A többtényezős szeroproiling boncolgatja a már létező emberi koronavírusok SARS-CoV-re adott válaszainak hozzájárulását-2 immunitás (2. rész)

További információért kérem vegye fel a kapcsolatotdavid.wan@wecistanche.com

Felbontás nak,-nek időbeli ellenanyag dinamika által ABCORA ser-oprofiling.  Kereszt-szekcionáltelemzés nak,-nek antitest-reaktivitás a SARS-CoV után-2RT-P diagnózisaCR (N = 369) ésmegjelenése után nak,-nektünetek (N = 333) aláhúzva az kapacitás nak,-nek ABCORA ser- oprofia SARS-CoV kezdetének, csúcspontjának és gyengülésének feldarabolása-2 ellenanyag válaszokat (Ábra. 5a, b, Kiegészítő 11. ábra). Egyénekben val vel a ismert dátum nak,-nek fielső SARS-CoV-2 RT-PCR diagnózis vagy a tünetek megjelenése, az ABCORA 2.3 észleliszerk korai szerokonvertálni-sion ban ben 98 százalék (48nak,-nek 49) és100 százalék (9nak,-nek 9) nak,-nek magánszemélyek belül7 napok posztRT-PCR és a tünetek megjelenése, ill. kívül IgM és IgA reaktivitás, IgG válaszok könnyen kimutathatók voltak ABCORA 2.0 néhány napos fertőzés után (SupplementaryÁbra. 11a).

Egy kohorsz longitudinális értékelésenak,-nek lábadozó betegek felnak nek  11  hónappal a fertőzés után (251 mérés 120-on betegek)  kiemelteazidőbelidinamikanak,-nek SARS-CoV-2 antitestek megkötése. Megbecsültük a bomlást of kötés reakcióképesség foglalkoztató ahatalom-törvény vegyes modellt, és azonosított egy jelentős reduction ban ben RBD, S1, és N ban ben összes Ig altípusok (Ábra. 5b) val velfelezési idők körű tól től 67 nak nek 404 nap, az IgG N titerek lebomlanak a leggyorsabb,ban benvonalval velelőző   jelentéseket10.   Fél-élnak,-nekaz semlegesizáció ide vonatkozó IgG válaszokat nak nek RBD és S1 voltak 125 illetve 404 nap. Érdekes módon a semlegesítés kinetikája antitestek tette nem tükör az hanyatlás árfolyamok kötésre figyelték meg antitestek. A közömbösítő aktivitás csökkentll nál nél a lassabbmérték, val vel a fél-élettartama 991 nap (ábra).5c). Ez részben annak volt köszönhető, hogy avegyesreakcióképességmintaval velnéhánymagánszemélyekmutatjaannövekedés ban ben semlegesítés tevékenység hozzászólás pozitív SARS-CoV-2 RT- PCR5, míg mások semlegesítési aktivitása gyorsan lecsökkent (Kiegészítő 11c. ábra).

Hatások nak,-nek HCV immunitás tovább SARS-CoV-2 beszerzés. Nak nek

lehetővé teszi a már létezők közötti kölcsönös függőségek vizsgálatátng immegység nak nek HCoV és SARS-CoV-2 fertőzés, mi kiterjesztett azABCORA gyöngyöt antigén sor nak nek tartalmazza S1 fehérjék nak,-nek összes négy keringő  HCoVs  (HCV-NL63,  HCV-229E, HCV-HKU1,HCV-OC43) (Sukiegészítő Ábra. 12a). Szerint nak nek annakkapacitás nak nek monitor antitestek nak nek five koronavírusok, mi nevezett a vizsgálatot ABCORA 5.0 és kiképzett és érvényesített azt tovább az azonoskohorszok mint ABCORA 2.0 (Ábra. 1). Hogy lehetővé tegye a közvetlen összehasonlítást ABCORA 2.0 ésazhasználat a neutralizációs előrejelzési modellek közül mihasznált az küszöb-/Az ABCORA 2 SOC-alapú elemzési beállításai.{2}} is számára ABCORA 5.0. Alapján tovább ABCORA 5.0 mérése kiképzés kohorszok I–III, mi kitalált két véletlen erdő-alapú elemzés modellek. ANCORA 5.4 beleértve kizárólag az 12 SARS-CoV-2 paramétereket, és az ABCORA 5.5 is tartalmazzad ban benkiegészítés az  S1  HCoV mérések hozzátéve összesen legfeljebb 24 paraméter. Hasonlatosan aABCORA 2.3, beépítése nak,-nek HCV reakcióképesség -ba az modellvolt előnyös. ANCORA 5.5 biztosította a legnagyobb érzékenységet ésspecifiváros között az elemzés algoritmusok szondázta ABCORA 5.0 (Kiegészítő 12b. ábra, 10. kiegészítő táblázat).

Kölcsönös függőségek közöttellenanyag  reakcióképesség  nak nek  az  négy HCV és SARS-CoV-2 tükrözött mit mi korábban megfigyelt

számára HKU1 val vel a különösen magas korreláció nak,-nek IgM reakcióképesség nak,-nek

SARS-CoV-2 és HCoVs ban ben elő-világjárvány magánszemélyek, különösen ban benazokval velfriss  HCV  fertőzés  (Kiegészítő13. ábra). A HCV fertőzések gyakoriak, de szezonalitásnak vannak kitéveésazelterjedtsége nak,-nek Egyedi HCV fertőzések luctuál41,42. Sorban ezzel a HCV válaszok ABCORA által mért prevalenciája 5.0 ban ben helyi vér adományozók ban ben január 2019 (N = 285), Lehet  2019   (N=288) és 2020. január (N=252) változottszámottevően  (Ábra. 6). Nak nek engedélyezze a idő-ellenőrzött összehasonlítása HCV reakcióképesség között SARS-CoV-2-fertőzött és egészséges donorok, mi átvilágítva vér adományozók tól től Lehet 2020  (N = 672), mikor SARS-CoV-2 elterjedtsége volt 2 százalék alá becsülik Zürichben, Svájc43, által ABCORA 2.{{0}}/5.0, és kizárta az összes mintát ezzel SARS-CoV-2 reakcióképesség. Az maradó Lehet 2020kohorsz (N=653)alakított a világjárvány, egészséges donor ellenőrzés csoport. Érdekes módon,HCV reaktivitási mintázatok 2019-ben és 2020-ban különbségered lényegesen mint értékelték által egy-út ANOVA, 2020 januárjával aviszonylag legalacsonyabb és Lehet 2020 az legmagasabb IgA és IgGreactivity, melyik lehet jelezze a a későbbiekben fellépő nak,-nek an HCV járvány 2020-ban 2019-hez képest (2020 májusi t-tesztek a többihez képest csoportok shogyan ban ben Ábra. 6).

