A vesebetegségben szenvedő betegek genetikai vizsgálatának áttekintése: az egyetlen nukleotid variánsok diagnosztikai hozama és a kópiaszám-változatok értékelése a vese fenotípus-csoportokon belül és azokon belül

AbsztraktGenetikai vesebetegségrendellenességek sokféle csoportját foglalja magában. Ezeket nagyjából a veleszületett rendellenességek fenotípus-csoportjaira oszthatjukvese és húgyutak, ciliopathiák, glomerulopathiák, kőbetegségek, tubulointerstitialis vesebetegség és tubulopathiák. Számos etiológia vezethet krónikus vesebetegséghez, amely végstádiumú vesebetegséggé alakulhat. Annak ellenére, hogy minden egyes betegség ritka, ezek a genetikai rendellenességek együttesen a vesebetegségek nagy részét teszik ki. A masszív párhuzamos szekvenálás bevezetésével a genetikai tesztelés elérhetőbbé vált, de hiányzik a diagnosztikai hozam átfogó elemzése. Ez az áttekintés áttekintést ad a genetikai tesztelés diagnosztikus hozamáról a vesebetegség fenotípusainak teljes skáláján belül, szisztematikus szakirodalmi keresésen keresztül, amely 115 cikket eredményezett. A diagnosztikai hozamot befolyásoló beteg-, teszt- és kohorszjellemzők kiemelve. A kópiaszám-változások kimutatását és a diagnosztikai hozamhoz való hozzájárulásukat minden fenotípus-csoport esetében ismertetjük. Továbbá a genetikai diagnózis hatása a betegre és a családtagokra, ami diagnosztikus lehet,gyógyászati, és prognosztikai, keresztül látható acikkeket tartalmazott. Ez az áttekintés lehetővé teszi a klinikusok számára, hogy előzetesen megbecsüljék annak valószínűségét, hogy betegeikben genetikai okot találnak vesebetegségre.

KULCSSZAVAK:CKD, CNV,diagnosztikai hozam, genetikai tesztelés, MPS, nephrogenesis, felülvizsgálat

KATTINTSON IDE, HA TUDJA ISMERNI A CISTANCHE-T A CKD KEZELÉSÉRE

1|BEVEZETÉS

Genetikai vesebetegségekA rendellenességek heterogén csoportját alkotják, amelyek bár egyenként többnyire ritkák, együttesen gyakoriak és fontosak a megállapításuk (Groopman et al., 2019). Vesebetegeknél a genetikai ok azonosítása elengedhetetlen a betegek és családtagjaik számára. A genetikai diagnózis a beteg számára etiológiai ismereteket, személyre szabott kezelést, valamint prognózissal és családtervezési lehetőségekkel kapcsolatos tanácsadást eredményezhet. A családtagok tanácsot kaphatnak a tünetmentes vizsgálatokról és szűrési lehetőségekről. A genetikai diagnózis az élettel kapcsolatos veseadásnál is fontos lehet. A genetikai vesebetegségnek különböző kategóriái különböztethetők meg (Hildebrandt, 2010). Egy fontos klinikai kép a krónikus vesebetegség (CKD), amely végstádiumú vesebetegséggé (ESKD) fejlődhet, amely magas betegségteherrel jár (Coresh, 2017). Számos etiológia vezethet ehhez a végső közös végponthoz (Groopman et al., 2019). Általánosságban elmondható, hogy genetikai vesebetegségben a több génben található patogén variánsok egyetlen fenotípust (genetikai heterogenitást) okozhatnak, és egy adott génben lévő patogén variánsok többféle klinikai megjelenést mutathatnak (pleiotrópia) (Stokman et al., 2016).

