A többtényezős szeroproiling boncolgatja a már létező emberi koronavírusok SARS-CoV-re adott válaszainak hozzájárulását-2 immunitás (1. rész)

További információért kérem vegye fel a kapcsolatotdavid.wan@wecistanche.com

A SARS-CoV-2 meghatározása antibody válaszokat ban ben az kontextus nak,-nek elő-létező immunitás nak nekkeringő emberi koronavírus (HCV) van kritikai számára megértés védő immunitás. Ittmi előadni a többtényezős elemzés nak,-nek SARS-CoV-2 és HCV ellenanyag válaszokat ban benpandémia előtti (N = 825) és SARS-CoV-2-fertőzött adományozók (N = 389) segítségével a egyedi-tervezettmultiplex  ABCORA  próba.  ANCORA,  mikorkombináltval velszámításimodellezés, pontos meghatározást tesz lehetővé of  SARS-CoV-2  szerokonverzióésjóslatnak,-neksemlegesítés tevékenység, és feltárja érdekfeszítő kölcsönhatások val vel HCV immunitás. Kimondottan, A SARS-CoV{1}}negatív donorok magasabb HCV-antitestszintje arra utal, hogy a már meglévő HCoV immunitás lehetvédeni ellen SARS-CoV-2 beszerzés. Ban ben azok fertőzött,magasabbHCoV tevékenységvantársultval velemelkedett  SARS-CoV-2  válaszokat,  keresztstimulációt jelezve.  A legtöbbfontos,  HCV  immunitáslehethatás betegség súlyossága, mintbetegekval vel magas HCoV reakcióképesség vannak Kevésbé valószínűleg nak nek igényelnek kórházi ápolás. Együttesen, a miénk eredményekjavasoljahogy A HCV-immunitás elősegítheti a SARS-CoV-specifikus fertőzések gyors fejlődésétimmunitás, ezáltal aláhúzás az fontosságát nak,-nek feltárása kereszt-védő válaszokat számáraátfogó koronavírus megelőzés.

ellenanyag-válasz monitorozásansenak nek  SARS-CoV-2  vankritikai nak nek define korrelál nak,-nek vakcina védelem, különbségekfertőzésekre és betegségekre való érzékenységbense smindenkor. Az kép nak,-nek az ellenanyag tájkép nak nek SARS-CoV-2 ami eddig kialakult is összetett. Az ellenanyag válasz nak nekSARS-CoV-2  vangyors, és erős IgM-et, IgA-t és IgG-t vált ki válaszokat1,2. Megkötő és semlegesítő válaszok egyarántcrese with betegség súlyossága és előadás ban ben rész függőség továbbdemográfiai paramétereket ilyen mint kor és neme3–5. Marad, hogyan... nem világos, hogy mely tényezők függetlenekers nak,-nek ellenanyagválaszok, súlyos betegséget tükröznek ca miénk, vagy vannak összezavarodva általEgyéb tényezőket beleértve fertőzés hossz és társbetegségek.Hanyatló  IgG kötésés semlegesítőellenanyag titereklehet lennikülönösen hangsúlyosd ban benmagánszemélyekval veltünetmentesvagy enyhe fertőzés6–9. IgG válaszokat nak nek tüske (S) glikoprotein lehetsokáig kitartanakr mint nak nek nukleokapszid fehérje (N)7,10,11 és tud ban benrész alávetni affinity érlelés hozzászólás vírus engedély5. Jelenlegiserologikus elemzések túlnyomórészt fókusz tovább mérő reakcióképesség az N-hez, a tüskés glikoprotein S1 alegységéhez és az ACE2-receptor-kötőhöz tartomány (RBD) ban ben S12,5,12–16. Az RBD elleni antitestek és a receptor-kötő motívum wén vékony az RBD alkotják az fő- csoportnak,-nek semlegesítő antitestek, követte által S1 trimer specific, tüskeN-terminál tartomány, és tüske S2 semlegesítő antitestek16–22. S1 és  RBD  kötéskorrelálnakval velsemlegesítőtevékenységban benmindkét természetes és vakcina által kiváltott immunválaszokat biztosítva means hogy becslés az lehetséges számára semlegesítés ahol a semlegesítéskapacitás nem tud lenni közvetlenül értékelni6,8,10. A komplexumot figyelembe véveantitest válaszmintázatok, poztestvéreknak nekelfogaz dinamika nak,-nek az  SARS-CoV-2 válasz a különböző immunglobulinokon keresztül(Ig) osztályokra és SARS-CoV-2 antigénekre van szükség a szerokonverzió és a szero-reverzió érzékeny kimutatásának biztosításan ésnak neklétrehoznia fertőzés utáni védekező, semlegesítő tevékenységhez kapcsolódikés az oltás utáni.