A legérdekesebb, hogy egy időhöz illő elemzés comparing Lehet2020 egészséges donorok SARS-CoV-2-pozitív betegek mintájávallszerkaz April, Lehet, és június 2020 (N = 65) kiderült signifihevesen AlsóHCV reakcióképesség ban ben SARS-CoV-2 pozitív betegek (Ábra. 7a). Ez minta volt is nyilvánvaló mikor mi kiterjesztette az elemzést azteljeskohorsznak,-nek SARS-CoV-2  fertőzött egyéneket mértekval vel  ABCORA  5.0 (N=389, mintavétel 2020 márciusátólfebruár  2021,  Kiegészítő  Ábra. 14). Összességében ezek az eredmények ban bendicated hogy elő-létező immunis válaszokat nak nek HCoVs lehet nak nek a bizonyos fokú védelmet nyújt a SARS-CoV-2 fertőzés ellenitovább.

Kattintson ide, ha többet szeretne megtudni Cistanche-ról

Ábra. 5 Monitoring időbeli evolúció nak,-nek ellenanyag válaszokat. an ABCORA 2.3 meghatározás nak,-nek szeropozitivitás ban ben adományozók val vel pozitív RT-PCR megerősített SARS- CoV-2 fertőzés és ismert RT-PCR dátum (N = 369). Szeropozitivitás értékelésról ről vérplazma mintavétel idő pontutódiagnózis van ábrázolt. szürke árnyékolt terület kiemeli az első hét napok mivel pozitív RT-PCR érzékelés. bHatalmi törvény modell, val vel idő mivel RT-PCR mint rögzített hatás az egyéni pedig véletlenszerű hatásként, becslése az hanyatlás nak,-nek antitestkötési aktivitás az ABCORA 2.{1}} mérései alapján 1-4 longitudinális időpontban 120 személyen összesen251 mértéknts. Lila vonalak megfelelnek nak nek az modellé becslés éslila árnyalatú területeken nak nek az95 százalékbizalom időközönként. Ellenanyag fél-él (t1/2 napokban) tól től jelentős modellek vannak ábrázolt. Jelentőség volt értékelték segítségével Satterthwaite közelítés számára a két-oldalú t-teszt tovább az lejtő paramétereket. c Hatalomtörvény modell, val vel idő mivel RT-PCR mint rögzített hatás és Egyedi mint a véletlen hatás, becslése az hanyatlás nak,-nek semlegesítő kapacitás tovább 251mérések tól től 120 magánszemélyek. Csak magánszemélyek val vel NT50 > 100nál nél az övék első mérés voltak használt nak nek becslés az fél-élet. Az lila sor felel meg nak nek az modell becslés és az lila árnyékolt terület nak nek az95 százalékbizalom időközönként. Jelentőség volt értékelték segítségével Satterthwaite közelítés számára a két-oldalú t-teszt tovább az lejtő paramétereket.

Ábra. 6 Szezonális és évi floktuáció ban ben HCV reakcióképesség. Reakcióképesség nak nek emberi koronavírusok (HCV-NL63, HCV-229E, HCV-HKU1, HCV-OC43)volt ahhoz képest által ABCORA 5.0. Reakcióképesség ban ben egészséges vér adományozók tól től 2019 és 2020 volt ahhoz képest. Elő-világjárvány minták beleértve: január 2019 (N = 285), Lehet 2019 (N = 288), január 2020 (N = 252). Minták tól től Lehet 2020 (N = 672) voltak összegyűjtött alatt az világjárvány ban ben Svájc. Csak minták nélkül SARS-CoV-2 különleges reakcióképesség mint meghatározott által ABCORA voltak beleértve (N = 653). Csillagok megfelelnek nak nek szinteket nak,-nek jelentőség nak,-nek két-oldalas t-tesztek összehasonlítása az jelzett csoportok. Szintek nak,-nek jelentőség vannak javítva által az Bonferroni módszer számára többszörös tesztelés és jelzett mint következik:        *p< 0.05/36, **p < 0.01/36,="">p< 0.001/36.Boxplots képviselni az következő: középső val vel az középső vonal, felső és Alsó kvartilis val vel az doboz határait, 1.5x interkvartilis tartományok val vel az pofaszakáll, és kiugró értékek val vel pontokat.

Hatások nak,-nek  HCV  immunitás ban ben  SARS-CoV-2  fertőzés.  Nak nek

a HCV immunitással fennálló kölcsönös függőségek további feltárása, mi nextkivizsgálták hogy vajon HCV válaszokat vannak linkelve az evolúcióhoznak,-nek SARS-CoV-2 antitestek. Nak nek ez végén antitestet elemeztünkválaszokat 204 egyén plazmájábanban ben 60 napok a SARS-CoV után-2diagnózis lineáris regressziós modell segítségével korhoz, nemhez, valamint a pozitív RT-PCR és HCV óta eltelt időhöz igazítvareakcióképesség. Nak nek rétegez HCoV reakcióképesség -ba magas és alacsony HCoV aktivitás, középsőlog MFI-ELLENSÉG voltak defined számára minden egyes HCV ésellenanyagosztály. LogMFI-FOE magasabb, mint a megfelelőmedián legalábbt három HCoVs (HKU1, OC43, NL63, vagy 229E) egy specifikációbanc Ig osztály voltak rangsorolt mint amelynek magas HCV tevékenységezen az osztályon belül. Először is csak reaktivitások ugyanazon anti közöttbodyosztályú were feltárták ban ben az modell (i.e., HCV IgG magas tovább SARS- CoV-2 IgG-k). Kivételt figyeltünk megllyerőskölcsönös függőségek számára IgA és IgM válaszokat a SARS-CoV-2-re, amelyösszesvoltaksignifihevesenmagasabbban benmagánszemélyekval velmagas HCVreakcióképesség (Ábra. 7b). Ez határozottan arra utal, hogy a már meglévő HCV immunitás biztosíthatjae an előny ban ben beépítési SARS-CoV-2 válaszokat.A HCV IgG és a SARS közötti kölcsönös függőség CoV-2  specifikus IgG-t csak az S2 válaszra figyeltek meg. Érdekes módon ezt a megállapítást alátámasztja a HCV S2 helper válaszokatvoltak nemrég megtalált nak nek lendületet SARS-CoV-2 immunitás, ban benkülönös S2 antitest aktivitás31. Annak kiderítésére, hogy a SARS-CoV-2 IgG előfordulhat-eépít tovább friss HCV IgA és IgM válaszokat mi következő szondáztahogy a HCV IgM és IgA kapcsolódik-e az ele-hezvated SARS-CoV-2 specific  IgGszinteket.Bár az IgM esetében nem volt nyilvánvaló hatás, mi jelet figyelt megifinem tud Egyesület nak,-nek magas HCV IgA tevékenység továbbösszesnégymért  SARS-CoV-2  válaszokat  (Ábra.  7c,  d). Ez határozottan javasoljahogyfriss  HCV  fertőzés vana beneficial hatással van a SARS-CoV-2 felszálló antitestválaszrases.