A korábban következő generációs szekvenálásként emlegetett tömegesen párhuzamos szekvenálás (MPS) bevezetése elérhetőbbé tette a monogén vesebetegségek (MKD) vizsgálatát, és így könnyebbé tette az MKD diagnosztizálását. Ez sok új felismeréshez vezetett, de hiányzik a fenotípusokon belüli és a diagnosztikai hozam átfogó elemzése. A genetikai tesztelés valószínű diagnosztikai hozamának becslése egy adott betegben elengedhetetlen a monogén betegség diagnosztizálásának esélyének meghatározásához a genetikai vizsgálat elvégzése során. Ez a becsült hozam, olyan tényezőkkel együtt, mint a költségek, a rendelkezésre állás, de a beteg és/vagy a szülők sajátos szükségletei is, például a családtervezéssel vagy az életvitelhez kapcsolódó vesedonációval, a genetikai vizsgálattal kapcsolatos közös döntéshozatalt segítik elő. Számos tanulmány számol be a potenciálisan genetikai vesebetegség fenotípusainak genetikai vizsgálatának eltérő diagnosztikai hozamáról. Az eltérő jelentett diagnosztikai hozamok (a) a páciens jellemzőiben, (b) a genetikai teszt jellemzőiben és/vagy (c) a kohorsz jellemzőiben mutatkozó különbségek következményei lehetnek. A diagnosztikai eredményt befolyásoló betegtényezők a pozitív családi anamnézis, az extrarenális jellemzők, a szindróma megjelenése és a súlyos betegség, beleértve a betegség korai kezdetét és az ESKD jelenlétét (Knoers et al., 2022). A jelentett hozamot befolyásoló tesztjellemzők az elemzett gének száma (minden génre [exóm] vagy maximum genomra kiterjedően), hogy a kópiaszám-variációkat (CNV-k) értékelik-e, végeznek-e további vizsgálatokat nehéz genomiális régiókra ( pl. a MUC1 és a PKD1 1. exonja), de azt is, hogy végeznek-e trioanalízist (gyermek és mindkét szülő tesztelve) és szegregációt a további variánsok osztályozása érdekében. Emellett a kohorsz sajátosságai is fontosak lehetnek. Egy klinikai kohorszban (az egymást követő esetekből) a fenotípusok gyakran kevésbé homogének, és a populáció jobban reprezentálja azokat a betegeket, akiket a saját klinikán látnak. Egy kutatási csoportban változó be- és kizárási kritériumokat alkalmaznak, a betegeket gyakran sok centrumból választják ki, a legtöbb genetikai diagnózisra gyanús esetek, és a diagnosztikai hozam eredményei nem mindig általánosíthatók diagnosztikai környezetre. Egy másik releváns változó lehet a kohorsz mérete.

Ebben az áttekintésben arra törekszünk, hogy meghatározzuk a genetikai tesztek diagnosztikai hozamát a potenciális genetikai vesebetegség fenotípusok teljes skáláján belül. A különböző hozamokat befolyásoló betegek, tesztek és kohorsz jellemzők kiemelve. Részletes és árnyalt áttekintést nyújtunk, amely segíthet mérlegelni a különböző publikációk jelentését, és a klinikai gyakorlat számára hasznos információkkal szolgálhat. Az összegyűjtött tanulmányok alapján kiemeljük a genetikai diagnózisok klinikai hatását is, és bemutatjuk, hogyan fejlődtek a genetikai tesztelési megközelítések az évek során.

1. TÁBLÁZAT A PubMed keresés végrehajtásához használt kifejezések készletei j Az (1) és (2) halmazt egy keresésbe egyesítettük az "AND" logikai operátor használatával. Ugyanez történt az (1) és (3) halmaz kifejezések halmazánál cím/absztrakt

(1) Vese VAGY vese VAGY Alport VAGY ADPKD VAGY ARPKD VAGY CAKUT VAGY ciliopathia VAGY nephronophthisis VAGY nephrol* VAGY nephron* VAGY nefrogén VAGY glomerulusok* VAGY urol* VAGY húgyúti VAGY tubulopathia* VAGY nephropathia

