DEseq2 normalizált expressziós értékekkel, C Három reprezentatív génkészlet a génkészlet-dúsítási analízis eredményeiből, D A differenciálisan expresszált gének qPCR-ellenőrzési eredményei

A tojáshéj mirigy DNS-metilációs profilja

A total of 564,415,302 and 581,414,308 clean reads were obtained from the speckle and normal groups, respectively, after quality control (Supplementary Table S5), of which 73–78% were uniquely mapped to the converted chicken reference genome (GRCg6a). The cytosine (C) methylation rate of the six eggshell gland samples was approximately 3.4%, and the cytosine site methylation of CpG ranged from 55.5–to 63.9% in the two groups. The cytosine site methylation of CHH and CHG (H represents A, C, or T) was detected at a low proportion (0.3–0.4%) (Supplementary Table S5). Pearson correlation analysis of the CpG bases suggested that all samples were highly correlated (r>{{0}}.89) (3A. ábra). A PCA kimutatta, hogy a két csoportból származó minták nem különböztek szignifikánsan, mivel nem alkottak külön klasztereket (3B. ábra). Nem volt szignifikáns különbség a CG, CHG és CHH metilációs szintjei között a két csoport között (3C. ábra). A foltos csoport azonban magasabb CG-metilációs szintet mutatott, mint a normál csoport. Az ismétlődő és exon régiók mutatták a legmagasabb CG metilációs szintet, míg az 5′ UTR régió a legalacsonyabb CG metilációs szintet (3D. ábra). Összesen 2788 differenciálisan metilált régiót (DMR) azonosítottak a normál és a foltos csoport között. A DMR-ek főleg az intronokban helyezkedtek el (47,45%), ezt követte az intergenikus régió (36,05%), az exon (8,29%), a promoter (5,95%), a 3′-UTR (1,18%) és az 5′-UTR. 0,97%) régiókban (4. ábra). Ezenkívül 282 differenciálisan metilált gént (DMG) azonosítottak, köztük 172 hipermetilált és 74 hipometilált gént a promoter régióban. Ezenkívül 36 DMG-t találtak a géntestben, köztük 30 hipermetilált és hat hipometilált gént. A DMG-ket humán ortológjaikká alakítottuk át, és 158 génszimbólumot kaptunk, amelyeket feltöltöttünk a Metascape-be funkcionális annotáció, génontológia (GO) és útvonalelemzés céljából. A gének 176 GO biológiai folyamatban gazdagodtak, beleértve a növekedési faktor stimulusra adott sejtválasz szabályozását és a T-sejtek által közvetített immunitást, az oxidatív stresszre adott választ és a DNS-károsodás ingerére adott sejtválaszt.

3. ábra: Az általános metilációs szint foltos és normál tojást tojó tyúkoknál. A metilációs szintek korrelációs elemzése a két csoportból származó minták között. B Az összes minta metilációs szintjének főkomponens-analízise. C A citozin hely metilációs szintjének hisztogramja a két csoportban. D A különböző genomi régiók metilációs szintjeinek vonaldiagramja. Az egyes gének genomiális régióit 20 rekeszre osztottuk; ezt követően az összes gén megfelelő funkcionális régióinak citozin hely metilációs szintjét átlagoltuk.

4. ábra A differenciálisan metilált régiók (DMR-ek) annotációjának hisztogramja genomiális funkcionális régiókban

5. ábra A DMG-k GO feltételei. B A génexpresszió és a DNS metilációs szintje közötti kapcsolat a foltos csoportban. C A génexpresszió és a DNS-metiláció közötti kapcsolat normál csoportban. D A DEG-k és DMG-k közötti átfedő gének Venn-diagramja

Az útvonalelemzés kimutatta, hogy a gének 19 Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) útvonalon gazdagodtak, beleértve az RNS lebontását, a TRP csatornák gyulladásos mediátor szabályozását és a TNF jelátviteli útvonalat. Ezenkívül 25 génkészletet észleltek, beleértve a Rho GTPázok általi jelátvitelt, az RHO GTPáz ciklust és a CDC42 GTPáz ciklust. A legjobb 20 gazdagított ontológiaklaszter az 5A. ábrán látható. A 158 homológ emberi gén közül 15 kapcsolódott az öregedéshez vagy a hosszú élettartamhoz (S6 kiegészítő táblázat). A teljes genom hidrogén-szulfit-szekvenálásának (WGBS) és az RNS-seq adatainak integráló analízisét elvégeztük a DNS-metiláció és a génexpressziós szintek közötti kapcsolat meghatározására (5B. és C. ábra). Negatív korreláció volt a DNS-metiláció és a génexpressziós szintek között a transzkripciós starthelytől (TSS) upstream és a transzkripciós terminációs helytől (TTS) lefelé; azonban nem volt összefüggés a DNS-metiláció és a génexpressziós szint között a géntestben. A Venn-diagram azt mutatta, hogy a BFSP2 volt az egyetlen átfedő gén a DMG-k és a DEG-ek között (5D. ábra).