Ban ben az következő elemzés, mi szondázta ha elő-létező HCV immunitásvan an hatása a betegség súlyosságára COVID-ban{0}}. Ennek érdekében miszondázta HCoV immunitás ban ben 80 kórházban és nem kórházbanmagánszemélyek fertőzött számára kevesebb, mint 30 nap (ábra).8a) Irányítás a életkor és nem, azt találtuk, hogy a high elő-létező A HCV reaktivitásnak volt jelentőségehangyaAlsó  DDSnak nekigényelnekkórházi ápolás  (logisztikairegresszió  VAGY = 0.16, 95 százalékos CI (0.04, 0.67), Fig.8b, Kiegészítő 15. ábra). Egy további rétegifikation nak,-nekpbetegek által hogy vajon ők kívánt kezelés nál nél an ICU mutatta a csökkent annak valószínűsége, hogy a betegts val vel magas HCoV válasz szükséges árakat kórházi ápolás val vel intenzív gondoskodás (sorrendi regresszióVAGY {{0}},36, 95 százalékos CI (0. 13, 0,96), ábra.8b, KiegészítőFig. 15). És így, magánszemélyek val vel magas HCoV szinteket volt a 64 százalékkal csökkent az esély szerinti kórházi kezelésről, illdinal rang regresszió analízis összehasonlítása kórházba került ban ben szabályos kórtermek, ban ben intenzív osztály, ésnem kórházba helyeznid magánszemélyek   (Ábra.  8a,  b).   Együttesen,  ezek megfigyelések erősen utalnak a keresztvédő hatásraof HCVimmunitás a SARS elleni immunvédelem kialakításáraCoV-2.

Ábra. 7 Hatások nak,-nek elő-létező HCV immunitás alatt SARS-CoV-2 beszerzés. a Idő-egyezett összehasonlítás nak,-nek ABCORA 5.0 reakcióképesség számára SARS-CoV-2és HCoVs ban ben egészséges és SARS-CoV-2 fertőzött magánszemélyek. Egészséges adományozók voltak mintát vettek ban ben Lehet 2020 (N = 653; kék). Vérplazma tól től SARS-CoV-2     fertőzött egyéns volt összegyűjtött között április–június 2020 (N = 65; piros). Lát Kiegészítő Ábra. 14 számáraanelemzés nak,-nek az teljes SARS-CoV-2 pozitív kohorsz(N = 389). szürke dobozok jelezze értékeket felett az Egyedi MFI-ELLENSÉG vágott-offs számára SARS-CoV-2 különleges válaszokat számára minden egyes antigén. Csillagok megfelelnek szintekre nak,-nek jelentőség nak,-nek két-oldalú t-tesztek összehasonlítása negatív ellen pozitív betegek. Szintek nak,-nek jelentőség vannak javítva által az Bonferroni módszer többszörösre tesztelés és jelzett mint következik: *p< 0.05/12, **p< 0.01/12, ***p< 0.001/12 (IgG HKU1: p = 0.66, IgG OC43: p = 0.45, IgG NL63: p=3.3 × 10−04, IgG 229E: p = 1.6 × 10−05, IgA HKU1: p=1,8 × 10−03, IgA OC43: p=1,3 × 10−05, IgA NL63: p=1,4 × 10−07, IgA 229E: p=3.0 × 10−05, IgM HKU1: p = 3.3 × 10−08, IgM OC43: p = 4.3 × 10−03, IgM NL63: p = 1.1 × 10−07, IgM 229E: p = 2.7 × 10−02). Boxplots képviselni az következő: középső val vel a közép vonal, felső és Alsó kvartilis val vel az doboz határait, 1.5x interkvartilis tartományok val vel az pofaszakáll, és kiugró értékek val vel pontokat. b Lineáris regresszió modellek mutatják az Egyesület között SARS-CoV-2 és HCV jeleket ban ben 204 SARS-CoV-2 pozitív betegek val vel ismert dátumok nak,-nek irst pozitív RT-PCR kimutatás. Befolyások belül az azonos ellenanyag osztály vannak kivizsgálták. Az modellek voltak beállított tovább kor (spline val vel 3 fokon nak,-nek szabadság), neme, azóta eltelt idő pozitív RT-PCR (spline val vel 3 fokon nak,-nek szabadság), és szint nak,-nek HCoV reakcióképesség. Minták vannak tervezett nak nek kikötő magas HCV reakcióképesség ha ők mutasd meg az ABCORA-t 5.0 HCVlog MFI-ELLENSÉG értékeket magasabb mint az megfelelő középső ban ben nál nél legkevésbé 3 HCoV mérések (HKU1, OC43, NL63, vagy 229E). A görbék megfelelnek nak nek az modellé becslés és árnyékolt területeken nak nek az95 százalékbizalom időközönként. p-értékeket voltak kapott által futó a két-oldalú Diák t-teszt a paraméter társult val vel HCV reakcióképesség ban ben az lineáris regresszió. c Lineáris regresszió modell mutatja az Egyesület között SARS-CoV-2 IgG és HCV IgA jeleket. Görbék megfelelnek nak nek az modellé becslés és árnyékolt területeken nak nek az95 százalékbizalom időközönként. p-értékeket voltak kapott által futó egy kettőt-oldalú Diák t-teszt tovább az paraméter társult val vel HCV reakcióképesség ban ben az lineáris regresszió. d Lineáris regresszió modell mutatja az EgyesületSARS-CoV-2 IgG és HCV IgM jelek között. A görbék a modell becslésének, az árnyékolt területek pedig a 95 százalékos konfidencia intervallumoknak felelnek meg. p-értéks voltak kapott által futó a két-oldalú Diák t-teszt tovább az paraméter társult val vel HCV reakcióképesség ban ben az lineáris regresszió.

Beszéljétek megion

Definiciót nak,-nek  SARS-CoV-2  immunitás oltás utáni ésa fertőzés azonnali jelentőséggel bír44–46. Megfejtése antitestkorrelálnak,-nek SARS-CoV-2  védelemésmonitoring vakcina érzékenység kihívást jelentő feladatok előtt áll. A nagyságrend aés hosszú élettartam nak,-nek védő ellenanyag válaszokat nak nek természetes fertőzés és különböző védőoltások szükség nak nek lenni megvizsgálták nak nek megértparamétereket hogy alak védő válaszokat és útmutatást ad a döntésekhez a nem reagálók újraoltásáról és ismételt immunizálásárólnutcaregény felmerülő SARS-CoV{0}} változatok47. Hasonlóképpen a teremtés azt jelenti szerológiailag megkülönböztetni a de novo fertőzést, a refertőzés,és vakcina válaszokat, az övék tartósság és kudarcok akarat maradcritical számára klinikai diagnózis.

Itt mi demonstrálni az magas hasznosság nak,-nek több-paraméter ser- oprofiláció a d kulcskérdések kezelésébenefining  SARS-CoV-2 immunitás.  Egyidejűérzékelésnak,-nek antitest válaszok a hatótávolságnak,-nek SARS-CoV-2  antigénekéskülönböző  Igosztályokval vel ABCORA  szeroprofilingátfogó képet nyújtott SARS-CoV-2 szerológiai állapot egyetlen vizsgálatban, amely kbn hasznos lehet a klinikai diagnosztikában az e jelenlétének meghatározásáraof újrafertőződés,  defineújrafertőződés,  ésreagálnak nekoltás. Számításimodellezésismegengedettjósolni plazma neu-megvalósítás kapacitás tól től ABCORA eredmények, lehetővé téve aátfogó értékelés nak,-nek SARS-CoV-2 ellenanyag dinamika és övék kölcsönhatásba lépHCV válaszokat. Mi tanult két ABCORA próbaverziók thnál nél mindkét mért HCV reakcióképesség mellett az  12 SARS-CoV-2 paramétereket.Az ANCORA 2 tartalmazza az S1 antigéntHKU1. ANCORA 5 beleértve S1 nak,-nek összes négy keringő HCV.Nevezetesen, számítási modellek hogy beleértve az HCVmérések megengedett a magasabb pontosság ban ben meghatározó SARS-CoV- 2 szeropozitivitás, magasvilágítás kölcsönös függőségek között HCoVés SARS-CoV-2 válaszok, amelyeket meg kell oldani.