(2) Diagnosztikai hozam VAGY hozam VAGY genetikai teszt VAGY WES VAGY WGS VAGY teljes exóm szekvenálás VAGY teljes exóm szekvenálás VAGY teljes exóm VAGY teljes genom VAGY teljes exóm VAGY teljes genom VAGY génpanel VAGY génpanel VAGY többgénes panel VAGY többgén panel VAGY teljes genom szekvenálás VAGY MPS VAGY masszív párhuzamos szekvenálás VAGY masszív párhuzamos szekvenálás VAGY NGS VAGY következő generációs szekvenálás VAGY következő generációs szekvenálás VAGY exomikus szekvenálás VAGY genomi szekvenálás VAGY célzott génszekvencia* VAGY célzott szekvencia* VAGY célzott panel*

(3) CNV VAGY másolatszám-változat VAGY másolatszám-változat VAGY másolatszám-variancia VAGY SNP-tömb VAGY SNP-tömb VAGY tömb-CGH VAGY tömb CGH

2|MÓD

2.1|Tanulmányválasztás

Szisztematikus szakirodalmi kutatást végeztünk, hogy megválaszoljuk a kérdést: "Mi a genetikai vizsgálat diagnosztikus hozama bármilyen vesebetegségben, és milyen beteg-, kohorsz- és tesztjellemzők befolyásolják a diagnosztikai hozamot?" Ezt az értékelést nem vették nyilvántartásba egy értékelési adatbázisban. A PubMed adatbázisban 2021. április 2-án végeztek keresést az 1. táblázatban szereplő kifejezések használatával. Két bíráló egymástól függetlenül választotta ki a cikkeket előre meghatározott felvételi kritériumok alapján a Rayyan segítségével (Ouzzani, Hammady, Fedorowicz és Elmagarmid, 2016). A nézeteltéréseket konszenzussal vagy egy harmadik lektor segítségével oldották meg.

Mindezek a felvételi kritériumok kötelezőek voltak: (a) az elmúlt 10 évben megjelent eredeti cikk, (b) humán résztvevők, (c) a genetikai vizsgálatok diagnosztikai eredménye, amelyet jelentett vagy levezethető, (d) a betegek valamilyen vesebetegségben szenvedtek, és (e) ) legalább 30 független betegből álló kohorsz. A veserákra összpontosító cikkeket kizárták. További cikkeket azonosítottunk és vettünk fel hógolyóval.

2.2|Adatkinyerés

Az adatok kinyerése előre meghatározott adatmezők használatával történt. A vizsgálatokat a következő vesebetegség fenotípus-csoportokba sorolták: autoszomális domináns tubulointerstitialis vesebetegség (ADTKD), veleszületett vese- és húgyúti anomáliák (CAKUT), ciliopathiák (autoszomális domináns policisztás vesebetegségre [ADPKD] és egyéb/vegyes ciliopathiákra osztva) , glomerulopathia (nefrotikus szindróma [NS] és egyéb/vegyes), nephrolithiasis/urolithiasis, tauopathiák, ESKD és vegyes vesebetegség fenotípusai. Minden tanulmányhoz, részletek.