Kattintson ide, ha többet szeretne megtudni Cistanche-ról

Ábra. 1 Szeroproiling SARS-CoV-2 válaszokat. an Értékelés nak,-nek az multiplex SARS-CoV-2 ABCORA 2.0 tovább az jelzett kiképzés (N = 823) és érvényesítés(N=635) kohorszok (3. kiegészítő táblázat). Az ábrán üres gyöngy vezérlőkre (MFI-FOE) normalizált MFI jelek láthatók. Gray dobozok jelezze értékeket felett az egyénileg készlet MFI-ELLENSÉG vágott-offs számára SARS-CoV-2 különleges válaszokat számára minden egyes antigén (lát Kiegészítő asztal 4). Boxplots képviselni az következő:középső val vel az középső vonal, felső és Alsó kvartilis val vel az doboz határaités 1.5x interkvartilis tartományok val vel az pofaszakáll. b Hőtérkép képviselő a mért MFI-ELLENSÉG értékeket és az eredmények megjósolta val vel ABCORA 2.0–2.3 nak,-nek kiképzés és érvényesítés kohorsz mérések Látható ban ben (a). Negatív,Pozitív, és Pozitív, részleges utal nak nek rangsor szerint nak nek ABCORA 2.0 mint meghatározott ban ben Kiegészítő asztal 5. c Érzékenység és sajátosság nak,-nek ABCORA 2próba verziók alapján tovább az kombinált kiképzés és érvényesítés kohorsz adat ábrázolt ban ben (a). Az arány nak,-nekhamis-negatív minták (érzékenység; zöld) és arány nak,-nekálpozitív minták (sajátosság; kék) vannak képviselve által az csökkentés tól től100 százalék (külső kör) per szegmens. d Értékelés nak,-nek ABCORA2.0 val vel az Nemzeti Intézet számára Biológiai Szabványok és Ellenőrzés (NIBSC) Anti SARS-CoV-2 Igazolás Panel (20/B770) amely magában foglalja SARS-CoV-2pozitív (piros) és negatív (kék) panel szérum minták. szürke dobozok jelezze értékeket felett az ABCORA 2.0 MFI-ELLENSÉG vágott-offs számára SARS-CoV-2 konkrét válaszokat számára Egyedi antigén-Ig kombinációk. Boxplots képviselni az következő: középső val vel az középső vonal, felső és Alsó kvartilis val vel az doboz határaités 1.5x interkvartilis tartományok val vel az pofaszakáll.

Fertőzésekval velkeringőemberikoronavírusok  (HCV), alfakoronavírus   (HCV-229E,   HCV-NL63) és béta mag-koronavírus (HCV-HKU1, HCV-OC43), vannak gyakori éshozzájárul számottevően nak nek az szezonális légúti betegség teher ban ben emberek23,24. Az összességében szerény szekvenciahomológia ellenére közötten SARS-CoV-2 és keringő HCoVs, számos konzervált régiók létezik és ellenanyag kereszt-reakcióképesség lehet előfordul25–27. Míg elbocsátották ban ben az diagnosztikaihamis pozitívnak állítja be28, keresztreaktív antitestek lehet medve biológiai relevanciája a javasoltak szerint SARS-CoV-2  S2  kereszt-semlegesítő  antitestek29. Bizonytalanság maradványok,azonban, hogy keresztreaktív HCV antitest rválaszokatbefolyásazevolúciónak,-nek  SARS-CoV-2   specificimmunitás. Pozitív hatás által gondoskodás korai alacsony affinity mem-ory válaszokat nak nek épít tovább és érett mint jól mint negatív ban ben- encek következnekingazantigénbűn   elv30   általfellendítése nem védő hatású kereszt-reaktív antitestek a de novo rovására válaszokat tud lenni tervezett. Különös figyelmet érdemel, keresztreaktív HCoVT segítő sejt válaszokat voltak Látható nak nek pozitívan hatással van a SARS-CoV-2 specifikus immunitásra31. Ennek ismeretében a definíció elő-létező immunitás esedékes nak nek előzetes fertőzés val vel HCoVs akaratválikfontos ban ben klinikai diagnózis, és stratégiákat nak nek rekordandleleplezazösszetettkölcsönös függőségeiHCV  és  SARS- CoV{0}} válaszok sideáltaloldalvannakszükségesnak nekfilleztudás rés.

Itt mi jelentést egy szerológiai vizsgálat kidolgozásáról, amely lehetővé tesztöbbtényezősszeroprofilingnak,-nek SARS-CoV{0}} és HCVválaszokat nál nél magas diagnosztikai pontosság. Egy nagy szeroprofilálásaSAR kohorszS-CoV-2 fertőzött és nem fertőzött magánszemélyekbiztosítanikulcsfontosságú betekintést nyújt az interdependenciákbaesnak,-nek HCV  ésSARS-CoV-2 ellenanyag válaszokat. Az eredmények Kiemel a lehetséges HCV-specifikus védő szerepec válaszokatban ben  SARS-CoV-2 beszerzésmintvalamint a SARS-CoV-2 válasz kialakításábanesetén fertőzés.