Felvétel reakcióképesség ellen összes négy HCoVs ban ben SARS-CoV-2nem fertőzött ésfertőzöttmagánszemélyekmimegfigyeltérdekfeszítőegyesületek. UnfertőzöttmagánszemélyekMegjelenikmagasabb  HCVreaktivitás a fertőzött egyénekhez képestahozzájárulás nak,-nek HCV immunitás nak nek korai védelem ellen SARS-CoV- 2. A HCV-immunitás pozitív hatással lehet a SARS-CoV-ra is-2fertőzés. Ban ben megegyezés val vel Egyéb jelentéseket, mi neves akeresztetetés nak,-nek SARS-CoV-2 és HCV válaszok SARS-CoV-2 fertőzésben31,48 val vel magánszemélyek val vel magas HCV reakcióképesség fejleszteni-nyílás magasabb SARS-CoV-2 ellenanyag szinteket. A legtöbb nevezetesen, már létező HCV immunitás volt an hatás tovább betegség súlyossága miénkben kohorsz. SARS-CoV-2 fertőzött magánszemélyek val vel alacsony HCV reaktivitás volt a magasabb valószínűség nak,-nek igénylő kórházi ápolás.

Míga miénktanulmánykizárólag mért antitestválaszok, alehetségesvédőhatásnak,-nek HCoVSARS elleni immunitásCoV-2 beszerzés kellene nem lenni megtekintvemintkorlátozott nak nek antitest aktivitás. Antitestek és a celluláris immunitás egyaránt releváns lehetés aktívan koncertezik31,49–51. Alternatív megoldásként antitest válaszsesmmért ban ben az jelenlegi tanulmány lehet kizárólag dokumentum friss HCV infection és szállít a helyettes mérés nak,-nek Egyéb védőHCV válaszokat. Az link között magasabb HCV  és SARS-CoV-2 reakcióképesség fertőzött egyének esetében különösen érdekes. A legerősebb hatások voltak látott számára IgM és IgA HCoV válaszokat, suggesztus hogy friss HCV immunitás biztosítja an korai lendületet nak nek SARS-CoV-2 antitestek kialakulásaent.  Akárezvanesedékesnak nek keresztreaktív B-sejt válaszok, amelyekenaz  SARS-CoV-2immunitás épít tovább és érlelődik vagy hogy vajon kereszt-reaktív T segítőtevékenységekjátékdomináns szerepet, ahogy azt javasolták31  lesz fontos nak nek elhatározás ban ben tovább-eljövetel tanulmányok. Az pontos szerep és időzítésg nak,-nek HCoVválaszokatbefolyásolása  SARS-CoV-2  ellenanyagválaszokat is marad nak nek lenni defined. Korai alacsony-affinity HCoV válaszok lehet van a pozitív hatás tovább az fejlődés a SARS-CoV-2 immunitást egy olyan immunmemória kialakításával, amelyen nak nek épít, mivel amplifikation nak,-nek nem-védőkeresztreaktívHCV antestek szerint nak nek az antigén bűn elv lehet van negatív hatások30.

HabárEgyesületaz olyan tanulmányok, mint amilyen a miénk, formálisan nem lehetséges define kauzalitás, az következményei nak,-nek a miénk A megállapítások nyilvánvalóak: Előzetesimmunitás nak nek HCV lehet védeni nak nek néhány mértéke ellen SARS-CoV-2 beszerzés, éslehet biztosítani a lendületet nak nek az fejlődés a SARS-CoV-2 specific immunitás és val vel ez Alsó az kockázat számáraszigorúkórházi ápolás.  A  szerényHCoV védő hatásaimmunitás lenne lenni a valószínű magyarázat számára az magasarányaz asympparadicsomos és enyhe SARS-CoV-2 fertőzések52,53. Még több érdekesek a jövő perspektívái. Ahogy mások és mi isvan Látható, SARS-CoV-2 és HCV immunitás nak nek fertőzés vannakgyakran nem hosszú-tartós (Ábra. 5, Kiegészítő Ábra. 11)5,54, korlátozáshogy  SARS-CoV-2  védőoltásokreménynak neklegyőzni. Kellene SARS-CoV-2  válaszokatban benfordulatbiztosítaniegy fokú védekezés HCV ellen fertőzés, széles védelem ellen koronavírusok r-ben lehetminden egyes.

Ábra. 8 Hatás nak,-nek HCoV immunitás tovább COVID-19 súlyossága. a Egyesület nak,-nek kórházi ápolás állapot (nem kórházba került (N = 16); kórházba került nem ban ben ICU(N = 42); kórházba került ban ben ICU (N = 22)) és magas vagy alacsony IgG HCoV reakcióképesség. Téglalap méretek megfelelnek nak nek az arány nak,-nek beleértve betegek. b Befolyása HCoV reakcióképesség (alacsony/magas) tovább az kórházi ápolás állapot ban ben a részhalmaz nak,-nek N = 80 betegek, mint becsült val vel esély arányok, ban ben an sorrendi regresszió (szintekkel = nem kórházba került (N = 16); kórházba került nem ban ben ICU (N = 42); kórházba került ban ben ICU (N = 22)) és a logisztikai regresszió (referencia = nem kórházba került(N = 16); ellen összes kórházba került (N = 64)). Adat van bemutatott mint paraméter becslés és annak95 százalékbizalom intervallum. Szint nak,-nek jelentőségét nak,-nek a paraméter van kapott val vel a két-oldalú t-teszt (p-érték van Megjelenik ha <>másképp jelzett mint n.s.).