a betegek jellemzőiből, a kohorsz jellemzőiből és az elvégzett genetikai tesztből nyerték ki. A kivont kohorsz részletei a bevont betegek száma, a fenotípus és a kohorsz típusa (klinikai kohorsz vagy kutatási kohorsz). Egy kohorsz akkor tekinthető klinikai kohorsznak, ha a kohorsz egyértelműen meghatározott klinikai környezetből származott (pl. minden egymást követő veseátültetésen átesett beteg) és/vagy diagnosztikai környezetből származó genetikai vizsgálati eredményekről számolt be (pl. minden génre utalt beteg panelteszt). A betegek jellemzői a következők voltak: a családi esetek százalékos aránya, a rokonság százalékos aránya, az extrarenális jellemzőkkel rendelkező esetek százalékos aránya, a betegség kezdetének kora és az ESKD-ben szenvedők százalékos aránya. A genetikai teszthez a kivont részletek a következőket tartalmazták: a szűrt gének száma, valamint, hogy egyetlen nukleotid-variánst (SNV) és/vagy CNV-analízist végeztek-e. A CNV analízist elvégzettnek tekintettük, akkor is, ha csak egy gént értékeltünk. A CNV-ket itt úgy határoztuk meg, mint olyan törléseket vagy duplikációkat, amelyek túl nagyok ahhoz, hogy a hagyományos szekvenálással felvehetők legyenek. A genetikai teszt típusát (pl. MPS-alapú multigén panel, egy nukleotid polimorfizmus [SNP] array, teljes exome szekvenálás [WES], teljes genom szekvenálás [WGS] stb.) kivontuk, beleértve a CNV analízis típusát is. A diagnosztikai hozamot vagy a papírból vettük át, vagy az adatokból számítottuk ki. A valószínű patogén variánsok és patogén variánsok a diagnosztikai hozamban szerepeltek, kivéve, ha a variánsok besorolásának részleteit a szerzők nem határozták meg. Ebben az esetben a szerzők által közölt hozamot kivonták. Ha a szerzők aberráns kifejezést használtak a változatok leírására (azaz a [valószínűleg] patogéntől eltérő kifejezést, pl. "valószínűleg betegséget okozó" vagy "potenciálisan patogén"), ezt a kifejezést és a kapcsolódó termést kivonták. Az egyes cikkekben a változatok értékelésére használt kritériumokat is feljegyezték. A jelölt gének nem szerepeltek a diagnosztikai hozamban, de a "figyelemre méltó" alatt kiemelték. A diagnosztikai hozamot fenotípusonként számítottuk ki és jegyeztük fel vegyes fenotípusú kohorszokban. Amikor részletek álltak rendelkezésre arról a kohorszról, amelyből a vizsgált populáció származott, a nagyobb kohorszra extrapolált diagnosztikai hozamot is kiszámították (pl. amikor a transzplantált betegek egy meghatározott alcsoportját genetikailag tesztelték, a diagnosztikai hozamot a teljes egészre extrapolálták transzplantált betegek kohorsza). Ha jelentették, az ismeretlen jelentőségű változattal rendelkező esetek százalékos arányát kivonták. Kiszámítottuk a hozamot is kizárólag a CNV-k alapján, és meghatároztuk, hogy a jelentett diagnosztikai hozam hány százaléka magyarázható CNV-kkel. Amikor a vizsgálat olyan betegjellemzőről számolt be, amely pozitívan befolyásolta a diagnosztikai hozamot, ezt megjegyezték. Minden további releváns részletet is kivontak. Végül meghatároztuk azon gének számát, amelyek a diagnosztikai hozam felső 50%-áért felelősek. A felelős géneket feljegyeztük, kivéve, ha a gének csak egy pozitív esetért és/vagy több génért feleltek a végső százalékokért.

2,3|Adatvizualizáció

Az adatokat a kohorsz, a beteg és a teszt jellemzőinek, valamint a fenotípus-csoportonkénti diagnosztikai hozamra vonatkozó eredmények összefoglaló táblázatban történő összevonásával foglaltuk össze. Az összes vizsgálat részletesebb áttekintését betegségcsoportonként külön táblázatokban foglaltuk össze. Először megvizsgáltuk a betegek jellemzőit, amelyek pozitívan befolyásolják a diagnosztikai eredményt egyetlen vizsgálaton belül, és ezt az összefoglaló táblázatban ismertettük. Ezt követően felmértük a betegek, a kohorsz és a teszt jellemzőinek hatását a különböző vizsgálatok között. E jellemzők hatásának megjelenítésére SPSS (26-os verzió, IBM, New York, NY) segítségével szórványdiagramokat, dobozdiagramokat és kördiagramokat készítettek, hogy megvizsgálják a két kvantitatív változó közötti kapcsolatot egyetlen vizsgálaton belül, az összes tanulmányban. A rendkívül változó vizsgálatokból származó adatok túlértelmezésének elkerülése érdekében úgy döntöttünk, hogy csak vizuálisan ábrázoljuk az adatokat, és nem végzünk statisztikai teszteket.