Results

Többtényezős   szeroprofiling   defines   SARS-CoV-2   specific válaszokat. Felismerve az átfogó SARS-C szükségességétoV-2 szerológiai profilalkotás a SARS-CoV központi kérdéseinek tisztázására{1}}immunitás és annak kölcsönös függőségek val vel HCV válaszokat, milétre a gyöngy alapú multiplex immunoassay a specifikus méréshez IgG, IgA és IgM válaszokat SARS-CoV-2 RBD, S1, S2 és N (Kiegészítő Ábra. 1). Az próba rekordokat összesen 12 SARS-CoV- 2 specifikus antitest paraméterek (4 antigén 3 Ig osztályon belül) val velnagy diagnosztikai pontosság (lásd a módszereket, Kiegészítő ábra 1–3. és 1., 2. kiegészítő táblázatok, valamint a the S1 fehérje nak,-nek HCV-HKU1 nak nek képernyő kereszt-reaktív antitestekmellett SARS-CoV{0}} válaszok. A teszt tervének megfelelően figyelni egytibodys nak nek két koronavírusok, mi nevezett az próba AntiBody Koronavírus Próba (ABCORA) 2.0.

Az ABCORA-ban mért értékeket a következőképpen fejezzük kiközépső csalik- tudományintenzitás (MFI) korrigált for háttér kötés(felhajthatóüres gyöngyök,  ELLENSÉG).  Nak nekmegkülönböztetni  SARS-CoV{0}}specifikus keresztreakcióbóltív antitestek, mi defined MFI-ELLENSÉG küszöbértékeket a 12 SARS-CoV-2 antigén és az Ig osztály kombinációjának mindegyikéresalapján tovább vérplazma ellenanyag reakcióképesség ban ben kiképzés kohorszok nak,-nekpandémia előttiegészségesadományozók  (Kiképzés  I,  N=573), adományozókfriss HCV fertőzés  (Kiképzés II, N = 75) és adományozók val velconfirmed SARS-CoV-2 fertőzés (III. tréning, N=175) (ábra.1a, Kiegészítő 3. táblázat). Pozitív hívási kritériumokat határoztak megmegállapítani hogyban bennál néllegkevésbékétnak,-nekaz12 antigénés  Igcombinációk az küszöb van elérte (Kiegészítő asztal 4).Azfinalküszöbéspozitívhíváskritériumokmegengedettszámárakülönbségtétel nak,-nek részleges (csak IgM és IgA válaszokat) nak nek teljesszerokonverzió (beleértve IgG válaszokat). Ban ben kiegészítés, az kritériumokjelölimintákval velw k reakcióképességés/vagyhatározatlanreaktivitás (kiegészítő Table 5).

Ábra. 2 Számszerűsítés nak,-nek SARS-CoV-2 különleges ellenanyag válaszokat. a–c terjesztés nak,-nek (a) 50 százalékhatékony koncentrációk (EC50; kifejezve mint reciprok plazma hígítás) és (b) terület alatt az ív értékeket (AUC; kifejezve mint MFI) nak,-nek titrált vérplazma tól től SARS-CoV-2 pozitív felnőttek (N = 72) mértaz ABCORA 2-vel.0. c Titrált SARS-CoV-2 RBD és S1 válaszokat voltak számszerűsítve segítségével azRBD-specifikus monoklonális ellenanyag CR3022 (előállított mint IgG,IgA, és IgM; kifejezve mint ng/ml) mintankülső alapértelmezett. Lát Kiegészítő Ábra. 7 számára további számszerűsítése val vel az KI Nemzetközi Alapértelmezett Anti- SARS-CoV-2 Immunglobulin. d Dárdás korreláció mátrix értékelési megegyezés az ABCORA 2.{1}} alapú kvantifikációs leolvasások (EC50, AUC, RBD) közöttAb szabványosított), az alapvető MFI-ELLENSÉG mért nál nél 1/100 vérplazma hígítás (log), jelzett összegeztelog MFI-ELLENSÉG értékeket (1/100 hígítás) és a Roche Elecsys Anti-SARS-CoV-2 (S) próba eredmények (U/ml). Nem jelentős összefüggések vannak bal üres. Szintek nak,-nek jelentőség vannak értékelték által a két-oldalú teszt tovább az aszimptotikus t közelítés nak,-nek Dárdás's rang korreláció és javítva által az Bonferroni módszer számára többszörös tesztelés (p< 0.05/780).Szín árnyékolás jelöliazkorreláció együttható.