Nekemthods

Emberi mintadarab. Szérum és plazmamintákat gyűjtöttek kikelés előtt és után

SARS-CoV-2 inSvájc (elő ésfebruár után 2020, illetőleg) voltakbeleértve. Nem beteg beiratkozás volt végzett számára az jelenlegi tanulmány. Összeskísérletek bevonásával minták tól től emberi adományozók voltak végzett jóváhagyásával a válaszokatképes helyi etika bizottság (Kantonale Ethikkommission) Zürich,

Svájc (BASEC Nrs 2020-01327, 2020-00363; 2021-00437; 2020-00787), készítette az rendelkezések nak,-nek az Nyilatkozat nak,-nek Helsinki és az Jó klinikai Gyakorlat iránymutatásokat nak,-nek Nemzetközi Harmonizációs Konferencián. Minták voltak kapott tól től a következő források: (i) zürichi véradásszervizes (ZHBDS): Anonimizált egészséges felnőtt vérplazma tól től elő-világjárvány időpontokat (január 2019, Lehet 2019,és 2020. január) és az első hullámból világjárvány Zürichben, Svájcban (Lehet 2020) voltak biztosítani által az ZHBDS belső szérumtár és ellenérvekent számára ez tanulmány volt lemondott által az etika bizottság(BASEC 2021-00437). (ii) Anonimizált a rutin diagnosztikából visszamaradt minták nál nél az Intézet nak,-nek Orvosi Virológia, Egyetemi nak,-nek Zürich, az Egyetemi gyerekek Kórház Zürich, és az kantoni Kórház Winterthur (BASEC Nrs2020-01327, 2021-00437). Minden résztvevőtől írásos beleegyezést kaptunkamelynek mintája was vett alatt az világjárvány nál nél az Egyetemi KórházZürich (BASEC 2020-01327). Más kórházakból származó pandémiás mintákhoz and elővilágjárvány minták beleegyezés volt lemondott által az etika bizottság. (iii) Egészségügyolyan dolgozók, akiknél RT-PCR megerősítette a SARS-CoV-2 fertőzéstion részt ban ben a tanulmány a Egyetemi Kórház Zürich (BASEC 2020-00363). Írott tájékozott beleegyezés volt kapott tól től összes résztvevők. (iv) Férfi vérplazma adományozók részt ban ben egy SARS-CoV-2 vérplazma terápia tanulmány a Zürichi Egyetemi Kórházban végezték(CPT-ZHP, Swissmedic 2020TpP1004; ALAPVETŐ 2020-00787). Írásban tájékoztatvaminden résztvevőtől beszerezték a kutatáshoz való hozzájárulást. Tő jelentés nak,-nek összes emberi és türelemnt adatmegfelel val velazSTROBE nyilatkozat. Elő-világjárvány (SARS- CoV{0}} negatívve, N = 825) és confirmed SARS-CoV-2 pozitív minták (N = 389)voltak megosztott -ba kiképzés és érvényesítés kohorszok (Kiegészítő asztal 3).          Elérhető demográfiai adatok data tovább neme, kor, idő mivel pozitív RT-PCR ésstünet fellépő, és kórházi ápolás állapot vannak jelentették ban ben Kiegészítő asztal 11.Az SARS-CoV-2 kiképzés kohorsz (N = 175alatt gyűjtött plazmát tartalmaztafertőzés (N=114) és lábadozás (N=61). Per donor csak egy mintavétel időpont szerepelt, longitudinális minták nak,-nek adományozók beleértve ban ben az kiképzés kohorsz voltak nem beleértve ban ben az érvényesítés kohorsz, hogy megbizonyosodjon a függetlenségről, mikorfelmérve az érzékenység és a különböző diagnosztikai módszerek sajátosságai. Az   SARS-CoV-2 érvényesítés kohorsz (N = 214), tartalmazza vérplazma összegyűjtött fertőzés során (N = 90, donoronként egy mintavételi időpont) és a lábadozás

(N = 124, 79 lábadozó beteg 1-4 longitudinális mintával). Többszörpontokat nak,-nek lábadozó betegek voltak beleértve ban ben az érvényesítési adatkészlet rögzítéséhez a széles spektrumú waning ellenanyag titerek. Egy keresztmetszet elemzés volt alapján továbbminták val vel ismert idő mivel pozitív RT-PCR (N = 369) vagy ismert idő tünet óta fellépő (N = 333), mindkettő tartalmazza a longitudinális elemzési megfigyeléseket.Mindkettő a pozitív RT-PCR óta eltelt idő és az időmivel fellépő volt ismert számára330 minta, három nap mediánidővelys között tünet fellépő és RT-PCR(1utca–3rdkvartilis: 1–7 nap). Az antitest-reaktivitás longitudinális analízisén alapult 120 lábadozó 251 megfigyeléséncent betegek val vel ismert idő mivel pozitív RT-PCR és a tünetek megjelenése óta eltelt idő. Semlegesítés was mért tovább 467 SARS-CoV-2 RT-PCRpozitív minták (N = 369 val vel ismert idő mivel pozitív RT-PCR, N = 333 val vel ismert idő mivel tünet fellépő).

Tovább értékeltük az ABCORA 2.0 és 5.0 keresztreaktivitást a bal oldalon.t-felett vérplazmarutin diagnosztikából egy prepandémiás kontrollcsoportban with dokumentált, legutóbbi HCV fertőzés (Kiképzés II, N = 75; OC43 (N = 27), HKU1 (N = 17), NL63      (N = 22), 229E (N = 9)). Keringő HCV van általában csak átvilágítva számára ban benkórházi kezelés, súlyos légúti fertőzések és legyengült immunitás magánszemélyekakik rutinszerűen átesnek egy tesóhirdetés szűrés számára légúti fertőzések. Ennélfogva, ban ben ezt a beteget csoport, mindkét csökkent ellenanyag reakcióképesség esedékes nak nek immunis megalkuvó vagyemelkedett HCV antibody reakcióképesség esedékes nak nek friss vagy ismétlődő HCV fertőzés lehetelőfordul. Mivel ez a csoport diagnosztikusan ide vonatkozó mi figyelembe vett azt körültekintő nak nek tartalmazza ezt kohorsz mint Kiképzés II adat készlet nak nek ellenőrizni ha kereszt-reakcióképesség val vel SARS-CoV-2 ban benABCORA bekövetkezik ebben a beállításban. A II. képzés adatai nem szerepeltek a küszöbben definiciót nak nek nem felett-képviselni magánszemélyek súlyos betegséggel. Ez a HCV-fertőzöttcsoport Megjelenik átfogó Alsó reakcióképesség val vel SARS-CoV-2, mint a plazmátólegészséges felnőttek de fontos mutatta nem jelzés nak,-nek keresztreaktivitás (ábra).1a, b). Pandémiás mintales tól től névtelen vér adományozók val vel ismeretlen SARS-CoV-2állapot összegyűjtött ban ben Lehet 2020 (N = 672) voltak nem beleértve ban ben kiképzés és érvényesítés kohorszok.

Reagensek és sejtvonalak. His-tmegöregedett SARS-CoV-2-származtatott antigének (receptor

kötődomén (RBD), S1 alegység (S1), S2 alegység (S2), nucleokapszid fehérje (N)) és S1 tő négy keringő HCoVs (HKU1, OC43, NL63, 229E) voltak vásárolt a Sino Biological Europe GmbH, Eschborn, Németország (Kiegészítőasztal 12). A kimutatási és kontroll antitestek forrásai, specifikumai és koncentrációja valamint az ABCORA-hoz és a semlegesítéshez használt szérumokts vannak listázott ban ben Kiegészítő táblázat 13. 293-A T-sejteket az American Type Culture Collection-től szereztük be(ATCC CRL- 11268)55. HT1080/ÁSZ2cl. 14 sejteket33 voltak kedvesen biztosította P.Bieniasz, Rockefeller Egyetemi, NY. Mindkét sejt vonalak voltak kulturált ban ben DMEMtartalmazzang10 százalékFCS.