3|EREDMÉNYEK

A PubMed keresése 5361 dolgozatot eredményezett. A cím, az absztrakt és a teljes szöveg átvilágítása után 98 dolgozat maradt, amelyek megfeleltek a bekerülési feltételeknek. Tizenhét cikket is azonosítottak, és hógolyózás révén bekerültek.

A 2. táblázat áttekintést ad a bejelentett hozamokról betegségcsoportonként. Betegségcsoportonként 4-25 cikket vettek fel, különböző beteg-, teszt- és kohorsz-jellemzőkkel vizsgálatonként. A diagnosztikai eredmények nagymértékben különböztek az egyes betegségcsoportokon belül és a különböző betegségcsoportok között (2. táblázat; 1a. ábra). A legalacsonyabb diagnosztikai hozamot a CAKUT betegségcsoportban, a legmagasabb diagnosztikai hozamot a ciliopathiás csoportban találtuk, ezen belül pedig még magasabb hozamot az ADPKD csoportban. A CAKUT betegségcsoportban azonban a legmagasabb diagnosztikai hozamot találtuk kizárólag a CNV-k alapján (1b. ábra). Ha a nagyobb kohorszra extrapolált hozamot nézzük, gyakran alacsonyabb hozamot találunk, mint ahogy azt vártuk (2. táblázat). Ezek az értékek minimális diagnosztikai hozamot jelentenek a kiinduló populáció számára.

Az 1. kiegészítő táblázatban a betegségcsoportokat részletesebben mutatjuk be. A betegek, a kohorsz és a teszt jellemzőit, beleértve a figyelemre méltó részleteket is, egyedi vizsgálatonként írják le. Ha a rendelkezésre álló fenotípusonkénti diagnosztikai hozamot (különösen a vegyes vesebetegség fenotípusait lefedő 1h kiegészítő táblázatban) és a nagyobb származási populációra extrapolált diagnosztikai hozamot figyelembe veszik.

Öt tanulmány számolt be olyan ESKD-populációról, amely a transzplantációs műtétre várólistán volt, vagy veseátültetésen esett át (1g kiegészítő táblázat). A diagnosztikai hozam ezekben a vizsgálatokban 0,5% (csak teljes géndeléciók 20 génben) és 50,9% között volt a genetikailag tesztelt betegeknél a vizsgálat időpontjában. Ha ezt a veseátültetésen átesett (várólistás) betegek egyes extrapolált kohorszaira extrapoláljuk, a hozam 12,5 és 24,6% között volt.

Különböző betegségcsoportokból származó tíz tanulmány számolt be ismeretlen eredetű vesebetegségről (olyan betegek, akiknél a klinikai fenotípus nem mutat specifikus diagnózist). A fenotípus-csoportok ADTKD-t (1), ESKD-t (3) és vegyes vesebetegség-fenotípusokat (6) tartalmaznak. A diagnosztikai eredmény az ADTKD-re vizsgált, ismeretlen okból familiáris nephropájában szenvedő betegek populációjában 29,5% volt. A megoldatlan etiológiájú ESKD-t vizsgáló vizsgálatokban a diagnosztikai hozam 11,6 és 44,4% között volt. A hat vegyes vesebetegség fenotípusú vizsgálatban az ismeretlen eredetű nefropátiában szenvedő betegek hozama 17,1 és 56,3% között mozgott öt vizsgálatban, és egy vizsgálat 0%-os hozamról számolt be (csak öt betegnél volt ismeretlen eredetű nefropátia 204 betegből álló csoport). A 3. táblázat áttekintést ad a különböző vizsgálatok által kiemelt genetikai diagnózisok klinikai hatásáról, diagnosztikai hatásra, terápiás hatásra és prognosztikai hatásra osztva.

