Második rész: Az NPHS1 és a TNFSF15 gyakori kockázati változatai a gyermekkori szteroid-érzékeny nefrotikus szindrómához kapcsolódnak

Kapcsolatfelvétel: Audrey Hu Whatsapp/hp: 0086 13880143964 E-mail:audrey.hu@wecistanche.com

Pls kattintson ide az első részhez

A jelen tanulmányban szereplő összes autoszomális változattal magyarázható variancia

A gyermekkori SSNS megfigyelt örökölhetőségét, amelyet a genomszintű variánsok magyaráznak, 41,1 százalékra (14.0 százalék) becsültek. Az öröklődés a felelősségi skálán 14,8 százalék (50 százalék), 0,016 százalékos népességprevalenciát feltételezve. Figyelembe véve a HLA régió erős asszociációját, a megfigyelt örökölhetőséget 31,6 százalékra (13,6 százalék) becsülték, és 11,4 százalékra (4,9 százalék) a transzformáció után, amikor a 6. kromoszómán lévő variánsokat kizártuk. A gyakori változatok (MAF > 5 százalék) a betegség öröklődésének 88–90 százalékát magyarázták (S21 kiegészítő táblázat; S10 kiegészítő ábra).

A Cistanche segíthet a nephrosis szindrómában

VITA

A jelenlegi japán GWAS, amely az eddigi legnagyobb mintaszámmal és több kontinentális populációban replikálódik, közös variánsokat azonosított az NPHS1 és TNFSF15 régiókban, mint a gyermekkori SSNS új fogékonysági tényezőit. A 19-es kromoszóma lókusz poszt-GWAS elemzése azonosított egy lehetséges transzkripciós mechanizmust, amellyel az NPHS1 kockázati haplotípus hozzájárulhat a betegségekhez. Végül, a nagyobb mintanagyság lehetővé tette a korábban érintett HLA-lókuszok további pontos feltérképezését.16 Összességében ezek az eredmények jelentősen kibővítik és javítják a gyermekkori SSNS genetikai hátterének megértését. A nefrint, a proinflammatorikus citokin-tumornekrózis faktor szupercsalád 15-ös tagját (TNFSF15) és a hozzájuk kapcsolódó molekulákat a biológiai vizsgálatok új célpontjaként azonosítják, hogy jobban megértsék az SSNS-t, és potenciálisan a terápiás fejlesztéshez. Végül, az NPHS1 lókusz gyakori változataival való kapcsolat egy másik példa, amely azt mutatja, hogy a Mendel-féle vesebetegség gének érzékenységi variánsokat hordozhatnak egy gyakoribb multifaktoriális betegségre (SSNS).

Az NPHS1 ritka mutációi a veleszületett betegséget okozzáknefrotikus szindrómafinn típusú, ritka monogénnefrotikus szindróma that is steroid-resistant and has a poor renal prognosis.26 Surprisingly, the present study revealed that variants in NPHS1 are associated with susceptibility to SSNs. Although NPHS1 has never been implicated in genome-wide scans for SSNS, a candidate association study between this gene's variants and SSNs in East Asian patients supports our current findings. In our present study, one of the sig- nificant SNPs in the NPHS1 locus was the synonymous variant rs2285450 (c.294 C>T) a 3. exonban. Korábban Sun et al. az rs2285450 minor allél magasabb gyakoriságáról számolt be kínai szórványos esetekbennefrotikus szindrómaSzingapúrból származó betegek, mint a kontrollokban (20 százalék vs. 13 százalék, P ¼ 0,025), és kimutatták, hogy a kockázati allél csökkenti a TRPC6-áramok gátlásának képességét a HEK293-M1 sejtekben patch-en keresztül. bilincs,amely a proteinuria iránti érzékenység hátterében állhat.27,28 Ez a tanulmány független támogatást nyújt az rs2285450-hez mint az SSNS kockázati tényezőjéhez, és alternatív mechanizmust javasol az érzékenységre.nefrotikus szindrómatovábbi vizsgálatot igényel.

Párosított humán genetikai és glomeruláris transzkriptomikai adatokat használva nem figyeltünk meg különbséget a teljes NPHS1 expressziójában ennek a kockázati haplotípusnak a függvényében. Az RNS-seq adatok azonban lehetővé tették a jelentős ASE megfigyelését, ami alacsonyabb NPHS1 expressziót eredményezett a kockázati allélokat tartalmazó haplotípusból (S11 kiegészítő ábra). Ezen a lókuszon számos kockázati változat az NPHS1 exonikus változásainak szinonimája volt. Ezért inkább az NPHS1-re összpontosítottunk, és nem folytattuk a KIRREL2 szerepének tárgyalását a lehetséges betegségmechanizmusokban. A jövőbeni munkának a következőket kell magában foglalnia: (i) ennek a megfigyelésnek a validálása további betegeknél genotipizálási és veseexpressziós adatokkal; és (ii) annak mechanikus megértése, hogy az NPHS1 ezen ASE miként járul hozzá vagy okozza az általunk megfigyelt SSN-ekkel való asszociációt. A diszfunkció lehetséges hipotézisei a következők: (i) a sejt megnövekedett terhelése, hogy a referencia kromoszómából a szükséges mennyiségű nefrint termelje, ami sejtstresszhez és a sérülésekre való fokozott érzékenységhez vezet; és (ii) potenciálisan diszfunkcionális nephrin fehérje, amely a kockázati haplotípusból termelődik (pl. differenciális poszttranszlációs módosítások révén), ami rendellenes glomeruláris filtrációs gátat eredményez.