Pre-világjárvány betegek val vel dokumentált, friss HCVfertőzés (Kiképzés II, N = 75; OC43 (N = 27), HKU1 (N = 17), NL63(N = 22),  229E  (N = 9))különböző egyénekből álltakmögöttes   szigorú   betegségek   beleértve  immunhiányosbetegek hogy átesett diagnosztikai szűrés számára HCV. HCV specfic tevékenység volt átfogó Alsó ban ben ez szindróma csoport demegmutatta, ahogy várható voltd,  gazdagodott  HCoVreakcióképességellenaz ban benfertőtlenítő HCV (Kiegészítő Ábra. 4). Fontos, mi megfigyelt nem keresztreakció jele SARS-CoV-2 antigénekkel, amelyek befolyásolni az ABCORA kiolvasás (Ábra. 1a, b). Minden adatot figyelembe véve képzési kohorszok (I–III), ABCORA 2.0 kiállítva magas érzékenységés specifiváros, elérve 94.29 százalékos érzékenység és 99,07 százalékos specifitás (Ábra. 1c, Kiegészítő 3. táblázat).

Nak nek lehetővé teszi a keresztreakciók és az egymásra utaltság elemzését. városok a SARS-CoV-2 és a HCV antitestek közöttes, mi rögzítettreakcióképesség a HCV-H S1 egységével szembenKU1 ban ben kiegészítés nak nek az SARS- CoV-2antigének (Ábra. 1a). Fizetendő nak nek az magas elterjedtsége nak,-nek HCV antibodies és az következő hiánya nak,-nek igaz-negatív vezérlők, mi készletnemküszöbértékeketnak nekértékelje a HKU1 reaktivitást pozitívnak/negatívnak.Összességében a SARS-CoV-2 keresztreaktivitása alacsony volt a pre-pandemicmintákannak ellenérejelentős  HKU1  tevékenység  (Ábra.  1a) Korreláció elemzés kiderült szerény kölcsönös függőségek a SARS-CoV-2 ésHKU1 vérplazma ellenanyag reakcióképesség ban ben SARS-CoV-2 pozitív és pre-világjárvány adományozók. Ez túlnyomórészt IgM-reakciót jelentett, a közelmúltban HCV-fertőzésben szenvedő egyénekkelazlegmagasabbkorreláció az IgM-ben a HKU1 és a SARS-CoV esetében-2activitás (Kiegészítő Ábra. 5). Ezek adat aláhúzás hogy a alacsony A keresztreaktív aktivitás szintje létezik, amelyet tiszteletben kell tartanid ban benpróba tervezés, elemzés és validálás.

Verifikation nak,-nek ABCORA 2.0külön érvényesítési kohorszokonelő-világjárvány egészséges felnőttek (N = 252), pre-pandémiás gyermekek(N=169), valamint dokumentált SARS-ben szenvedő személyekCoV-2 fertőzés (N = 214) (Ábra. 1a, b, Kiegészítő táblázat 3) megerősítve the érvényesség nak,-nek az választott próba kritériumok. Kombinálás kiképzés ésa SARS-CoV-2 validációs kohorszai, ppozitiv magánszemélyek (N = 389)ésnegatívvezérlők (N {{0}}), az ABCORA 2.0 elérte aérzékenység nak,-nek 94,60 százalék, a fajlagosság pedig 99,16 százalék (ábra.1c).

Megjegyzés: a children és felnőttek ban ben az érvényesítéskohorsz külön, mi között valamivel alacsonyabb specifitást figyeltek meg gyermekek(98,82 százalék)ahhoz képestnak nekfelnőttek(99,60 százalék),emelésazlehetőség hogy kereszt-reaktív tevékenység ban ben gyermekek lehet lenni többgyakoribb, mint a felnőtteknél. Valóban, a járvány előtti gyerekek megmutattáka magasabb korreláció az IgM HKU1 és a SARS-CoV-2 között (kiegészítő5c. ábra), kiemelve azt az értelmezésttovább nak,-nek IgM SARS-CoV-2 tevékenység lehetlenni összetett. Számítási elemzések maximalizálni specifiváros és érzékenység nak,-nek