1. ÁBRA Diagnosztikai hozam a betegségkategóriákban. a) Diagnosztikai hozam betegségkategóriánként. A „vegyes vesebetegség fenotípusai” csoporton belüli specifikus fenotípusok felosztása nem adódik hozzá a megfelelő külön betegségcsoportokhoz, mivel a beteg/teszt/kohorsz jellemzői nem állnak rendelkezésre fenotípusonként az ebben a csoportban végzett vizsgálatokban. Zárójelben a benne foglalt tanulmányok száma. (b) A diagnosztikai eredmény csak a másolatszám-változás (CNV) kimutatásán alapul. Zárójelben a CNV-elemzést végző vizsgálatok száma. (c) A teljes diagnosztikai hozam százalékos aránya (a), amelyet a CNV-k magyaráznak (b). Zárójelben a tanulmányok teljes száma. Ez a (b) és (a) alpanelek aránya, amely megmutatja, hogy a CNV-teszt mennyiben járult hozzá a vizsgálatonkénti diagnosztikai hozamhoz.

3.1|A diagnosztikai hozamot befolyásoló jellemzők

3.1.1|A páciens jellemzői

Egy bizonyos vizsgálaton belül a diagnosztikai hozamot befolyásoló betegjellemzőket vizsgálva azt találjuk, hogy több tanulmány is pozitív hatást gyakorolt ​​a diagnosztikai eredményre pozitív családi anamnézis (n=18 vizsgálat), rokonság (n=12), extrarenalis alapján. jellemzők (n=16), a betegség korai kezdete (n=14) és ESKD (n=8) a 2. táblázatban és az 1. kiegészítő táblázatban leírtak szerint. Néhány további jellemző is említésre kerül specifikus fenotípusok, alacsonyabb poszttranszplantációs kiújulás és a szteroid-rezisztens NS (SRNS) fenotípusú immunszuppresszív szerekre adott válasz hiánya (2. táblázat).

Ha ugyanazokat a változókat (családi anamnézis, extrarenális jellemzők, a betegség korai kezdete és ESKD) értékeljük a vizsgálatok között, egyértelműen látjuk, hogy azokban a kohorszokban, ahol magas a családi esetek aránya, és azokban a kohorszokban, ahol magas az extrarenális esetek aránya, a diagnosztikai hozam magasabb (2a,b ábra). Nem látjuk azonban ugyanezt az egyértelmű mintát azokban a kohorszokban, ahol magas a rokonság vagy az ESKD magas százaléka (2c, d ábra). Ha megvizsgáljuk azokat a kohorszokat, ahol a felnőttkori megbetegedések magas százaléka, a diagnosztikai hozam alacsony és magas százalékát is találjuk (2e. ábra). Azokban a kohorszokban, amelyekben nincs (0%) felnőttkori eset, ugyanezt látjuk, és az alacsony hozamú vizsgálatok nagy részét a CAKUT csoport magyarázza. A CNV analízis fontosságát kiemeli a 2f ábra, ahol a gyermekkorban kezdődő betegségekben magas diagnosztikai hozam figyelhető meg a felnőttkori betegségekkel összehasonlítva.

3.1.2|A kohorsz jellemzői

A 3a ábrán a vizsgált betegek számát mutatjuk be egy kohorszban a diagnosztikai hozamhoz viszonyítva. Azt tapasztaljuk, hogy a nagyobb kohorszokban csökken a diagnosztikai hozam. Ha összehasonlítjuk a klinikai kohorszok diagnosztikai hozamát reprezentáló boxplotokat a kutatási kohorszokkal, úgy tűnik, hogy nincs egyértelmű különbség (3b. ábra). A diagnosztikai hozamot a vizsgált klinikai kohorszban használtuk, nem az extrapolált kohorszban, mivel az extrapolált kohorszra vonatkozóan nem mindig álltak rendelkezésre adatok.