A 9q32 lókusz genetikai polimorfizmusai számos autoimmun és gyulladásos betegséghez kapcsolódnak.23,29–31 A 9q32-n belül a legvalószínűbb betegséget okozó gén a TNFSF15, amely a TNFSF15-öt kódolja. Jelen tanulmányban az rs4979462 szignifikáns asszociációját egymástól függetlenül megismételték, és tovább erősítették egy transzetnikai metaanalízissel. Korábban Hitomi és munkatársai32 az rs4979462-t funkcionális variánsként azonosították in vitro funkcionális analízissel luciferáz vizsgálattal és elektroforetikus mobilitáseltolódási vizsgálattal. A szupereltolódási vizsgálat tisztázta, hogy az rs4979462 kockázati allélja (T) új NF-1 kötőhelyet hozott létre.32 Ezenkívül számos jelentés kimutatta, hogy az rs4979432 kockázati allélja befolyásolja a TNFSF15 mRNS expressziós szintjét.30, 32 További vizsgálatok szükségesek a TNFSF15 és az SSNS kapcsolatának igazolására gyermekeknél.

Jelen tanulmányban az NPHS1 és TNFSF15 lókuszokban lévő variánsokat főként a kelet-ázsiai (japán és koreai) és dél-ázsiai populációkban azonosították és replikálták, ahol a betegség magasabb előfordulási gyakoriságáról számoltak be. Ezzel szemben az NPHS1-ben a jelölt SNP-k kockázati alléljainak gyakorisága ritka volt az európai származású emberekben (1. táblázat). Ezek az eredmények részben megmagyarázhatják a populációk közötti epidemiológiai különbségeket a betegséggel összefüggő polimorfizmusok szempontjából. Ezt a különbséget tovább szemlélteti, hogy a CALHM6/FAM26F és a PARM1 régiókban nincsenek jelentős jelek a japán adatkészletünkben, amelyeket az európai ősök homogén csoportjában észleltünk.15,17

A HLA-DR/DQ gének túlnyomó közreműködésével a fő hisztokompatibilitási komplex II. osztályú fehérjekomplex és fő hisztokompatibilitási komplex II. osztályú receptoraktivitás génkészletei erősen összefüggtek a betegséggel. A veleszületett immunválaszt is jelentős, mérsékelt hatású génkészletként azonosították. A veleszületett immunrendszer, beleértve a professzionális sejtek aktiválását (antigénprezentáló sejtek és B-sejtek/Toll-szerű receptorok), valamint az adaptív immunrendszer, amelyben a HLA-molekulák döntő szerepet játszanak, részt vesz a betegség folyamatában és válaszában. kezelésre.33,34

A gyermekkori SSNS öröklődésének körülbelül 90 százalékát a gyakori variánsok adták, bár a viszonylag ritka allélgyakoriságú változatokat is figyelembe vették (MAF: 0,5-5 százalék). A betegségek öröklődésének nagy része azonban ismeretlen marad. A nem HLA-régiókban más, betegséggel összefüggő variánsokat is azonosíthatnak a jövőbeni, nagyobb mintaszámú, genomra kiterjedő vizsgálatok, különösen európai és más, nem kelet-ázsiai származású betegek esetében, mivel a nem-HLA régiókban a betegséggel összefüggő polimorfizmusok még mindig nagyrészt ismeretlen.

Jelen tanulmányban a különböző felmenőkkel rendelkező replikációs kohorszok mintaméretei korlátozták a kisebb hatásméretű jelek replikációjának erejét. A populáció rétegződése előfordulhat a replikációs szakaszban a kiigazítás hiánya miatt. Ezen túlmenően köteghatások léphettek fel az esetek és a kontrollok között, amikor a nyilvános adatbázisokból származó allélgyakoriságokat populációhoz illesztett kontrollként használták.