SARS-CoV-2 szeroprofiling. Nak nek további növekedésazspecifiváros nak,-nek az kiolvasás, mi következő feltárták két számítási elemzési bővítmény, egy logisztikus regressziós modell (ABCORA 2. 1) és egy véletlenszerű fopihenésmodell (ABCORA 2.2). Mindkét elemzés stratégiákat voltak alapítotttovább az azonos kiképzés adatkészlet  (Kiképzés I–III) használt számára a beállításnak,-nek  ABCORA  2.0.  Helyettenak,-nekmegszerzése  12  Egyediküszöbértékeket  (egyperantigén és Ig osztály), a számítási A modellek kizárólag azt becsülik meg, hogy egy minta pozi-etiveac biztosításávalomposite eredmény át összes 12 mérések és futottkingsera pozitívvagynegatív  (1,  0  classifikation).  Mert azlogisztikai regresszióion  ABCORA  2. 1,  micsoportosítva  SARS-CoV-2 magas korrelációt mutató kötési tevékenységek (Supplembelépés Fig. 6a) és beleértve az átlagos érték nak,-nek az övék MFI-FOE a modellben. Az véletlen erdő modell ABCORA 2.2 beleértve összes 12 A SARS-CoV-2 válaszok mérték és összesítették az eredményt 1000 classifikation fák. Tovább az kombinált kiképzés és érvényesítéskohorszoknak,-nek  SARS-CoV-2  pozitívmagánszemélyek  (N = 389)  és negatív vezérlők  (N = 825), ABCORA 2.2 elért a meglepőérzékenységnak,-nek97,43 százalékés a specifiváros nak,-nek99,91 százalékfelülteljesítőmindkét ABCORA 2.0 és 2. 1. Figyelemre méltó, pozitív hívás az ABCORA-tól 2.2 volt uralta IgG válaszok alapján (kiegészítő 6b. ábra).

Mi következő feltárták hogy vajonazbeépítése nak,-nek HKU1 reaktivitás bele az véletlen erdő modell lehet további javítani az hívó specifiváros és érzékenység. Valóban, a HKU1-et tartalmazó modellS1  mint egytovábbiváltozó  (ABCORA  2.3) fokozott érzékenység tól től 97,43 százalék az ABCORA 2,2 és 98,20 százalék között (ábra).1c, Kiegészítő 3. táblázat) redukálás nélkülciója nak,-nek az specifiváros. A érzékenységkeresztellenőrzés elemzés val vel véletlenszerűsített kiképzés és érvényesítés készletconfirmedazteljesítménynak,-nek ABCORA  2.3 (Kiegészítő 6. táblázat). Owing nak nek annak kombinált magas érzékenység és specifiváros, ezért az ABCORA 2.3-at választottuk elemzési stratégiának értékelés globális SARS-CoV-2 szerokonverzió.

Mi következő verifiszerk azaz ABCORA 2.0 és 2,3 hüvelyk pontosságapozitív és negatív SARS-C meghatározásaoV-2  immunisállapot kihasználásaaz  Nemzeti  Intézetszámára  Biológiai  Szabványokés Control  (NIBSC)  Anti  SARS-CoV-2  Verifikation  Panel  (20/ B770)32. Ez a verifikációciója panel számára szerológia vizsgálatok magába foglalja 23 pozitív és 14 negatív szérum sampleséslehetővé teszközvetlenösszehasonlítás with Egyéb teszt rendszerek32. Mindkét ABCORA verziókmutatta100 százalékérzékenység és100 százalékspecifiváros tovább az igazolást vérplazmapanelés a kereskedelmi teszthez képest kedvezően alakult rendszerek  (Ábra.1d, 7. kiegészítő táblázat). A kereszthivatkozáshoz ezekkülsőverifikationeredményeket, a következőkben összehasonlítottuk a seérzékenység nak,-nek az ABCORA tesztek és három kereskedelmi szerológiateszt rendszerek tovább a részhalmaz nak,-nek az SARS-CoV-2 pozitív kiképzéskohorsz (III. kohorsz, N=171). Vizsgálatok, amelyek aN  fehérje(Elecsys® Anti-SARS-CoV-2 (Roche Diagnostics GmbH)), the RBD vidék nak,-nek az S fehérje (Elecsys®Anti-SARS-CoV-2 S vizsgálat (Roche Diagnosztika GmbH)), és az S1 alegység (EUROIMMUNAnti-SARS-CoV-2 ELISA (IgG)) került beépítésre. Az eredményekctovábbfirmedazelemzéstovábbaznemzetközi  NIBSC  20/B770 vérplazma panel,az ABCORA 2.0 és az ABCORA 2.3 mutatja a a legmagasabb érzékenység a tesztelt tesztek közül (kiegészítőy Tképes 8).

Ebből arra következtetünk, hogy ABCORA   2.0   szeroprofilingkombinációban val vel  ABCORA  2.3  definespozitivitásval velazlegmagasabb specifiváros és érzékenység. Az egyéni antigén válasz ABCORA 2 értékelése.{1}} meghatározza a se állapotátrokonverzióállapot alapján tovább Egyedi IgM, IgA és IgG határértékek ésezáltal kiegészíti és maximalizálja az információ, ami lehet az ABCOR szerezte beA 2 szeroprofiling.