Vita

Több éves tanulmányok kimutatták, hogy a pettyek képződése a tojáshéjon örökölhető, és az idős tojótyúkok nagyobb arányban termelnek pettyes tojáshéjat, mint a fiatalabb tyúkok [6]. A tojótyúkok öregedését gyakran krónikus gyulladás és oxidatív stressz kíséri [25, 26]. Az állatok vérparaméterei fiziológiai és táplálkozási állapotukat tükrözik. A SOD, a GSH-PX, a GSH, a CAT és a T-AOC az antioxidáns védelmi rendszer összetevői. A jelen tanulmány eredményei azt mutatják, hogy nem volt szignifikáns különbség az idős tyúkok antioxidáns kapacitásában a pöttyös és normál csoportok között, ami ellentétes Moreno és Osorno megállapításaival [27]. Moreno arról számolt be, hogy a pettyes héjú tojást tojó madarak fiziológiai stresszt szenvedhetnek a fő foltkomponens prooxidáns funkciója miatt, és jobban tolerálják az oxidatív stresszt [28]. Az eredményekben mutatkozó különbségek a vizsgálatokban használt különböző fajoknak tudhatók be.

cistanche tubulosa – erősíti az immunrendszert

Az immunglobulinok olyan fehérjék, amelyek részt vesznek a gyulladásgátló folyamatokban, és szabályozó szerepet játszanak a gyulladásos reakciókban [29]. Egy korábbi tanulmány kimutatta, hogy a pettyes tojásokat tojó kékcinege madarak összes immunglobulinszintje alacsony [30]. Hasonlóképpen, a jelen vizsgálat eredményei azt mutatták, hogy a foltos csoportba tartozó madarak szérum IgA-szintje lényegesen alacsonyabb volt, mint a normál csoportban, ami azt jelzi, hogy a foltos csoportba tartozó tyúkok gyengébb gyulladásgátló képességgel rendelkezhetnek, ami összhangban van a Martínez és Merino megállapításai [30]. Az IgA, mint a baromfi humorális immunfunkciójának értékelésének egyik fontos mutatója, antivirális, antibakteriális és antitoxin funkciókkal is rendelkezik [31]. Tanulmányok kimutatták, hogy az élesztőgomba-glükán étrend-kiegészítése növelheti a szérum IgA-tartalmát. A megnövekedett IgA-tartalom növelheti az egyén azon képességét, hogy fenntartsa az immunhomeosztázist, ami lehetséges egészségügyi előnyökhöz vezethet [32]. A vizsgálatok azt is kimutatták, hogy a tojótyúkok öregedésével csökken a külső kórokozókkal szembeni ellenálló képességük [33]. Amikor a kórokozók bejutnak az idős tojótyúkok szervezetébe, a petevezeték szöveteinek nyálkahártya-védelmi rendszere károsodhat az immunitás egyidejű csökkenése miatt [34]. Az IgA magasabb szintje azonban növelheti a szervezet immunhomeosztázis fenntartó képességét, megakadályozva a kórokozók behatolását a petevezeték nyálkahártya alatti szövetébe, így fenntartva a jó tojáshéj minőséget. Ezenkívül az RNS-seq elemzés hét DEG-t azonosított a foltos és a normál csoportok között, beleértve az IQSEC3, BFSP2, TMOD4, LOC112530987, GABRA2, TRIQK és egy pszeudogént. Az IQSEC3, a brefeldin A-rezisztens ARF guanin nukleotidcsere faktorok (GEF) család tagja [35, 36], gefirinhez kötődve elősegíti a gátló szinapszisok kialakulását [37]. Az IQSEC3 funkcionálisan fontos a hálózati tevékenység in vivo fenntartásához. Az IQSEC3 leütés a hippocampalis dentate gyrusban rágcsálókban csökkenti a GABAerg szinapszisok sűrűségét és növeli a súlyos rohamokra való hajlamot [38]. Nincsenek azonban tanulmányok az IQSEC3 funkciójáról baromfiban.

A gamma-aminovajsav (GABA) a fő gátló neurotranszmitter a gerincesek központi idegrendszerében [39], és képes megváltoztatni a receptor szerkezetét és a megfelelő receptor ionpermeabilitását [40]. A GABA közvetlenül hathat a tubuláris simaizomsejtekre a GABAA-R-en vagy a GABAB-R-n keresztül, amelyek a petevezeték falán helyezkednek el, és a tubulus kontraktilitásának szabályozásában vesznek részt nyulakban [39], emberekben [41] és patkányokban [42]. Tanulmányok kimutatták, hogy a GABRA1 fontos szerepet játszik a tojástermelésben. A GABRA1 magas expressziós szintje gátolja a granulosa sejtek proliferációját, fokozza a sejt apoptózisát, valamint gátolja a progeszteron szintézisét és szekrécióját, ami csökkenti a tojástermelést [43–45]. A tojótyúkok tojásrakási ritmusa neuromoduláló folyamat [46, 47]. Ezen eredmények alapján azt feltételezzük, hogy finom kapcsolat van a tojáshéj-foltok kialakulása és az idegrendszer között, bár a pontos kapcsolat további vizsgálatot igényel.