Tervezés nak,-nek multiplex gyöngyöt próba ABCORA 2.0. Mi alapított két gyöngyöt-alapjánmultiplex SARS-CoV-2 immunológiai vizsgálatok (ABCORA 2.0 és ABCORA 5.0) hogytartalmazott egy sor SARS-CoV-2 és HCoV antigének (Sino Biológiai EurópaGmbH, Eschborn, Németország, 12. kiegészítő táblázat). Négy SARS-CoV-2 antigens- RBD, S1, S2, és N - voltak beleértve ban ben mindkét ABCORA 2.0 és ABCORA 5.0.ANCORA 2.0 beleértve ban ben kiegészítés S1 nak,-nek HCV-HKU1, ésABCORA 5.0 beleértve S1nak,-nek összes keringő HCoVs (HCV-NL63, HCV-229E, HCV-HKU1, HCV-OC43). Ban ben rövid, Egyedi MagPlex gyöngyök (Luminex Vállalat, Austin, TX)    unique fluoreszkáló gyöngyöt régiók voltak választott számára minden egyes antigén, gyöngyök voltakkapcsolt és antigén-kapcsolt gyöngy keverékeisvoltakinkubált val vel beteg vérplazma ban ben a 96-jól lemez készlet-fel. AzKözépső Fluoreszkáló Intenzitás (MFI) nak,-nek gyöngyhöz kötött plazmaantibódákat volt mért kihasználva a FlexMap 3D olvasó (Luminex Vállalat,Austin, TX). Mi tervezett az próba nak nek teljesfill az következő kritériumok: (i) magas sebesség-cifiváros, érzékenység, és reprodukálhatóság, (ii) rugalmas multiplex tervezés hogy lehetővé teszi az egyértelmű kiegészítés és/vagy módosítás nak,-nek antigének; (iii) széles dinamikus hatótávolság;  (iv) választható quantifikation nak,-nek ellenanyag válaszokat; (v) választható felvétel nak,-nekellenanyaga HCoV-kra adott válaszok és (vi) rutinszerű használatne diagnosztika és kutatás.

Szterikust választottunk orientáció elfog keresztül anti-Övé antitestek nak nek biztosítsa a homogén antigén megjelenítés. Ezért a karboxilezett MagPlex gyöngyök (Luminex

Vállalat, Austin, TX) voltak összekapcsolt val vel anti-Övé ellenanyag (Sino Biológiai

Európa GmbH, Eschborn,Németország, 13. kiegészítő táblázat), majd összekapcsolják His-címkévelantigének segítségével Bio-Plex Amin csatolás (Bio-Rad LaboratóriumokAG, Cressier, Svájc) a gyártó iutasításokat és mintleírta56.

A szérum/plazma titrálást általában a legpontosabb strategy nak nekretrielőestéje mennyiségi információ tovább ellenanyag reakcióképesség. azonban, ban ben diagnosztikai használattesztek ideális esetben kellene szállít (félig)-mennyiségi információ tól től a egyetlen szérumhígítás nak nek engedély elegendő áteresztőképesség. A végleges vizsgálati feltételek a következőkre terjedtek ki: a 2-log MFI tartomány az összes vizsgált antigén-Ig kombinációban (kiegészítő 1. ábra).Ratifikálás az érvényesség nak,-nek segítségével a egyetlen vérplazma hígítás, mi confirmed hogy vérplazmatól től SARS-CoV-2 pozitív betegek és elő-világjárvány SARS-CoV-2negatíva plazmaminták optimális dózis-választ mutatnak görbék felett a széles vérplazma hígításhatótávolság (Kiegészítő Ábra. 1f). Fontos, a 1/100 hígítás nak,-nek vérplazma volt ban ben összesesetek Bezárás a maximális jelig, hangsúlyozva, hogy a növekvő plazmaa koncentráció nem növeli a jel intenzitását, hanem inkább veszélyeztetier csökkenősignálok esedékes nak nek prozone hatások (Kiegészítő Ábra. 1f).

Maximális anti-Övé ellenanyag Betöltés volt elért nál nél 5 µg ellenanyag per milliógyöngyök (Supplembelépő Ábra. 1c) és használt mint a alapértelmezett csatolás állapot. Ban ben az finaljegyzőkönyv,5 millió anti-His antitesthez kapcsolt mágneses gyöngyöt inkubáltunk Övé-megjelölt antigének PBS-ben hígítva 320 nM koncentrációban.IgG-re specifikus fikoeritrin (PE) jelölt másodlagos antitestek, I.gA, vagy IgM voltakdetektor antitestként használják (kiegészítőasztal 13). Minőség ellenőrzés nak,-nek azantigén loading volt teljesített által inkubálás az gyöngyök val vel monoklonálisa megfelelő CoV-d-t megcélzó antitestekerived antigén mint részletes ban ben12. kiegészítő táblázath az FlexMap 3D olvasó(Luminex Corporation, Austin, TX) val vel az beszerzés nak,-nek nál nél legkevésbé 50 gyöngyök pergyöngy régió. Eredmények aújra rögzített mint MFI per gyöngyöt vidék.

Számos ellenőrző intézkedés volt installed nak nek megállapítaniinter-és intra-próbateljesítmény. Annak megállapítására, hogy a vizsgálat alacsony-epróba változékonyság, nagy tételek nak,-nekegyéni antigénnel töltött beads voltak előkészített és fagyott ban ben alikvot részek amíg használt nál nél-20 fokC nak nek megkerüléseazhanyatlás nak,-nek az antigén-összekapcsolt gyöngyök (1. kiegészítő ábra). Az egyes kapcsolt gyöngyöket a vizsgálati napon yi-hez kevertükeld az kívánt antigéngyöngy koktél. A koktélok 60 gyöngyöt tartalmaztak per gyöngyöt vidék per µl. Ban ben kiegészítés nak neka SARS-CoV-2 és a HCV gyöngy régiók, mindegyik koktél tartalmazott egy empty gyöngy régió (nem antigén összekapcsolt) nak nek ellenőrzés számára nem specifikáltfic kötés. Minőség ellenőrzés és érvényesítés eljárások számára az FlexMap 3D hangszer voltak Kész tovább minden egyes nap akísérlet accrendelés nak nekazgyártó's utasítás. Az változékonyság nak,-nek az próbavolt elemezte mint következik56: vérplazma minták tól től 20 RT-PCR confirmed SARS-CoV- 2 fertőzött beteget összegyűjtöttünk, és over a hatótávolság nak,-nek hét hígítások ban ben 31  különböző titrations teljesített tovább 10 különböző napok (Kiegészítő Ábra. 2). Átösszes antigének és Ig osztályok, jeleket voltak megtartva felett az teszt időszak nak,-nek 25napos posta gyöngycsatlakozás. A kötési jel variációs együtthatói (CV) a t-n keresztülitrationsa 12 antigén-Ig osztály kombinációjábólnemzetek bizonyított alacsony (hatótávolság: 0.010–0. 128, középső  0.059, Kiegészítő 3c, d ábra, 1., 2. kiegészítő táblázat). Ugyanazon nap és nap mint napváltozékonyság prohangált alacsony és hasonló (Kiegészítő Ábra. 3e, f). Lent a 1/ 100 vérplazma koncentráció, önéletrajz megnövekedett markánsan (Kiegészítő 3d ábra),         1/100-at határozva meg a legmagasabb koncentrátumkénttovább (legalacsonyabb vérplazma hígítás) nak nek lenni tesztelve ban ben az próba. Így az 1/100 arányú plazmahígítást határozták meg alapkénthígítás számára szűrés vérplazma ban ben ABCORA 2.0 mikor a minőségi (azaz SARS-CoV- jelenléte vagy hiánya 2specifikus antitestek) vagy félkvantitatív (azaz MFI jelintenzitás) kijelzésrszükséges.