Ábra. 3 Egyesület nak,-nek kötés és semlegesítés tevékenység ban ben korai és késő fertőzés. a50 százalékSemlegesítés titerek (NT50) titerek ellen Wuhan-HU-1pszeudotípus ban ben betegek val vel ismert pozitív SARS-CoV-2 RT-PCR dátum (N = 369). Betegek voltak rétegelt szerint nak nek idő mivelazelső diagnózis megvizsgálni korai (Kevésbé mint 30 napokRT-PCR után, levendula) és késő (több mint 30 napokRT-PCR után, türkiz) semlegesítés válaszokat. A különbségközött ezek két csoportok volt értékelték val vel a lineáris vegyes modell val vel idő mivel RT-PCR (bináris változó korai/késő) mint a rögzített hatás és Egyedi véletlenszerűen hatás és segítségével Satterthwaite közelítés számára a két-oldalú t-teszt tovább az paraméter társult val vel idő mivel RT-PCR. Boxplots képviselni a következő: középső val vel az középső vonal, felső és Alsó kvartilis val vel az doboz határaités 1.5x interkvartilis tartományok val vel az pofaszakáll. b Lineáris regresszió analízis nak nek meghatározniazEgyesület között semlegesítés (kölcsönös NT50) és ellenanyag kötés (MFI-ELLENSÉG). Fekete vonalak jelezze lineáris regresszió jóslatok és szürke árnyékolt területeken megfelelnek nak nek az95 százalékbizalom időközönként. Eredmények ábrázol korai (levendula), késő (türkiz), és teljes kohorsz (fekete). n.s. jelentéktelent jelöl eredmények. Szintek nak,-nek jelentőség vannak értékelték által a két-oldalú teszt tovább az aszimptotikus t közelítés nak,-nek Dárdás's rang korreláció, és kijavították által az Bonferroni módszer számára többszörös tesztelés (p< 0.05/1200,lát Kiegészítő ábrák. 8b és 9).

Előrejelzés  SARS-CoV-2  semlegesítés  alapján  tovább  ANCORA

szeroprofiling.  Meghatározó semlegesítés tevékenység van kritikai nak nekműszer protectív immunitás. Míg semlegesítés tud lenni közvetlenülhiteles vírussal vagy pszeudovírussal mérves SARS-CoV-2  semlegesítési tesztek5,22,33, közvetlen kötés alkalmazásával illversenytesztek a neutraliza helyettesítőjekéntciója tevékenység maradványok sziagh érdeklődés számára diagnosztikai célokra ahol sejt-alapján vizsgálatokvannak több diffikultusz nak nek végrehajtani33,34. Ban ben különös, S1és az RBDbinding és ÁSZ2 verseny van volt Látható nak nek korrelálnak jól val vel semlegesítés tevékenység5,8,10,19,33–37. A semlegesítés feltárására előrejelzők az ABCORA 2.0 alapján, mi prengedelmeskedett ban ben a fielső lépés azsapkaaváros nak,-nek ABCORA nak nek származik mennyiségi S1 és RBD kiolvasások ban ben a részhalmaz SARS-CoV-2 pozitív betegek (N=72). ANCORA2.{1}} méréselemeket nak,-nek sorozatosan hígított vérplazma voltak végzett nak nek származik  50százalékhatékony koncentrációk (EC50, reci-Procol vérplazma hígítás) és terület alatt az ív értékeket (AUCMFI-ben kifejezve) mind a 12 SARS-CoV-2 paraméterre (ábra).2a, b). In kiegészítés, mi quantifiszerk SARS-CoV-2 RBD és S1 válaszokatkeresztül az RBD specific mAb CR302238  (Ábra. 2c) és az KINemzetközi szabványos anti-SARS-CoV-2 immunglobulin NIBSC 20/13632 (7b. kiegészítő ábra, 1. kiegészítő adat). A thvan,miquantifiszerkazilletőellenanyagtartalomnak,-neka pozitívellenőrzés   SARS-CoV-2   donormedencebeleértveban benösszes ABCORA mérések és kifejezve az antitest tartalma egyéni plazma samplesról ről azt (Ábra. 2c, Kiegészítő Ábra. 7). Mi akkor szondázta melyik az ABCORA mennyiségikiolvasások korrelált legjobb val vel minden egyes Egyéb, az alapvető kiolvasás nak,-nekABCORA 2.0 (MFI-FOE plazmahígításnál 1/100), és the mennyiségi Roche Elecsys S teszt (U/ml) (ábra.2c, Kiegészítő 7. ábra). Ráadásultovább nak nek az Egyedi antigén paramétereket, mi is kumulatív response értékeket. Ezek voltak teljes tüske reakcióképesség (összeg nak,-nek RBD,S1 és S2 minden Ig osztályban), Ig osztályú tüske reaktivitás (S1, RBD és S2 összege egy izotípusra), és antignspecific reakcióképesség  (összeg nak,-nek összes Ig osztályok számáraegyantigén). Miomegfigyelve a őszintén jó korreláció át az különböző tüske tesztelt paraméterek (ábra).2d). A figyelemre méltó kivétel a klasszikus voltal EC50 értékeket, melyik mutatta nem nak nek gyenge korrelációát összesparametersbeleértveazkereskedelmiteszt.  Érdekes módon,  AUCértékeket, melyik ban ben kontraszt nak nek EC50 vannak a összetett intézkedés a koncentráció és jel erő, teljesített jól. Nak,-nek megjegyzés, mimegfigyelt magasan változó  SARS-CoV-2antitest dózis-válaszgörbék, elérve ban ben a miénk kohorsz Egyedi fennsíkok felett a 4-loghatótávolság (Kiegészítő Ábra. 7). Ezeket a fennsíkokat tiszteletben tartják a AUC kiolvasás, és az alap MF is rögzítiI-FOE ABCORA kiolvasás nál nél  1/100 vérplazma hígítás, de vannak nem con-