Összefoglalva, az itt található felfedezések új SSNS lókuszokat szolgáltatnak. Különösen az NPHS1 lókusz ad provokatív új koncepciót a betegség patogeneziséhez, összekapcsolva és megerősítve a nefrológiában kialakuló paradigmát – bizonyos mendeli variánsokat hordozó génekben a gyakoribb allélok növelhetik a multifaktoriális, poligénes betegségekre való hajlamot, amint azt korábban kimutattuk. UMOD, COL4A3 és NPHS2.26,35-41 Végül a jelenlegi eredmények ismét hangsúlyozzák a különböző populációkban végzett genomikai kutatások fontosságát. Ezzel olyan specifikus SNP-ket fedeztünk fel, amelyek valószínűleg nagyobb hatást gyakorolnak a kelet- és dél-ázsiai populációkra, miközben azonosítottuk azokat a géneket és lókuszokat, amelyek minden populációban fontosak lehetnek, amelyekre statisztikailag vakok lennénk, ha egy európai felfedezési csoportot használnánk.

MÓD

További részletekért lásd a Kiegészítő módszereket.

Minták: A felfedezés szakaszában 1018 japán betegnél diagnosztizáltak gyermekkori SSNS-t (kezdetkor<18 years)="" were="" recruited.="" patients="" with="" a="" history="" of="" steroid="" resistance="" during="" follow-up="" were="" excluded.="" overall,="" 3331="" japanese="" healthy="" adults="" were="" recruited="" as="" controls.="" all="" participants="" provided="" written="" informed="">

Genotipizálás és teljes genom imputáció a felfedezés szakaszában

A felfedezés szakaszában 1018 esetet és 3331 kontrollt genotipizáltak az Affymetrix Japonica tömb segítségével.42 Tizenkilenc mintát zártak ki az alacsony hívási ráta miatt (<97%) during="" the="" genotype="" calling="" pro-="" cess.="" nine="" controls="" with="" ambiguous="" sex="" were="" excluded.="" then,="" whole-genome="" imputation="" was="" performed="" with="" impute443="" (version="" 2.3.1)="" using="" a="" phased="" reference="" panel="" of="" 2036="" healthy="" japanese="" individuals.="" after="" whole-genome="" imputation,="" there="" were="" 22,049,786="" autosomal="" single-nucleotide="" variants="" and="" short="" insertions="" and="" deletions="" with="" info="">score >0.5. A minőségellenőrzés a következő küszöbértékkel történt: egyéni hiányzási arány<3%, single-nucleotide="" variant/insertions,="" and="" deletions="" call="" rate="" $97%,="" maf="" $0.5%,="" and="" hardy-="" weinberg="" equilibrium="" p="" $="" 0.0001="" in="" healthy="" controls.="" an="" identical-="" by-descent="" test="" was="" performed="" using="" a="" threshold="" of="" pi-hat="">{{0}}.1875. A főkomponens-analízist az egész genomra kiterjedő komplex tulajdonságelemzéssel (1.26.0-s verzió)44 végezték el az esetekre, kontrollokra és HapMap Phase III adatokra (113 CEU [északnyugat-európai népesség], 113 YRI [a joruba in.

Ibadan, Nigéria], 84 CHB [a han kínai Pekingben, Kína] és 86 JPT [a japán lakosság Tokióban, Japán]); a kiugróként azonosított mintákat kizártuk (S1A-E kiegészítő ábra).

Genomszintű asszociációs elemzések a felfedezés szakaszában

Az egész genomra kiterjedő asszociációs elemzéseket és egy nukleotid variáns alapú feltételes elemzéseket logisztikus regresszió segítségével végeztünk, a nemhez és az első 4 fő komponenshez (PC1-től PC4-ig) igazítva a PLINK 1.9 segítségével. A "qqman" r csomagot Manhattan és QQ plotok generálására használták. A regionális parcellákat a Locuszoom segítségével állítottuk elő (az 1000 Genomes Nov 2014 ASN-t használtuk kapcsolati egyensúlyhiány referenciaként).45

Génalapú teszt és génkészlet elemzés

A génalapú teszteket és a génkészlet-elemzéseket a MAGMA v1.646 (FUMA47-en keresztül megvalósítva) végezte. A Genotype-Tissue Expression (GTEx) adatbázist48 és a NephVS eQTL Browser-t (NephQTL)21 használták a különböző szövetekben és vese-specifikus szövetekben különböző gének expresszióját befolyásoló eQTL-ek megtalálására.

A jelölt SNP-k replikációja

A replikációt több populációban hajtották végre. A koreai adatkészlet résztvevőit Dél-Koreából toborozták. Az MWPNC kohorszba 181 dél-ázsiai származású, az Egyesült Államokból és Srí Lankáról toborzott beteg, valamint 158 ​​afrikai származású beteg tartozott.