A TMOD4, az aktin filamentumok hegyes végeit lefedő fehérjecsalád tagja [48], a vázizomzatban és a szívben expresszálódik [49, 50]. Tanulmányok kimutatták, hogy a TMOD4 jelen van a felnőtt csirke lencséiben, a vörösvértestekben és a gyorsan rángatózó vázizomrostokban [51]. A TMOD4-ről kimutatták, hogy részt vesz a myofibrillumok összeállításában, az izomösszehúzódásban és a differenciálódásban [52–54]. A petevezeték izomzatának összehúzódása miatt a tojás forog a méhben, lehetővé téve a pigment egyenletes lerakódását a tojáshéj felületén. Feltételezéseink szerint a pettyes peték kialakulása összefügghet a petevezeték izomösszehúzódásával, de további kutatásokra van szükség. A GSEA-t az összes expresszált gén biológiai funkciójának elemzésére használtuk, hogy elkerüljük néhány érdekes génkészlet elvesztését a cutof-free stratégia révén. Az expresszált gének főként a kalcium jelátviteli útvonalban, a fokális adhézióban, a MAPK jelátviteli útvonalban és a neuroaktív ligand-receptor kölcsönhatásban gazdagodtak. Beszámoltak arról, hogy a tojáshéj mineralizációjának folyamatában a kalcium jelátviteli útvonalhoz kapcsolódó gének részt vesznek a kalcium és karbonát ionok vérből történő felszívódásában, és a petevezeték hámsejtjein keresztül a méhfolyadékba szállítják, hogy részt vegyenek a tojáshéjban. mineralizáció [46, 55]. Amikor a kalcium- és karbonátionok tovább mineralizálódnak a tojáshéjban, a tojás folyamatosan forog a méhben, és a tojáshéj pigment, a protoporfirin-IX egyenletesen rakódik le a tojáshéj felszínén [56]. Feltételezzük, hogy a két csoport közötti karbonát- és kalciumion-ellátás különbsége a pigment egyenetlen eloszlásához vezethetett a tojáshéj felszínén történő lerakódási folyamat során, ami tojáshéj-pettyeket okozhat.

cistanche tubulosa – erősíti az immunrendszert

A fokális adhéziók olyan makromolekuláris struktúrák, amelyek mechanikai kapcsolatokat hoznak létre az intracelluláris aktin citoszkeleton és az extracelluláris mátrix komponensei között [57]. Kimutatták, hogy a fokális adhéziók létfontosságú szerepet játszanak a petevezeték morfológiájának és funkciójának fenntartásában kínai barna békáknál [58], míg a fokális adhéziók szerepet játszanak a tojástermelési különbségek mechanizmusában Jinghai Yellow csirkékben és Nandan-Yaoban. házi csirkék [59, 60]. A jelenlegi vizsgálatban a fokális adhéziók szerepet játszottak a tojáshéj-foltok kialakulásában, de a specifikus részvételi mechanizmus még további vizsgálatokat igényel. A MAPK útvonalnak három kiemelkedő tagja van: a p38 mitogén által aktivált protein kináz (p38 MAPK), a Jun N-terminális kináz (JNK) és az extracelluláris válasz kináz (ERK), amelyek együttesen szabályozzák a sejtnövekedést, a differenciálódást, az apoptózist, a gyulladást és más folyamatokat. fontos fiziológiai válaszok [61]. Az ERK 1/2 MAPK útvonalról kimutatták, hogy fontos szerepet játszik a petevezeték és a méh növekedésében, fejlődésében és differenciálódásában [62]. Wang és mtsai. Vanádiumot használt a petevezeték hámsejtek növekedésének indukálására, és azt találta, hogy a MAPK család tagjai aktiválódtak, ami a petevezeték oxidatív stresszéhez, csökkent sejtaktivitáshoz és sejt apoptózishoz vezetett [63]. A jelenlegi tanulmányban azt találtuk, hogy a foltos csoportban a MAPK szignálútvonal lényegesen feldúsult, ezért feltételezzük, hogy a pettyes tojásokat tojó tyúkok némi stresszt tapasztalhattak, ami hatással volt a petevezetékre. A neuroaktív ligandum-receptor kölcsönhatások a szteroid hormon szintézishez kapcsolódnak az ivarmirigyekben. Alapvető szerepet játszanak a tojástermelés és a petefészek működésének szabályozásában baromfiban [59, 64]. A differenciálisan expresszált gén, a GABRA2 szintén a neuroaktív ligandum-receptor interakciós útvonalhoz tartozik. Mivel a tojáshéj-pettyek a tojástermelés eredményeként jelennek meg, és a tojástermelés ritmikus folyamat, a neuroaktív ligand-receptor kölcsönhatások jelentős feldúsulása a pettyes csoportban arra enged következtetni, hogy eltérések lehetnek a pettyes tojást tojó tyúkok tojástermelési teljesítményében. és normál tojást tojó tyúkok, de ez további feltárást igényel.

A környezeti tényezők epigenetikai módosításokon keresztül befolyásolhatják a génexpressziót. A genetikai és epigenetikai módosítások kombinációja hasznos lehet az összetett tulajdonságok kialakulásának mechanizmusának magyarázatában [19, 65]. A genomszintű DNS-metiláció és a génexpresszió közötti kapcsolatot évek óta vizsgálják [66, 67]. A DNS-metiláció általában elnyomja a génexpressziót [68]. A jelen tanulmány eredményei összhangban vannak a korábbi megállapításokkal, miszerint a magas génexpressziós szint a promóterrégió alacsony DNS-metilációjához kapcsolódik [67, 68]. A géntest régiójában azonban nem figyeltek meg nyilvánvaló tendenciát, aminek az lehet az oka, hogy a génexpressziós mintázatokat más tényezők is szabályozzák [69, 70]. A funkcionális dúsítási analízis kimutatta, hogy a DMG-k főként a T-sejtek által közvetített immunitásban, az oxidatív stresszre adott válaszban és a DNS-károsodási ingerekre adott sejtválaszban gazdagodtak, és a legtöbb út az öregedéssel függ össze [71–73]. Más öregedéssel kapcsolatos géneket is azonosítottak, köztük a GCLC-t [74], a CAV1-et [75] és a LYN-t [76]. A transzkriptom és a DNS-metilációs adatok kombinációja azt mutatta, hogy a BFSP2 volt az egyetlen átfedő gén, és mind a DNS-metiláció, mind a transzkriptomikus szinten szignifikánsan kifejeződött. A BFSP2 hipometilált és expressziós szintje alacsony volt a foltos csoportban, ami arra utal, hogy a génexpressziót a metiláció módosítása mellett más transzkripciós faktorok is szabályozzák. Ezenkívül a BFSP2-t jelölték génként azonosították az autoszomális domináns veleszületett szürkehályogban [77] és a progresszív szürkehályog-betegségben [78]. Bár kimutatták, hogy a BFSP2 összefüggésben áll a csirkék szemfejlődésével [79], a csirkék egyéb funkcióira vonatkozó vizsgálatok korlátozottak. Ezért további vizsgálatok szükségesek a pettyes tojáshéjképzésben betöltött szerepének tisztázásához.