Minden ABCORA mérés defelhasadt tól től egyetlen mérések hacsakmásként közölték. A SARS-CoV-2 specifikáció mérésec antitestek ban ben beteg vérplazma,hővel inaktivált vérplazma (1 h nál nél56 fokC) volt hígított 1/100 ban ben PBS-BSA1 százalékhacsakmásként kijelentve. 50 µl hígításszerk vérplazma voltak inkubált val vel 50 µl nak,-nek az ABCORAantigén gyöngyöt koktél számára 30 percek nál nél szoba hőfok ban ben 96-kúttányérok, mosva háromszor 1%-os PBS-BSA-val, és különálló reakciókban inkubáltukfikoeritrin (PE)-feliratú detektor antitestek számára IgG, IgA vagy IgM nál nél a finális koncentráció nak,-nek 1/500 PBS-BSA-ban 1 százalék. Ezt a hígítást korábban aa detektor antitestek titrálása az optimális MFI jelek elérése érdekében. 45 m utáninutes nak,-nekszobahőmérsékleten inkubáltuk, a gyöngyöket háromszor mostuk P-velBS-BSA1 százalékés elemezte ban ben 96-jól tányérok a FlexMap 3D olvasón (Luminex Corporation, Austin, TX). A minimális nak,-nek 50 gyöngyöt olvas per antigén volt szerzett.

Valódi keresztreaktív antitest ellenőrzéséreies, minden egyes vérplazma minta voltbeával értékeltékds nélkül antigén (üres gyöngyöt ellenőrzés) ban ben kombináció melyikminden detektor aantitest. Mert elemzés, nyers MFI értékeket voltak átalakult nak nek MFI-ELLENSÉG nak nek helyes számára háttér kötés.Megállapítottuk, hogy üres gyöngy MFI-FOE a pandémia előtti egészséges donorok IgG-hez, IgA-jához és IgM-éhez (N=1016) és set az átlag MFI-ELLENSÉGplusz4x szórás az üres gyöngy vezérlés küszöbeként.Ban ben abszolút szinteket, ezek küszöbértékeket összegű nak nek MFI-FOE 41,58 (IgG), 55,91 (IgA), és 269,47 (IgM).Mmérések számára melyik az üres gyöngyöt ellenőrzés rögzített értékeket above ez küszöb voltak figyelembe vett érvénytelen és megismételt.

Minden Luminex-elemző 96-lyuklemez konta-ra lett beállítvaban ben az azonos készlet nak,-nekellenőrzés minták, ugyanis 7 sorozatszám 4-hajtogatni SARS-CoV-2 pozitív kontroll hígításaidonor medence (N = 20 adományozók, induló hígítás 1/100, Kiegészítő Ábra. 1f) és egy elő-világjárvány egészséges donor medence (hígítás 1/100, N =20 donor, kiegészítő1f. ábra). Ezek a pozitív és negatív kontrollok lehetővé teszik az assay teljesítményének ellenőrzésétncefüggetlen méréseken keresztül, és emellett lehetővé teszivisszatekintőszabványosítás a külső ellenőrzésekkel szemben, ha szükségesded.

Meghatározás nak,-nek SARS-CoV-2 szeropozitivitás ban ben ABCORA 2.0 és ABCORA 5.0. Nak nekMegkülönböztetjük a SARS-CoV-2-specifikus antitesteket a keresztreaktív antitestektől,efined MFI- FOE küszöbértékek a 12 SARS-CoV-2 antigén és az Ig osztály kombinációjának mindegyikéres plazma antitest retevékenység ban ben kiképzés kohorszok (Kiegészítő Táblázatok 3 és 4). Ezek közé tartozott a pandémia előtti egészséges donor plasma (Kiképzés I, N = 573),adományozók val vel friss HCV fertőzés (Kiképzés II, N = 75; OC43 (N = 27), HKU1 (N = 17), NL63 (N = 22), 229E (N=9)) és donorok, akiknél megerősített SARS-CoV-2 fertőzés (Kiképzés III, N = 175). Küszöbértékek voltak készlet nak nek minimalizálnihamis pozitívumokmíg biztosítva érzékenység számára SARS-CoV-2antitest kimutatására és eléréséhez egyáltalános specifitás fente99 százalékés beleértve szinteket számára határ-vonal reakcióképesség számára IgGRBD,IgG S1, és IgG N nak nek lehetővé teszi is szerény ellenanyag reakcióképesség nak nek ezek antigének to lenni megvizsgálták. MFI-ELLENSÉG olvas nak,-nek Egyedi minták voltak átalakult -baSign-over cut-off (SOC) értékek (MFI-FOE/küszöb). SOC vértékeket vannak használt számáraszamarakaténekel pozitív reakcióképesség számára minden egyes Egyedi antigén-ellenanyag osztály kombináció, val vel SOC > 1 pozitív reakciókészséget, SOC < 1 pedig negatív reaktivitást jelöl.Mikor beállítás Egyedi küszöbértékeket, azt kell lenni figyelembe vett hogy számára minden egyes nak,-nek az 12 szondázta tevékenységek keresztreakciók léphetnek fel. 12 egyedi SOC paraméterrel rögzített, általános spcifiváros akarat csökken ha Bármi pozitív SOC függetlenül suffices nak nek mérték a minta átfogó mint SARS-CoV-2 ellenanyag pozitív. Nak nek példázza:Feltételezve független válaszok esetén még az egyes antigénekre vonatkozó magas, 99 százalékos specifitás is összeadja a to összességében alacsony, 88 százalékos specifitás a teljes vizsgálat során. Szükségünk volt tehát a for SARS-CoV-2 pozitív hívás ban ben ABCORA 2.0 a minimális nak,-nek két specifivárosok nak nek elérhetitevékenység felettazküszöb. Az összesített érték meghatározásához használt kombinált SOC értékekEgy adott minta szerostatusát az 5. kiegészítő táblázat részleteziG RBD, S1, és N,amelyre határvonali SOC aktivitást is rögzítettünk, megengedtük a1 antigén kombinációja reaktivitás SOC > 1, a második reaktivitás SOC > határvonal. Az final küszöb és pozitív hívás kritériumok megengedett számára különbségtétel részleges (korai szerokonverzió val vel csak IgM és IgA válaszokat) nak nek teljes ser-          átalakítás (plluding IgG válaszokat) (Kiegészítő asztal 5). Ban ben kiegészítés, a kritériumokat gyenge reaktivitású és/vagy határozatlan reakcióképességű mintákat jelöl(5. kiegészítő táblázat).