4. ábra| Glomeruláris NPHS1 mRNS expressziójaNefrotikus szindrómaTanulmányi Hálózat (NEPTUNE) kohorsz. (a) NPHS1 fragmensek kilobázis millió expressziónként, összehasonlítva a mintákat az NPHS1 kockázati haplotípussal és az anélkül. Az NPHS1 kockázati haplotípusú minták nem mutatnak szignifikánsan eltérő expressziós szinteket (Wilcoxon teszt, P ¼ 0.39). (b) Allél-specifikus expresszió (ASE) az NPHS1 kockázati haplotípusú és nem NPHS1 kockázatú haplotípusú minták összehasonlítása. ASE ¼ |0.5 – (A haplotípus / összes leolvasás)|. A kockázati allélokkal rendelkező betegeknél az A haplotípus mind az 5 NPHS1 kockázati változatot hordozza; a kockázati haplotípussal nem rendelkező betegeknél az A haplotípust véletlenszerűen választják ki 2 haplotípusuk közül 1 közül. Azok a minták, amelyek kevesebb mint 2 heterozigóta egynukleotidos polimorfizmust tartalmaznak, vagy amelyek az összes szám alsó 10 százalékában vannak, szürkével vannak jelölve. Az NPHS1 kockázati haplotípusú minták szignifikáns allél-specifikus expressziót mutatnak, a kockázati haplotípus alacsonyabb expressziójával (Wilcoxon teszt, P ¼ 9,3E–4). CPM-szám milliónként.

az Egyesült Államokban és Nigériában, valamint 63 európai és 27 spanyol beteget toboroztak az Egyesült Államokból. A NEPHROVIR kohorszba 132 európai, 56 afrikai és 85 maghrebiai, SSNS-s gyermek tartozott, akiket Párizs térségében toboroztak; 2000 európai kontrollt 3 városból és 454 kontrollt az 1000G-s afrikai kohorszból és 261 marokkói kontrollt használtak a népességnek megfelelő kontrollként. Az olasz és spanyol (ItSpa) kohorsz 112 európai betegből, Olaszországból és Spanyolországból, valamint 552 kontrollból állt az 1000 g-os európai kohorszból. Az egyes populációk adatkészletére vonatkozó részletes információk a Kiegészítő módszerekben és az 1. táblázatban találhatók.

A replikációs szakaszban logisztikus regressziót hajtottunk végre a koreai adatkészletben egyedi genotípus adatok felhasználásával. A P értékeket Pearson c2 teszttel vagy Fisher egzakt teszttel számítottuk ki az MWPNC kohorszban és nyilvános adatbázisokban. A c2 teszt ¼ 0 cellájánál a 0,5 értéket mind a 4 cellához hozzáadtuk a VAGY, a standard hiba (SE) és a 95 százalékos megbízhatósági intervallum kiszámításához. A NEPHROVIR és ItSpa adatsorokban az asszociációs elemzéseket additív modell alapján végeztük.

Transzetnikai metaanalízis

A transzetnikai metaanalízist a "META" rögzített vagy véletlenszerű hatású modelljein alapuló inverz variancia módszerrel végezték.49 Heterogenitást vettünk figyelembe, ha a Cochran Q teszt P-értéke < 0.10.="" a="" pita="">< 5e–08="" a="" metaanalízis="" genomszintű="" szignifikancia="" küszöbének="">