A cistanche előnyei a férfiak számára – erősítik az immunrendszert

Következtetések

Összefoglalva, a szérum immunindexek azt mutatják, hogy a pettyes csoportban az IgA-tartalom lényegesen alacsonyabb volt, mint a normál csoportban, és feltételezzük, hogy a csökkent immunfunkció szorosan összefügg a tojáshéj-foltok kialakulásával. A transzkriptoma analízis hét DEG-t mutatott ki a pettyes és a normál csoport között, amelyek közül az IQSEC3, GABRA2 és BFSP2 potenciálisan fontos géneket azonosították, amelyek a petesejt kialakulásához kapcsolódnak. A DNS-metilációs elemzés azonosította a T-sejtek által közvetített immunitáshoz, az oxidatív stresszre adott válaszhoz és a DNS-károsodás ingerére adott sejtválaszhoz kapcsolódó DMG-ket. A 282 azonosított DMG közül 15 volt összefüggésben az öregedéssel. A transzkriptom és a DNS-metiláció integrált elemzése feltárta, hogy az egyetlen átfedő gén a BFSP2 volt, amelyet csirkékben alig vizsgáltak. Az itt bemutatott adatok arra utalnak, hogy a tojótyúkok immunrendszere és öregedési útja hozzájárulhat a pettyes tojáshéj kialakulásához, javítva a tojáshéjfoltok kialakulásának mechanizmusának megértését.

Hivatkozások

1. Bain MM, Nys Y, Dunn IC. A tojásrakás tartósságának növelése és a tojás minőségének stabilizálása hosszabb tojóciklusokban. Mik a kihívások? Br Poult Sci. 2016;57(3):330–8.

2. Pottgüter R. Tojótyúkok etetése 100 hetes korig. Lohmann Inf. 2016;50:18–21.

3. Molnar A, Maertens L, Ampe B, Buyse J, Kempen I, Zoons J, Delezie E. Változások a tojás minőségi jellemzőiben a termelés utolsó fázisában: van-e potenciál kiterjesztett tojásrakási ciklusra? Br Poult Sci. 2016;57(6):842–7.

4. Gosler AG, Higham JP, James Reynolds S. Miért foltosak a madártojások? Ecol Lett. 2005;8(10):1105–13.

5. Arango J, Settar P, Arthur J, O'Sullivan N. A héj színe és a barna tojásvonalak foltosodási gyakorisága közötti kapcsolat. In: Proc XIIth European Poultry Conference: 2006. 2006. p. 10–4.

6. Cheng X, Fan C, Ning Z. A szeplőtojások minősége és befolyásoló tényezői. Chinese Poult Sci. 2019;41(19):6–9 (kínai nyelven).

7. Hincke MT, Nys Y, Gautron J, Mann K, Rodriguez-Navarro AB, McKee MD. A tojáshéj: szerkezet, összetétel és mineralizáció. Front Biosci (Landmark Ed). 2012;17(4):1266–80.

8. Samiullah S, Roberts JR, Chousalkar K. Tojáshéj színe barna tojásos tojótyúkoknál – áttekintés. Poult Sci. 2015;94(10):2566–75.

9. Wilson PW, Suther CS, Bain MM, Icken W, Jones A, Quinlan-Pluck F, Olori V, Gautron J, Dunn IC. A madártojás kutikula képződésének megértése a petevezetékben: eredetének és lerakódásának tanulmányozása. Biol Reprod. 2017;97(1):39–49.

10 Zhu M, Li H, Miao L, Li L, Dong X, Zou X. Az étkezési kadmium-klorid rontja a héj biomineralizációját azáltal, hogy megzavarja a tojótyúkok tojáshéjmirigyének anyagcseréjét. J Anim Sci. 2020;98(2):skaa025.

11. Qi X, Tan D, Wu C, Tang C, Li T, Han X, Wang J, Liu C, Li R, Wang J. A tojáshéj minőségének romlása a H9N2 madárinfluenza vírussal kísérletileg fertőzött tojótyúkok esetében. Vet Res. 2016;47:35.

12. Wang J, Yuan Z, Zhang K, Ding X, Bai S, Zeng Q, Peng H, Celi P. Epigallocatechin-3-galláttal védett vanádium-indukált tojáshéj-depigmentáció a P38MAPK-Nrf2/HO-n keresztül-1 jelzőút tojótyúkoknál. Poult Sci. 2018;97(9):3109–18.