Az összehasonlítás megkönnyítése érdekébeneen ABCORA 2.0 és ABCORA 5.0 az azonosküszöb határértékeket használtak az ABCORA 5-höz.0. Úgy döntöttünk, hogy nem hozunk létre konkrét levágásta HCV antitest reaktivitásának küszöbértékei, mint an pontos definiciót nak,-nek a negatívA válasz összetett a HCoV-knak és a consi-nak való széles körben elterjedt kitettség miattderableantitest keresztreakciótivitás között őket. HCV válaszokat voltak azonban beleértve a statisztikábancal elemzések mint MFI-ELLENSÉG értékeket.

Meghatározás nak,-nek SARS-CoV-2 szeropozitivitás segítségével logisztikai regresszió osztályozás.

Classifikation nak,-nek szeropozitív ellen szeronegatív minták ban ben ABCORA 2. 1 valósult megsegítségévellogisztikai regresszió. Az azonos kiképzés és érvényesítés adat használt számára az létesítése nak,-nek ABCORA 2.0 voltak használt. Mint az ABCORA 2.{1}} kötési reakciók erősen korreláltak, a következő változókat vettük fel a modellbe (kiegészítő Ábra. 6a): az átlagos érték az összes IgG MFI-FOE válasz (RBD, S1, S2, N) közül a átlagos érték nak,-nek az RBD, S1 és S2 elleni IgA MFI-FOE válaszok és az átlag az RBD, S1 és S2 elleni IgM MFI FOE válaszok értéke. IgA és IgM válaszs Az N-re ki lettek zárva, mivel nem csoportosultak ugyanazon I válaszaivalg osztály (Kiegészítő Ábra. 6a). A logisztikus regressziót használtuk a becsléshez és az előrejelzéshez adott minta valószínűségee nak nek lenni pozitív (p) mint leírta ban ben egyenlet (1).

Paraméter  0, G, A, és  M voltak becsült tovább az kiképzés adatkészlet. A minta Ezt követően pozitívnak határozták meg, ha pozitívnak jósolt valószínűsége nagyobb volta küszöb c/. Ezt a küszöbértéket úgy határozták meg, hogy legalább 0,99-es fajlagosságot kapjon, és maximális érzékenység a képzési adatkészleten (hasonlóan to c számára az véletlen erdő). Ban benösszefoglaló, ban ben ABCORA 2. 1, minden új minta szeropozitívnak minősül, ha annak valószínűsége A logisztikus regresszióval becsült szeropozitív c/ feletti. Elemzi mire R verzióban került előn 3.6.3. Meghatározás nak,-nek SARS-CoV-2 szeropozitivitás segítségével véletlen erdő osztályozás.  A szeropozitív ve osztályozásarsus szeronegatív minták ban benazkontextus nak,-nek ANCORA 2.0 és ABCORA 5.0 volt realized segítségével a véletlen erdő megközelítés következő azr alapbeállításaandom erdők mint leírta ban ben57. Az véletlen erdő maga volt épült 1000 osztályozási fa együttese MFI-FOE válaszok (IgA, IgG,ésIgM az RBD ellen, S1, S2,N). Az valószínűség nak,-nek a minta lény pozitív mint elő-  a véletlenszerű erdő által diktált p átlagarobabilitások felett összes 1000 fák. Végül meghatározunk egy mintátned mint pozitív ha annak valószínűség nak,-nek lény pozitív van felett a threshold c, melyik van defined mint nak nek szerezni a specifiváros nak,-nek nál nél legkevésbé 0.99 és a maximális érzékenység a vonatoning adatkészlet. Ban ben összefoglaló, Bármi új minta van defined mintszeropozitív, ha its valószínűség nak,-nek lény szeropozitív mint becsült által az véletlenerdő a thr felett vaneshold c. Mi végzett a sorozat nak,-nek véletlen erdő elemzések amelyek vagy csak a SARS-CoV-2 válaszokat, vagy a SARS-CoV-2 és a HCV-t vették figyelembe   válaszokat ban ben ABCORA 2.0 és ABCORA 5.0: ABCORA 2.2 és ABCORA 2.3 voltakkiképzett és használt számára jóslat tovább ABCORA 2.0 adat és beleértve csak SARS-  CoV-2 válaszokat vagy SARS-CoV-2 és HKU1 válaszok. ANCORA 5.4 (csak SARS-CoV-2 válaszok esetén) és ABCORA 5.5 (SARS-CoV-2 és HCVválaszokat) voltak kiképzett tovább ABCORA 5.0 adat. Az adatfelvétel részletei a illető modellek vannak listázott ban ben Kiegészítő asztal 3 és Kiegészítő asztal 10. Az elemzéseket az R 3.6.3-as verziójában packag használatával végeztükes randomForest és     vadőr58–61.

Eredményeink szilárdságának biztosítása érdekében egy kísérletet végeztünkérzékenység elemzés randomizálással a betanítási és érvényesítési adatkészleteket 5-fold keresztellenőrzésselmódszer. Mindkét készletnak,-nek pozitív és negatívumokat minták voltak megosztott -ba five egyenlőalkatrészek és mi defined hogy út five érvényesítés készletek (álló nak,-nek az i-th készlet nak,-nekpozitívumok ésaz i-th készlet nak,-nek negatívumokat, i = 1.5). Az pihenés nak,-nek az adat volt használt számárakiképzés az ABCORA 2.3 véletlenszerű erdő. Minden egyes érvényesítési halmaznál a specifikáció ésérzékenység nak,-nek az véletlen erdő voltak számított tovább az kiképzés, érvényesítés, és képzéspluszérvényesítés készletek (Kiegészítő 6. táblázat).

Érvényesítés és igazolás segítségével külső vezérlők. Mi használt az Anti-SARS-  CoV{0}} Szerológiai vizsgálatok ellenőrző panelje (NIBSC kód: 20/B770, NIBSC) nak nekellenőrizze az ABCORA 2.{1}} és ABCORA 2.3 teszt teljesítményét. Szérumsbőségesnak,-nek az verifikation panel mért által ABCORA 2.{1}}/2.3 a leírásnak és az eredményeknek megfelelőenösszehasonlítva a NIBS által közölt, kereskedelemben kapható vizsgálatok eredményeivelC (32 és 7. kiegészítő táblázat). Elbújtunkneki verifiszerk az érzékenység nak,-nek az ABCORA 2 teszt ban ben észlelése SARS-CoV-2 fertőzés ban ben közvetlen összehasonlítás a reklámmaltesztek. Antibody állapot nak,-nek vérplazma tól től SARS-CoV-2 pozitív magánszemélyek (N = 171) elemeztékd val vel az következő teszt rendszerek: Beleértve teszt rendszerek célzott az N fehérje (Elecsys® Anti-SARS-CoV-2 (Roche Diagnostics GmbH)), az RBD régióban nak,-nek az S fehérje (Elecsys® Anti-SARS-CoV-2 S assay (Roche Diagnostics GmbH)),és az S1 alegység (EUROIMMUN Anti-SARS-CoV-2 ELISA (IgG)) (Kiegészítő8. táblázat). Minden vizsgálatot a szerint végeztünkaz gyártó's utasításait ban ben az diagnosztika Mértékegység nak,-nek az Intézet nak,-nek Orvosi Virológia, Egyetem Zürich, Svájc.