ASE elemzés a NEPTUNE kohorszban

A glomeruláris biopsziákból származó teljes RNS-t és a 30X teljes genom szekvenálását a NEPTUNE20 269 és 625 mintáján végezték el (további részletekért lásd a kiegészítő adatokat20). A 19. kromoszómán lévő variánsokat kiszűrtük, eltávolítva a MAF < 0,0001="" értéket,="" az="" inszerciókat="" és="" deléciókat,="" a="" genotípus="" minőségi="" pontszáma="">< 20,="" és="" több="" mint="" 10="" százalék="" hiányzott.="" a="" változatokat="" az="" eagle="" v2.4.150="" verziójával="" fázisba="" hoztuk="" a="" michigan="" imputation="" server51-en="" az="" 1000="" genomes="" phase="" 3="" referenciapanel="" használatával.52="" mind="" az="" 5="" 19.="" kromoszóma="" kockázati="" allélt="" tartalmazó="" minták="" (rs56117924,="" rs2073901,="" rs2073901,="" rs41221285,4rs4121275,4rs0iden="" a="" génkvantifikációt="" (log2cpm)="" az="" m="" értékek="" edger="" trimmelt="" átlagával="" (tmm)="" -normalizációs="" módszerrel="" számítottuk="" ki.53="" az="" nphs1="" és="" a="" környező="" 1kb="" intergenikus="" régió="" (chr19:="" 36,315,274–36,343,895)="" kifejezetten="" a="" végpontról="" lett="" fókuszálva.="" az="" nphs1="" bam="" fájlokat="" és="" a="" fázisos="" teljes="" genom="" szekvenálást="" bevittük="" a="" phaser54-be="" a="" haplotípus="" fázisozás="" végrehajtása="" érdekében.="" az="" nphs1-en="" belüli="" magas="" rekombinációs="" hotspot="" miatt="" azt="" találtuk,="" hogy="" az="" rs2071347="" (nphs1,="" 26.="" exon,="" különböző="" referencia-módszerek)="" inkonzisztens="" fázisa="" van,="" amikor="" eltávolították="" a="" panelek="" feldolgozásából="" és="" elemzéséből.="" a="" phaser="" segítségével="" számítottuk="" ki="" a="" haplotípus-specifikus="" expressziót="" az="" rns-seq="" számok="" összegzésével="" az="" összes="" heterozigóta="" snp-ben.="" az="" nphs1-en="" keresztül="" 20-nál="" kevesebb="" teljes="" leolvasással="" rendelkező="" mintákat="" eltávolítottuk.="" a="" 187="" fennmaradó="" mintára="" az="" ase-t="" 0,5-nek="" számítottuk="" (a="" haplotípus="" összes="" leolvasás)j.="" a="" kockázati="" haplotípusú="" betegeknél="" az="" a="" haplotípus="" mind="" az="" 5="" nphs1="" kockázati="" változatot="" hordozza;="" a="" kockázati="" haplotípussal="" nem="" rendelkező="" betegeknél="" az="" a="" haplotípust="" véletlenszerűen="" választják="" ki="" két="" haplotípusuk="" egyikéből.="" ezután="" összehasonlítottuk="" az="" ase-t="" és="" a="" génexpressziót="" a="" kockázati="" haplotípussal="" rendelkező="" és="" nem="" rendelkező="" minták="" esetében="" a="" wilcoxonrank-sumtestinr-rel.="" a="" teljes="" leolvasás="" és="" a="" támogató="" heterozigóta="" snp-k="" száma="" mintánként="" változott.="" az="" ase="" kimutatására="" kisebb="" teljesítményű="" mintákat,="" 2-nél="" kevesebb="" heterozigóta="" snp-t="" vagy="" az="" összes="" leolvasás="" alsó="" 10="" százalékát="" mindazonáltal="" a="" teljesség="" kedvéért="" figyelembe="" vettük,="" és="" a="" 4a="" és="" b="" ábrákon="" szürke="" pontok="" vannak="">

HLA finomleképezés

A HLA imputáció és a HLA genotipizálás módszerei a Kiegészítő módszerekben láthatók.

Teljesítmény számítás

A GWAS felfedezési erejét (987 eset és 3206 kontroll) a „CATS” R-csomag segítségével számítottuk ki.55 Feltételezve, hogy a betegség prevalenciája 0,016 százalék, a vizsgálati teljesítményt külön számítottuk ki a additív modell a 0,5 százalékos, 5 százalékos és 50 százalékos allélgyakoriságú variánsokhoz, ¼ 5E–08 szignifikancia küszöbértékkel (S2 kiegészítő ábra). A Bioinformatikai Intézet online mintaméret-becslőjét56 használták az egyes esetek replikációs erejének becslésére.

jelölt SNP.

Örökölhetőségi becslések

Az egész genomra kiterjedő variánsokkal magyarázható betegségek öröklődését az egész genomra kiterjedő komplex vonáselemzéssel becsülték meg43,57 (genom-szerte komplex tulajdonságelemzés – LDMS-módszer), 0.016 százalékos betegségprevalenciát feltételezve. a japán lakosságban. Az összes olyan változatot bevontuk az elemzésbe, amely a teljes genom imputációját követően átment a minőség-ellenőrzési eljáráson. A variánsokat általános variánsokként (MAF > 5 százalék) vagy nem gyakori változatokként (0,5 százalék < maf="" #="" 5="" százalék)="" csoportosítottuk,="" amikor="" a="" számítás="" során="" genetikai="" kapcsolati="" mátrixokat="" készítettünk.="" a="" részletek="" a="" kiegészítő="" módszerekben="">

FÜGGELÉK

The Research Consortium on Genetics of Childhood IdiopathicNefrotikus szindrómaJapánban