13. Avery OT, Macleod CM, McCarty M. Tanulmányok a pneumococcus típusok átalakulását indukáló anyag kémiai természetéről: transzformáció indukciója a II. típusú pneumococcusból izolált dezoxiribonukleinsav frakcióval. J Exp Med. 1944;79(2):137–58.

14. Kochmanski J, Marchlewicz EH, Cavalcante RG, Sartor MA, Dolinoy DC. Korfüggő epigenom-szerte DNS-metiláció és hidroxi-metiláció longitudinális egérvérben. Epigenetika. 2018;13(7):779–92.

15. Zhang X, Hu M, Lyu X, Li C, Thannickal VJ, Sanders YY. A DNS-metiláció szabályozta a génexpressziót szervfibrózisban. Biochim Biophys Acta Mol Basis Dis. 2017;1863(9):2389–97.

16. Ehrlich M. DNS hipermetiláció betegségben: mechanizmusok és klinikai jelentősége. Epigenetika. 2019;14(12):1141–63.

17. Ling C, Ronn T. Epigenetics in Human Obesity and 2 Type Diabetes. Cell Metab. 2019;29(5):1028–44.

18. Kaminen-Ahola N, Ahola A, Maga M, Mallett KA, Fahey P, Cox TC, Whitelaw E, Chong S. Az anyai etanolfogyasztás megváltoztatja az epigenotípust és az utódok fenotípusát egérmodellben. PLoS Genet. 2010;6(1):e1000811.

19 Tan X, Liu R, Xing S, Zhang Y, Li Q, Zheng M, Zhao G, Wen J. Genome-Wide Detection of Key Genes and Epigenetic Markers for Chicken Fatty Liver. Int J Mol Sci. 2020;21(5):1800.

20. Hwang JH, An SM, Kwon S, Park DH, Kim TW, Kang DG, Yu GE, Kim IS, Park HC, Ha J és társai. Az alommérethez kapcsolódó DNS-metilációs minták és génexpresszió Berkshire sertés placentában. PLoS ONE. 2017;12(9):e0184539.

21. Yu C, Qiu M, Zhang Z, Song X, Du H, Peng H, Li Q, Yang L, Xiong X, Xia B és mások. A transzkriptom szekvenálás olyan géneket tár fel, amelyek részt vesznek a kadmium által kiváltott oxidatív stresszben a csirke szívében. Poult Sci. 2021;100(3):100932. 22. Boo SY, Tan SW, Alitheen NB, Ho CL, Omar AR, Yeap SK. Nagyon virulens fertőző bursalis betegség vírussal fertőzött csirke intraepiteliális limfocita természetes gyilkos sejtek transzkriptom elemzése. Sci Rep. 2020;10(1):18348.

23. Ren L, Liu A, Wang Q, Wang H, Dong D, Liu L. Transscriptome analysis of embryonic muscle development in Chengkou Mountain Chicken. BMC Genomics. 2021;22(1):431.

24. Yang C, Han L, Li P, Ding Y, Zhu Y, Huang Z, Dan X, Shi Y, Kang X. Kínai húsmarhák jellemzése és nyombéltranszkriptom elemzése eltérő takarmányhatékonysággal RNA-Seq. Front Genet. 2021;12:741878.

25. Wang J, Jia R, Gong H, Celi P, Zhuo Y, Ding X, Bai S, Zeng Q, Yin H, Xu S és mások. Az oxidatív stressz hatása a csirke petefészekre: A mikrobióta és a melatonin beavatkozásai. Antioxidánsok (Bázel). 2021;10(9):1422.

26. Attia YA, Al-Harthi MA, Abo El-Maaty HM. Kalcium és kolekalciferol szint a késői fázisú tojótyúkoknál: Hatás a produktív tulajdonságokra, a tojás minőségére, a vér biokémiájára és az immunválaszra. Front Vet Sci. 2020;7:389.

27. Moreno J, Osorno JL. Madártojás színe és szexuális szelekciója: tükrözi-e a tojáshéj pigmentációja a nőstény állapotát és genetikai minőségét? Ecol Lett. 2003;6(9):803–6.

28. Afonso S, Vanore G, Batlle A. Protoporfirin IX és oxidatív stressz. Free Radic Res. 1999;31(3):161–70.

29. Schwartz-Albiez R, Monteiro RC, Rodriguez M, Binder CJ, Shoenfeld Y. Természetes antitestek, intravénás immunglobulin és szerepük az autoimmunitásban, a rákban és a gyulladásban. Clin Exp Immunol. 2009; 158 (1. melléklet): 43–50.

30. Martínez-de la Puente J, Merino S, Moreno J, Tomás G, Morales J, Lobato E, García-Fraile S, Martínez J. Are eggshhel spottiness and color indicators of health and condition in blue tits Cyanistes caeruleus? J Avian Biol. 2007;38(3):377–84.

31. Fagarasan S, Honjo T. Intestinalis IgA synthesis: a front-line body protections szabályozása. Nat Rev Immunol. 2003;3(1):63–72.

32. Zhen W, Shao Y, Wu Y, Li L, Pham VH, Abbas W, Wan Z, Guo Y, Wang Z. A diétás élesztő béta-glükán kiegészítése javítja a tojáshéj színét és a termékeny tojások keltethetőségét, valamint fokozza az immunfunkciókat a tenyésztőkben tojótyúkok. Int J Biol Macromol. 2020;159:607–21.