EC50 meghatározások során. Valójában az alapvető MPI-ELLENSÉGmutatta a magas korreláció a mennyiségi leolvasásokkal a tesztelt változóes beleértve az mennyiségi kereskedelmi Roche Elecsys S teszt.

Ezen eredmények alapján arra a következtetésre jutunkd hogyaz  MFI-ELLENSÉGkiolvasás kizárólag nál nél az  1/100 vérplazma hígítás biztosítja a magasanreliképes becslés számára az S1 és RBD ellenanyag tartalom ban ben vérplazma amely proxyként használható a kvantifikációhoz anélkül, hogy erre szükség lenne titráljon mintátes. Mi, ezért, munkavállaló az alapvető MFI-ELLENSÉG ban ben az kövt lépés nak nek define semlegesítés előrejelzők.

Semlegesítési tevékenység Wuhan-Hu-ban- 1 in   SARS-CoV-2 pozitív egyének (N=467) egy establi segítségévelfészer SARS-CoV-

2 pszeudovírus semlegesítés teszt5,22,33 széles skáláját tárta fel 50 százaléksemlegesítő titerek  (NT50)  (hozzászólás pozitív RT-PCR Ábra. 3a (N=369), a tünetek megjelenése után, kiegészítőy  Ábra.  8a (N = 333)), ban ben vonal val vel előző fimegállapítások5,8. Korai ban ben fertőzés(belül 30 napok nak,-nek pozitív RT-PCR) semlegesítés titerek voltaksignifihevesen magasabb (p< 0.001), és jobban korrelált a kötéssel paramétereket.Ahogy az várható volt, a tüske-antigénekre adott IgG válaszok mutatkoztakazlegmagasabbkorrelációval velsemlegesítéstevékenység  (Ábra.  3b, Kiegészítő ábrák. 8,9). A továbbiakban a betegeket csoportosítottuk az alapjánnépesség-bamagas  (NT50 > 250,N =332) és nincs vagy alacsonysemlegesítők (NT50< 250, N=135)39 (Ábra.4a) és összehasonlította ajóslat képesség nak,-nek hat különböző classifikation modellek nak nek hozzárendelnimagánszemélyek alapján tovább az övék ABCORA 2.{1}} kötési mintákat ezekhez groUPS. Egyváltozós logisztikai regresszió  (ULR) modellek csak tartalmazza egy változó: bármelyik az átlagos nak,-nek MFI-ELLENSÉG S1 reaktivitások(ULR-S1) vagy az MFI-FOE RBD reaktivitás átlaga (ULR- RBD). A többváltozós logisztikus regresszió (MLR) mindkét S1-et tartalmazta and RBD átlagos reaktivitások. Az további modellek beleértve összes 12 antigén reaktivitást mérve ABCORA és compriseda Random erdőmegközelítéséskét  MLR  stratégiákatalapjántovábbelv összetevő elemzés (PCA, 2 és 4 fielső tengelyek). Modellekvoltakahhoz képestalapjánaz AUC-n és a BIC-en (Bayesianinformáció  kritérium40) keresztellenőrzéssel (ábra).4időszámításunk előtt). Összesmodellek peralakított hasonlóképpen, val vel az egyváltozós modell alapján tovább az átlagos nak,-nek Az S1 reaktivitások (ULR-S1) a legjobb BIC értéket adják. Vevőüzemeltetésiív  (ROC) elemzés ULR-S1 alapjánmutattaa  jókapacitása semlegesítési állapot előrejelzésébenengedő AUC 0.90 (N=467, ábra4d). Különféle határvonalak feltárása hogy balance érzékenység és specifiváros tartása mindkét felett80 százalék,miválasztottanak neka mintákat a magas semlegesítők csoportjába rendelje, ha az az előre jelzett valószínűség 70 százalék felett volt. Ez megfelel an83 százalékspecifivárosban benhelyesenhozzárendelésenem semlegesítők és 80 százalékérzékenység a semlegesítők hozzárendelésénél (ábra).4d, e). Hogy növeljee azhasznosság nak,-nek az ULR-S1 predikciós modell klinikai diagnosztikához, mi kidolgozott egy módosított semlegesítési előrejelzési modellt ULR-S1-SOC alapú tovább az SOC értékeket jelentették számára ABCORA 2.0. Nál nél70 százalékmegjósolta valószínűség, ULR-S1- A SOC semlegesítést biztosítdikció at similarérzékenység(81 százalék)ésspecifiváros(81 százalék)általmegvizsgálja, hogy az összetett S1 SOC érték (S1 SOC values for  IgG,  IgA,és  IgM)  vanlentvagyfelett  9.7   (Ábra.  4f). Ennek megfelelően a 17,3 feletti S1 SOC érték t-nek felel megoegy érzékenységnak,-nek67 százalékés specifiváros94 százalékáról.Nak,-nek jegyzet, az kölcsönhatásokközött semlegesítés és S1 szinteket ugyanilyen nyilvánvalóak voltak, amikormiszondáztaa  Alsóvágott-kinak,-neksemlegesítés   (NT50 < 100) (Kiegészítő 10. ábra, 9. kiegészítő táblázat). Mi tehát, következtetést levonni hogy az alapvető SOC kiolvasás ban ben Az ABCORA 2.0 szállíthatja a megbízható jóslat nak,-nek magas semlegesítés tevékenység.