Yoshinori Araki, Yoshinobu Nagaoka, Takayuki Okamoto, Yasuyuki Sato, Asako Hayashi, Toshiyuki Takahashi, Hayato Aoyagi, Michihiko Ueno, Masanori Nakanishi, Nariaki Toita, Hirdo T Uetake, Nariaki Toita, Kimiaki Uetake, Nariaki Kuaii, Kazaion,,,,,,,, Eriko Tanaka, Tae Omori, Mari Okada, Yoshiho Hatai, Tomohiro Udagawa, Yaeko Motoyoshi, Kenji Ishikura, Koichi Kamei, Masao Ogura, Mai Sato, Yuji Kano, Motoshi Hattori, Kenichiro Miura, Yutaka Harita, Shoichiro Sawan Kobor Kanda, Emshi , Manabu Kojika, Yoko Ohwada, Kunimasa Yan, Hiroshi Hataya, Riku Hamada, Chikako Terano, Ryoko Harada, Yuko Hamasaki, Junya Hashimoto, Shuichi Ito, Hiroyuki Machida, Aya Inaba, Takeshi Matsuyama, Kazakoih Goto,,, Masako Shide Ikezumi, Takeshi Yamada, Toshiaki Suzuki, Soichi Tamamura, Yukiko Mori, Yosh-ihiko Hidaka, Daisuke Matsuoka, Tatsuya Kinoshita, Shunsuke Noda, Masashi Kitahara, Naoya Fujita, Satoshi Hibino, Kazumoto Iijima, Hir Kaihi Nozu, Kazumoto Iijima, Kandai No Minamikawa, Tomohiko Yamamura, China Nagano, Tomoko Hori-nouchi, Keita Nakanishi, Junya Fujimura, Nana Sakakibara, Yuya Aoto, Shinya Ishiko, Ryojiro Tanaka, Kyoko Kanda, Yosuke Inaguma, Yuya Hashimura, Tamoko Kamaihir Yuyau Shiban, Shingo Ishimori, Naos Kihiro Takeshima, Rika Fuji-maru, Hiroaki Ueda, Akira Ashida, Hideki Matsumura, Takuo Kubota, Taichi Kitaoka, Yusuke Okuda, Toshihiro Sawai, Tomoyuki Sakai, Yuko Shima, Taketsugu Hama, Mikiya Fujieda, Takuma Takuma, Masayuki Ishi Ithara Shimizu, Koji Nagatani, Shoji Kagami, Maki Urushihara, Yoshitsugu Kaku, Manao Nishimura, Miwa Yoshino, Ken Hatae, Maiko Hinokiyama, Rie Kuroki, Yasufumi Ohtsuka, Masafumi Oka, Shinji Nishimura, Hitos Tadashi Zanaki, Se, Ayuko Tadashi Sato Nakazato, Hiroshi Tamura és Koichi Nakanishi

Gyermekek örökletes vesebetegségeinek koreai konzorciuma

Min Hyun Cho, Tae-Sun Ha, Hae Il Cheong, Hee Gyung Kang, Il-Soo Ha, Ji Hyun Kim, Peong Gang Park, Myung Hyun Cho, Kyoung Hee Han és Eun Mi Yang

Midwest Pediatric Nephrology Consortium (Nephrotic Genetics

szindróma tanulmányozó csoport)

Alejandro Quiroga, Asha Moudgil, Blanche Chavers, Charles Kwon, Corinna Bowers, Deb Gipson, Deepa Chand, Donald Jack Weaver, Elizabeth Abraham, Halima Janjua, Jen-Jar Lin, Larry Greenbaum, Mahmoud Kallash, Michelle Rheault, Nilka De Jesus Gonzalez Patrick Brophy, Rasheed Gbadegesin, Shashi Nagaraj, Susan Massengill, Tarak Srivastava, Tray Hunley, Yi Cai, Abiodun Omoloja, Cynthia Silva, Adebowale Adeyemo, Shenal Thalgahagoda, Jameela A. Kari és Sherif El Desk

NEPHROVIR

Mohammed Abdelhadi, Rachida Akil, Sonia Azib, Romain Basmaci, Gregoire Benoist, Philippe Bensaid, Philippe Blanc, Olivia Boyer, Julie Bucher, Anne Chace, Arnaud Chalvon, Marion Cheminee, Sandrine Chendjou, Patrick Daoud, Georges Deschêsas, Claire Dos Eliier , Chantal Gagliadone, Vincent Gajdos, Aurélien Galerne, Evelyne Jacqz Aigrain, Lydie Joly Sanchez, Mohamed Khaled, Fatima Khelfaoui, Yacine Laoudi, Anis Larakeb, Tarek Limani, Fouad Mahdi, Alexis Mandelcwaijg, Stephan B Natric Na Mullecer, Kavieem Natric Na Mullecer, Kavieem B Pellego , Isabelle Pharaon, Véronica Roudault, Sébastien Rouget, Marc Saf, Tabassom Simon, Cedric Tahiri, Tim Ulinski és Férielle Zenkhri

KÖZZÉTÉTEL

Az MGS tanácsadói díjakat kapott a Maze Therapeuticstól. Az AS utazási támogatást kapott a Biofem Pharmaceuticalstól. A GD tanácsadói díjat kapott a Chiesitől és a Biocodextől, előadási díjat az Alnhylamtól, és utazási támogatást a Sanofitól. Az MV tanácsadói díjat kapott az Achillion Pharmaceuticalstól és a Gentium-Jasstól, előadási díjat a Sanofitól és támogatást az Alexion Pharmaceuticalstól. Kii tanácsadói díjakat kapott a Zenyaku Kogyotól. A többi szerző nem nyilatkozott egymással versengő érdekekről.