33. Elhamouly M, Nii T, Isobe N, Yoshimura Y. Age-related modulation of the isthmic and uterine mucosal innate immune protection system toy tyúkoknál. Poult Sci. 2019;98(7):3022–8.

34. Li J, Qin Q, Li YX, Leng XF, Wu YJ. A tri-orto-krezil-foszfát expozíció alacsony tojástermeléshez és rossz tojáshéj-minőséghez vezet azáltal, hogy megzavarja a tüszőfejlődést és a tojótyúkok héjmirigy-működését. Ecotoxicol Environ Saf. 2021;225:112771.

35. Fukaya M, Kamata A, Hara Y, Tamaki H, Katsumata O, Ito N, Takeda S, Hata Y, Suzuki T, Watanabe M és mások. A SynArfGEF egy guanin nukleotidcsere faktor az Arf6 számára, és elsősorban a gátló szinapszisok posztszinaptikus specializációinál lokalizálódik. J Neurochem. 2011;116(6):1122–37.

36. Hm JW. Az ADP-ribozilációs faktor guanin nukleotidcsere faktorok IQSEC családjának szinaptikus funkciói. Neurosci Res. 2017;116:54–9.

37. Um JW, Choi G, Park D, Kim D, Jeon S, Kang H, Mori T, Papadopoulos T, Yoo T, Lee Y és mások. Az IQ Motif és a SEC7 tartományt tartalmazó fehérje 3 (IQSEC3) kölcsönhatásba lép a gefirinnel, és elősegíti a gátló szinapszis képződését. J Biol Chem. 2016;291(19):10119–30.

38. Kim S, Kim H, Park D, Kim J, Hong J, Kim JS, Jung H, Kim D, Cheong E, Ko J és társai. Az IQSEC3 elvesztése megzavarja a GABAerg szinapszis fenntartását és csökkenti a szomatosztatin expressziót a hippocampusban. Cell Rep. 2020;30(6):1995-2005 e1995.

39. Erdö SL, Riesz M, Kárpáti E, Szporny L. GABAB receptor-mediated stimulation of the contractility of isolated rabbit oviduct. Eur J Pharmacol. 1984;99(4):333–6. 40. Roth FC, Draguhn A. GABA metabolizmus és transzport: hatások a szinaptikus hatékonyságra. Neural Plast. 2012;2012:805830.

41. Erdő SL, László Á, Szporny L, Zsolnai B. High density of specific GABA binding sites in the human fallopian tube. Neurosci Lett. 1983;42(2):155–60.

42. Erdo SL, Rosdy B, Szporny L. Magasabb GABA koncentrációk a petevezetékben, mint a patkány agyában. J Neurochem. 1982;38(4):1174–6.

43. Sun X, Chen X, Zhao J, Ma C, Yan C, Liswaniso S, Xu R, Qin N. A petefészek tüszők transzkriptom összehasonlító elemzése feltárja a tyúktojás-termelésben szerepet játszó kulcsgéneket és jelátviteli útvonalakat. BMC Genomics. 2021;22(1):899.

44. Chen X, Sun X, Chimbaka IM, Qin N, Xu X, Liswaniso S, Xu R, Gonzalez JM. A petefészek tüszőinek transzkriptom elemzése feltárja a lehetséges kulcsfontosságú géneket, amelyek a csirketojás-termelés megnövekedett és csökkentett arányához kapcsolódnak. Front Genet. 2021;12:622751.

45. Luan X, Liu D, Cao Z, Luo L, Liu M, Gao M, Zhang X. A transzkriptomprofil a Huoyan lúd petefészkeinek differenciálisan expresszált génjeit azonosítja a tojásrakási időszak és a megszűnési időszak között. PLoS ONE. 2014;9(11):e113211.

46. ​​Cui Z, Zhang Z, Amevor FK, Du X, Li L, Tian Y, Kang X, Shu G, Zhu Q, Wang Y és mások. A cirkadián miR-449c-5p szabályozza a méh Ca(2+) transzportját a tojáshéj meszesedése során csirkékben. BMC Genomics. 2021;22(1):764.

47. Mishra SK, Chen B, Zhu Q, Xu Z, Ning C, Yin H, Wang Y, Zhao X, Fan X, Yang M és mások. A transzkriptom analízis feltárja, hogy a csirke hipotalamusz hipofízis-petefészek tengelyében eltérően expresszált gének magas tojástermeléssel kapcsolatosak. Sci Rep. 2020;10(1):5976.

48. Cox PR, Siddique T, Zoghbi HY. A 2. és 4. tropomodulin genomi szerveződése, valamint az YL-1 és Tropomodulin 4 szokatlan intergenikus és intraexonikus splicingje. BMC Genomics. 2001;2:7.

49. Cox PR, Zoghbi HY. Három egyedi humán tropomodulin gén és egérortológjaik szekvenálása, expressziós elemzése és feltérképezése. Genomika. 2000;63(1):97–107.

50. Yamashiro S, Gokhin DS, Kimura S, Nowak RB, Fowler VM. Tropomodulinek: hegyes végű zárófehérjék, amelyek szabályozzák az aktin filamentum architektúráját különböző sejttípusokban. Citoszkeleton (Hoboken). 2012;69(6):337–70.

51. Almenar-Queralt A, Lee A, Conley CA, Ribas de Pouplana L, Fowler VM. Egy új tropomodulin izoforma, a csontváz tropomodulin azonosítása, amely az aktin filamentum hegyes végét fedi le a gyors vázizomzatban. J Biol Chem. 1999;274(40):28466–75.