Ábra. 4 Előrejelzés semlegesítés kapacitás mint a funkció nak,-nek kötés tevékenység. a SARS-CoV-2 pozitív adományozók (N = 467) voltak rétegelt -ba magas semlegesítők(NT50 > 250, N = 332; kék) és nem/alacsony semlegesítők (NT50 < 250,N = 135; szürke), alapján tovább az övék semlegesítés tevékenység ellen Wuhan-HU-1. b, c Összehasonlítás nak,-nek az jóslat képesség nak,-nek hat különböző osztályozás modellek segítségével 100 kereszt-érvényesítés készletek (megosztott mint80 százalékszámára kiképzés és20 százalékérvényesítéshez). b Összehasonlítás nak,-nek modellek általazterület alatt az ív (AUC). Minden egyes pont megfelel nak nek egy kereszt-érvényesítés készlet. c bayesi információ kritérium(BIC) nak,-nek az öt logisztikus regresszión alapuló modell. A különböző modellek Univariable logisztikus regressziók (ULR). ULR-RBD: MFI-FOE RBD átlaga.ULR-S1: MFI-FOE S1 átlaga. Többváltozós logisztikus regresszió (MLR). MLR-S1, RBD: az S1 reaktivitás átlaga és az RBD reaktivitás átlaga. MLR-PCA2 ésMLR-PCA4: MLR nak,-nek 2 és 4 első tengely nak,-nek PCA elemzés, illetőleg. PCA volt alapján tovább összes 12 SARS-CoV-2 ellenanyag reaktivitások mért által ABCORA 2.0.  Véletlenszerű erdő (RF) inclding összes ellenanyag reaktivitások mért által ABCORA 2.0. Boxplots képviselni az következő: középső val vel az középső vonal, felső ésAlsó kvartilis val vel az doboz határait, 1,5-szeres interkvartilis tartományok a whiskerekkel, és kiugró értékek pontokkal. d ULR-S1 becsült ROC görbe a teljes adatkészlet alapján (N = 467). e Mérve NT50 érték ellen valószínűség nak,-nek NT50 > 250mint megjósolta által ULR-S1 ban ben ötvéletlenszerűen kiválasztott érvényesítés készletek (minden egyes szimbólum felel meg nak nek a érvényesítés készlet). Lila színű szimbólumok jelezze a magasabb mint 0.70 valószínűség nak,-nek az illető minta nak nek lenni semlegesítő nál nél NT50 > 250és vannak ezért jelöljük mint magas semlegesítők. szürke azt jelzi minták val vel megjósolta semlegesítés NT50 < 250,ezért osztályozott mint nem/alacsony semlegesítők. f Semlegesítés jóslat alapján tovább a módosított ULR-S1 modell kihasználva az diagnosztikai kiolvasás SOC helyette nak,-nek MFI-ELLENSÉG értékeket mint bemenet.A kimért NT50 érték ellenazösszeg nak,-nek S1 SOC értékek (IgG, IgA, IgM) láthatók. A szaggatott vonalak vízszintesen egy NT50=250-nak és az S1 SOC-ok összegének felelnek meg = 9.7 függőlegesen. Az összegnak,-nekS1 SOCs = 9.7 megfelel nak nek az küszöbértékeket ábrázolt számára ULR-S1 ban ben (d, e). Az szürke árnyékolt terület megfelel nak nek igazi pozitívumok (magánszemélyek val vel NT50 > 250megjósolta mint magas semlegesítők).