KÖSZÖNETNYILVÁNÍTÁS

Köszönetet mondunk minden páciensnek, aki részt vett ebben a vizsgálatban, és családjaiknak, valamint Yoshimi Nozu asszonynak és Ming Juan Ye asszonynak a technikai segítségüket. Köszönjük Minoru Nakamurának, Hitoshi Okazakinak és Mika Matsuhashinak a funkcionális tanulmányokban nyújtott támogatásukat. Köszönjük J. Ludovic Croxfordnak, Ph.D.-nek, az Edanz Group-tól (www.edanzediting.com/ac) a kézirat vázlatának szerkesztéséért.

A GWAS felfedezés változatainak összesített adatai a Japan National Bioscience Database Center adatbázisán keresztül érhetők el (kutatási azonosító: hum0126.v2.imp-GWAS.v1, https://humandbs. biosciencedbc.jp/en/hum{4}} v2).

Ezt a munkát támogatta: a Japán Orvosi Kutatási és Fejlesztési Ügynökség (AMED) JP17km0405108h0005 támogatási számon Kii, KIs, KN ​​és KT, valamint JP17km0405205h0002 és 18km0405205h0003 KT és MN; és a Japán Tudományfejlesztési Társaság (JSPS) a Tudományos Kutatási Támogatás keretében a Közös Nemzetközi Kutatást (B) 18KK0244 Kii, YH, TH, CN és KN részére. A tanulmány egy részét az Európai Kutatási Tanács ERC-2012-ADG_20120314 (322947 számú támogatási szerződés) és az Agence Nationale pours la Recherche "Genetransnephrose" ANR-16-CE{{17} támogatása finanszírozta. } PR-nak. Az RG-t a National Institutes of Health / National Institutes of Diabetes and Digestive and Kidney Diseases (NIH/NIDDK) 5R01DK098135 és 5R01DK094987 támogatások, a Doris Duke Charitable Foundation Clinical Scientist Development Award 2009 Award 2009033 díja, valamint a Duwardke Health Scholars díja támogatja. Az MGS-t a National Institutes of Health támogatása (R01-DK108805) támogatja. AzNefrotikus szindrómaA Study Network Consortium (NEPTUNE; U54-DK-083912) a National Center for Advancing Translational Sciences (NCATS) része. A Ritka Betegségek Klinikai Kutatóhálózatát (RDCRN) a Ritka Betegségek Kutatóhivatala (ORDR), az NCATS és az Országos Diabétesz-, Emésztő- és Vesebetegségek Intézete együttműködése támogatta. Az RDCRN az ORDER of NCATS kezdeményezése. A projekthez a Michigani Egyetem, a NephCure Kidney International és a Halpin Alapítvány további finanszírozást és/vagy programozási támogatást biztosított. A NEPHROVIR csoportot 2 támogatás támogatta Georges Deschênesnek a programból

Hospitalier de Recherche Clinique: PHRC 2007-AOM07018 és PHRC 2011-AOM11002 támogatás. A NEPHROVIR hálózatot a Robert Debré Kórház Gyermek Nephrológiai Osztálya, az "Unité de Recherche Clinique de l'Est Parisien" és a "Délégation de la Recherche Clinique de la Région Ile-de-France" koordinálja. Marina Vivarellit az Associazione per la Cura del bambino Nefropatico ONLUS (Organizzazione Non Lucrativa di Utilità Sociale) támogatta.

KIEGÉSZÍTŐ ANYAG

Kiegészítő fájl (PDF)

Kiegészítő megjegyzések. The Research Consortium on Genetics of Childhood IdiopathicNefrotikus szindrómaJapánban: Gyermekek örökletes vesebetegségeinek koreai konzorciuma, Midwest Pediatric Nephrology Consortium (Genetics ofNefrotikus szindrómatanulmányi csoport) és a NEPHROVIR.

Kiegészítő lépésenkénti feltételes elemzések a HLA régióban és a HLA finomleképezésében.

Kiegészítő módszerek.

S1 táblázat. Az NS definíciói.

S2 táblázat. Klinikai információk a GWAS felfedezésében és a nemzetközi replikációs vizsgálatban résztvevő betegekről.

S6 táblázat. Szignifikáns génkészletek P-értékkel < 0,05="" bonferroni-korrekció="" után="" magma-val="" végzett="">

S9 táblázat. Lépésenkénti feltételes elemzések a HLA régióban.

S10. táblázat. A HLA haplotípusok szignifikánsan kapcsolódnak a japán gyermekkori SSN-ekhez a felfedezés szakaszában, HLA-imputációs adatok felhasználásával. S11 táblázat. A HLA allélek szignifikánsan kapcsolódnak a japán gyermekkori SSN-ekhez a felfedezés szakaszában, HLA-imputációs adatok felhasználásával. S16 táblázat. HLA-DRB1-DQB1 haplotípusok asszociációs elemzése gyermekkori SSN-ekkel a felfedezés szakaszában HLA-imputációs adatok felhasználásával. S19 táblázat. HLA-ACB-DRB1-DQB1-DPA1-DPB1 haplotípusok asszociációs elemzése gyermekkori SSN-ekkel a felfedezés szakaszában HLA-imputációs adatok felhasználásával.