52. Ren T, Li Z, Zhou Y, Liu X, Han R, Wang Y, Yan F, Sun G, Li H, Kang X. LncRNS-ek szekvenálása és jellemzése Gushi és Arbor Acres csirkék mellizomjában. Genom. 2018;61(5):337–47.

53. Xu L, Zhao F, Ren H, Li L, Lu J, Liu J, Zhang S, Liu GE, Song J, Zhang L és mások. A magzati súlyhoz kapcsolódó gének koexpressziós elemzése a juh-vázizomzatban a magzati fejlődés középső és késői szakaszában. Int. J. Biol. Sci. 2014;10(9):1039–50.

54. Wu Y, Wang Y, Yin D, Mahmood T, Yuan J. A transzkriptomanalízis feltárja a nikotinamid és a butirát-nátrium molekuláris megértését brojlerek húsminőségén nagy állománysűrűség mellett. BMC Genomics. 2020;21(1):412.

55. Zhang F, Yin ZT, Zhang JF, Zhu F, Hincke M, Yang N, Hou ZC. A transzkriptom, a proteom és a QTL adatok integrálása a kacsatojáshéj- és albuminképződéshez funkcionálisan fontos gének felfedezéséhez. Genomika. 2020;112(5):3687–95.

56. Nys Y, Gautron J, Garcia-Ruiz JM, Hincke MT. Madártojáshéj mineralizáció: mátrixfehérjék biokémiai és funkcionális jellemzése. CR Palevol. 2004;3(6–7):549–62.

57. Chen CS, Alonso JL, Ostuni E, Whitesides GM, Ingber DE. A sejtforma biztosítja a fókusz tapadási összeállítás globális szabályozását. Biochem Biophys Res Commun. 2003;307(2):355–61.

58 Su H, Zhang H, Wei X, Pan D, Jing L, Zhao D, Zhao Y, Qi B. Comparative Proteomic Analysis of Rana chensinensis Oviduct. Molekulák. 2018;23(6):1384.

59. Zhang T, Chen L, Han K, Zhang X, Zhang G, Dai G, Wang J, Xie K. Transscriptome analysis of ovary in viszonylag nagyobb és kevesebb tojást termelő Jinghai Yellow Chicken. Anim Reprod Sci. 2019;208:106114.

60. Sun T, Xiao C, Deng J, Yang Z, Zou L, Du W, Li S, Huo X, Zeng L, Yang X. A transzkriptomanalízis feltárja a Nandan-Yao házi csirke tojástermelésével kapcsolatos kulcsfontosságú géneket és útvonalakat. Comp Biochem Physiol D rész Genomika Proteomika. 2021;40:100889.

61. Peter AT, Dhanasekaran N. Granulosa sejtek apoptózisa: áttekintés a MAPK-jelző modulok szerepéről. Reprod Domest Anim. 2003;38(3):209–13.

62. Jeong W, Kim J, Ahn SE, Lee SI, Bazer FW, Han JY, Song G. Az AHCYL1-et az ösztrogén által indukált ERK1/2 MAPK sejtjelátvitel és a mikroRNS-szabályozás közvetíti a madár petevezeték funkcionális aspektusainak befolyásolása érdekében. PLoS ONE. 2012;7(11):e49204.

63. Wang J, Huang X, Zhang K, Mao X, Ding X, Zeng Q, Bai S, Xuan Y, Peng H. A vanadát oxidatív és apoptotikus hatását a MAPK-Nrf2 útvonal közvetíti a petefészek magnum epithelialis sejtjeiben. Metallomika. 2017;9(11):1562–75.

64. Tao Z, Song W, Zhu C, Xu W, Liu H, Zhang S, Huifang L. Magas és alacsony tojástermelő kacsa ovariumok összehasonlító transzkriptomikai elemzése. Poult Sci. 2017;96(12):4378–88.

65. Shioda K, Odajima J, Kobayashi M, Kobayashi M, Cordazzo B, Isselbacher KJ, Shioda T. A genetikai nemi identitás transzkriptomikus és epigenetikai megőrzése ösztrogénnel feminizált hím csirke embrionális ivarsejtekben. Endokrinológia. 2021;162(1):bqaa208.

66. Huang YZ, Sun JJ, Zhang LZ, Li CJ, Womack JE, Li ZJ, Lan XY, Lei CZ, Zhang CL, Zhao X és mások. A genomra kiterjedő DNS-metilációs profilok és kapcsolataik az mRNS-sel és a mikroRNS-transzkriptomával a szarvasmarha izomszövetében (Bos taurin). Sci Rep. 2014;4:6546.

67. Tan X, Liu R, Zhang Y, Wang X, Wang J, Wang H, Zhao G, Zheng M, Wen J. Integrated analysis of the methylome and transscriptome of chickens with fatty máj hemorrhagic syndroma. BMC Genomics. 2021;22(1):8.

68. Fu Y, Li J, Tang Q, Zou C, Shen L, Jin L, Li C, Fang C, Liu R, Li M és társai. Három sertésfajta metilómának, transzkriptomjának és miRNAomjának integrált elemzése. Epigenomika. 2018;10(5):597–612.

69. Lawrence M, Daujat S, Schneider R. Laterális gondolkodás: hogyan szabályozzák a hisztonmódosítások a génexpressziót. Trends Genet. 2016;32(1):42–56.

70. Zhao BS, Roundtree IA, He C. Transzkripciós génszabályozás mRNS-módosításokkal. Nat Rev Mol Cell Biol. 2017;18(1):31–42.

71. Chakravarti B, Abraham GN. Öregedés és T-sejtek által közvetített immunitás. Mech Aging Dev. 1999;108(3):183–206.

72. Camougrand N, Rigoulet M. Öregedés és oxidatív stressz: néhány, az öregedésben és az oxidatív stresszre adott válaszban szerepet játszó gén vizsgálata. Respir Physiol. 2001;128(3):393–401.

73. Ribezzo F, Shiloh Y, Schumacher B. Systemic DNA damage responses in aging and betegségek. Semin Cancer Biol. 2016;37–38:26–35.

74. Orr WC, Radyuk SN, Prabhudesai L, Toroser D, Benes JJ, Luchak JM, Mockett RJ, Rebrin I, Hubbard JG, Sohal RS. A glutamát-cisztein ligáz túlzott expressziója meghosszabbítja a Drosophila melanogaster élettartamát. J Biol Chem. 2005;280(45):37331–8.

75. Park DS, Cohen AW, Frank PG, Razani B, Lee H, Williams TM, Chandra M, Shirani J, De Souza AP, Tang B és mások. A Caveolin-1 null (-/-) egerek élettartama drámai csökkenést mutat. Biokémia. 2003;42(51):15124–31.

76. Park JW, Ji YI, Choi YH, Kang MY, Jung E, Cho SY, Cho HY, Kang BK, Joung YS, Kim DH és mások. A cukorbetegség, a szív- és érrendszeri megbetegedések és a rák jelölt génpolimorfizmusai a koreaiak hosszú élettartamával függnek össze. Exp Mol Med. 2009;41(11):772–81.

77. Jakobs PM, Hess JF, FitzGerald PG, Kramer P, Weleber RG, Litt M. Autoszomális domináns veleszületett szürkehályog, amely a BFSP2 humán gyöngyös filamentum fehérje génjének deléciós mutációjával társul. Am J Hum Genet. 2000;66(4):1432–6.

78. Conley YP, Erturk D, Keverline A, Mah TS, Keravala A, Barnes LR, Bruchis A, Hess JF, FitzGerald PG, Weeks DE és mások. A 3q21-q22 kromoszómán található, fiatalkorban kialakuló, progresszív szürkehályog-lókusz a gyöngyös flament szerkezeti fehérje misszensz mutációjával társul-2. Am J Hum Genet. 2000;66(4):1426–31.

79. Kumar P, Kasiviswanathan D, Sundaresan L, Kathirvel P, Veeriah V, Dutta P, Sankaranarayanan K, Gupta R, Chatterjee S. Nyomok begyűjtése genom-szintű transzkriptomelemzésből a talidomid által közvetített anomáliák feltárásához a nitricus embrió szemfejlődésében: Az oxid helyreállítja a talidomid által közvetített anomáliákat azáltal, hogy visszaállítja a rendszert a normál transzkripciós mintázatba. Biochimie. 2016;121:253–67.

80. Chen S, Zhou Y, Chen Y, Gu J. fastp: egy ultragyors minden az egyben FASTQ előfeldolgozó. Bioinformatika. 2018;34(17):i884–90.

81. Kim D, Paggi JM, Park C, Bennett C, Salzberg SL. Grafikon alapú genom-illesztés és genotipizálás HISAT2-vel és HISAT-genotípussal. Nat Biotechnol. 2019;37(8):907–15.

82. Li H, Handsaker B, Wysoker A, Fennell T, Ruan J, Homer N, Marth G, Abecasis G, Durbin R, Genome Project Data Processing S. The Sequence Alignment/Map format and SAMtools. Bioinformatika. 2009;25(16):2078–9.

83. Liao Y, Smyth GK, Shi W. featureCounts: hatékony általános célú program szekvenciaolvasás genomi jellemzőihez rendelésére. Bioinformatika. 2014;30(7):923–30.

84. Love MI, Huber W, Anders S. Az RNS-seq adatok hajtásváltozásának és diszperziójának moderált becslése DESeq2-vel. Genome Biol. 2014;15(12):550.

85. Subramanian A, Tamayo P, Mootha VK, Mukherjee S, Ebert BL, Gillette MA, Paulovich A, Pomeroy SL, Golub TR, Lander ES és mások. Génkészlet-dúsítási elemzés: tudásalapú megközelítés az egész genomra kiterjedő expressziós profilok értelmezésére. Proc Natl Acad Sci US A. 2005;102(43):15545–50.

86. Krueger F, Andrews SR. Bismark: rugalmas igazító és metilációs hívó a Bisulfte-Seq alkalmazásokhoz. Bioinformatika. 2011;27(11):1571–2.

87. Jones PA. A DNS-metiláció funkciói: szigetek, kiindulási helyek, géntestek és azon túl. Nat Rev Genet. 2012;13(7):484–92.

88. Akalin A, Kormaksson M, Li S, Garrett-Bakelman FE, Figueroa ME, Melnick A, Mason CE. methylKit: átfogó R csomag a genomszintű DNS-metilációs folyamatok elemzéséhez. Genome Biol. 2012;13(10):R87.

89. Zhou Y, Zhou B, Pache L, Chang M, Khodabakhshi AH, Tanaseichuk O, Benner C, Chanda SK. A Metascape biológus-orientált erőforrást biztosít a rendszerszintű adatkészletek elemzéséhez. Nat Commun. 2019;10(1):1523.