S20 táblázat. A HLA-DRB1*08:02–DQB1*03:02 és HLA-DRB1*13:02–DQB1*06:04 homozigótái, valamint a HLA-DRB1*08:02– DQB1*03:02 és HLA-DRB1 heterozigótái *13:02–DQB1*06:04 a felfedezés szakaszában HLA-imputációval.

S21 táblázat. Örökölhetőség becslése autoszomális variánsokkal a felfedező japán mintakészletben.

S1 ábra. A főkomponens-elemzés a GWAS felfedezésben a HapMap III. fázisú minták felhasználásával referenciaként (113 utahi lakos észak- és nyugat-európai származású [CEU], 113 joruba Ibadanban [YRI], 84 han kínai Pekingben [CHB] és {{ 4}} japán Tokióban [JPT]).

S2 ábra. A GWAS felfedezésének ereje.

S3 ábra. Az SNP-k P-értékeinek kvantilis-kvantilis (Q-Q) diagramja, logisztikus regresszióval kiszámítva, a nem és a PC1-4 kiigazításával (987 eset gyermekkori SSN-ekkel és 3206 egészséges kontroll). S4 ábra. Feltételes elemzés a 19-es kromoszómán lévő jelölt lókuszban.

S5 ábra. Feltételes analízis a 9. kromoszómán lévő jelölt lókuszban.

S6 ábra. Feltételes elemzés a 18-as kromoszómán lévő jelölt lókuszban.

S7 ábra. A replikációra kiválasztott 5 SNP helye és megjegyzése az NPHS1-KIRREL2 régióban (A).

S8 ábra. A MAGMA génalapú tesztjének manhattani diagramja. S9 ábra. Lépésenkénti feltételes elemzések a HLA régióban. S10 ábra. Az SNP-alapú öröklődés becslése a japán populációban.

S11 ábra. Az NPHS1 allél-specifikus expressziójának sematikus diagramja. Mind a kockázatos, mind a nem kockázatos minták ugyanazt az összértéket mutatják.

Kiegészítő fájl (Excel)

S3 táblázat. Változatok, amelyek P értéke < 1e–05="" a="" gwas="" felfedezésben.="" s4="" táblázat.="" a="" replikációs="" kohorszok="" ereje="" a="" jelölt="" snp-k="">

S5 táblázat. Az egész genomra kiterjedő jelentős gének, amelyek a gyermekkori SSN-ekhez kapcsolódnak a MAGMA felfedezésének szakaszában.

S7 táblázat. A 4 jelentős génkészletben szereplő gének a MAGMA génkészlet-analízisében.

S8 táblázat. A GTEx adatbázisban és a NephQTL eQTL böngészőben a 19. kromoszóma jelölt régiójában < 0,05="" p-értékű="" változatok="" (36,2–36,6="">

S12 táblázat. HLA I. osztályú gének HLA allél asszociációs elemzése gyermekkori SSN-ekkel a felfedezés szakaszában HLA-imputációs adatok felhasználásával. S13 táblázat. HLA allél asszociációs elemzések HLA II osztályú gének gyermekkori SSN-ekkel a felfedezés szakaszában HLA-imputációs adatok felhasználásával. S14 táblázat. HLA-AB haplotípusok asszociációs elemzése gyermekkori SSN-ekkel a felfedezés szakaszában HLA-imputációs adatok felhasználásával. S15 táblázat. HLA-ACB haplotípusok asszociációs elemzése gyermekkori SSN-ekkel a felfedezés szakaszában HLA-imputációs adatok felhasználásával. S17 táblázat. HLA-DRB1-DQB1-DPB1 haplotípusok asszociációs elemzése gyermekkori SSN-ekkel a felfedezés szakaszában HLA-imputációs adatok felhasználásával.

S18 táblázat. HLA-DRB1-DQB1-DPA1-DPB1 haplotípusok asszociációs elemzése gyermekkori SSN-ekkel a felfedezés szakaszában HLA-imputációs adatok felhasználásával.

IRODALOM

1. Noone DG, Iijima K, Parekh R. Idiopathicnefrotikus szindrómagyermekeknél. Gerely. 2018;39:61–74.

2 Chanchlani R, Parekh RS. Etnikai különbségek a gyermekkorbannefrotikus szindrómaFrant Pedat.2016y:39.

3 Kikunaga K bhikuaK Terano C et al Az idiopátiás nephrosis szindróma magas incidenciája kelet-ázsiai gyermekeknél: országos felmérés Japánban (JP-SHINE vizsgálat).Clin Exp Nephral.2017;21651-657.

4 Fehér RH. A családnefrotikus szindrómaLA európai felmérés. ClnNephral. 19731215-219.