3.1.3|Vizsgálati jellemzők A 4. ábra a vizsgálatok közötti vizsgálati jellemzőket mutatja be. Úgy tűnik, hogy minél nagyobb az elemzett gének száma, annál alacsonyabb a diagnosztikai hozam (4a. ábra). Amikor a szekvenálási megközelítéseket a diagnosztikai hozamhoz viszonyítottuk, azt találtuk, hogy az egyetlen géntesztelés alacsonyabb diagnosztikai hozamot eredményezett, mint amikor több gént (2–10) teszteltünk, és ugyanezt tapasztaltuk kis génpaneleknél is (<100) versus large gene panels (Supplementary Figure 1). However, the categories WES/WGS and SNP-array had a lower yield than the previously mentioned categories. 47/115 studies assessed SNVs, 12/115 assessed only CNVs and 55/115 assessed both (Figure 4b). As shown in Figure 4c, we found that the diagnostic yield was highest in cohorts where both SNVs and CNVs were assessed, and lowest in cohorts that only assessed CNVs. We saw that over the years there has been a shift from focusing either on SNVs or CNVs to including both in genetic testing (Supplementary Figure 2). There has also been a shift from enrichment-based panels to an exome-based approach. Noticeably in CNV testing, there is a shift toward the use of MPS-based CNV-calling.

3.1.4|CNV elemzés

A CNV-ket leggyakrabban a CAKUT, ciliopathia, tauopathiák, ESKD és vegyes vesebetegség fenotípusú betegségcsoportokban értékelték. Nephrolithiasis/urolithiasis esetén a CNV-ket soha nem értékelték. A kizárólag CNV-teszten alapuló diagnosztikai eredmény a CAKUT betegeknél volt a legmagasabb, ezt követte a vegyes fenotípusú és ciliopathiás betegségcsoport. A CNV-k hozzájárulása a diagnosztikai hozamhoz szintén a CAKUT és a ciliopathia csoportban volt a legmagasabb. Amikor a vizsgálatok a CNV-ket és az SNV-ket egyaránt értékelték, a CAKUT-ban és a tauopathiában találtuk a CNV-k legmagasabb százalékát (1c. ábra). A Gitelman(szerű) tubulopathiát okozó HNF1B deléciók magyarázatot adtak a CNV-k magas százalékára az utóbbiban. Különféle CNV-tesztelési megközelítéseket alkalmaztak, a legmagasabb hozamot egyetlen génteszttel és tömb alapú CNV-teszttel értek el (3. kiegészítő ábra).

3.2|Alap gének

Az összes bevont tanulmányban korlátozott számú gén volt felelős a megmagyarázott esetek nagy százalékáért, ahogy az 5. ábrán látható. Azt találtuk, hogy legfeljebb 10 gén felelős a megoldott esetek legalább 50%-áért, gyakran csak egy-négy gén. felelős gének. Az ADTKD és APDKD fenotípusú csoportokban egyetlen vizsgálatban csak egy gén (UMOD vagy MUC1 és PKD1) volt felelős a jelentett hozam 50%-áért. De a különböző vesebetegség fenotípusokkal rendelkező fenotípus-csoportokban is azt találtuk, hogy legfeljebb 10 gén variánsai a diagnosztikai hozam 50%-át teszik ki. Az 50%-os legmagasabb hozamért felelős gének a (b) panelen jelennek meg. A tanulmányonkénti részletek a 3. kiegészítő táblázatban találhatók.

2. ÁBRA A diagnosztikai eredmény és a beteg jellemzői közötti kapcsolatot bemutató szórásdiagramok. A legenda számos olyan vizsgálatot ír le, amelyekre vonatkozóan rendelkezésre álltak adatok a páciens ezen jellemzőiről. A színek azt a betegségcsoportot jelzik, amelyből a vizsgálat származott. Minden pont azt jelenti, hogy egy adott vizsgálat hány százaléka volt az adott kohorszban, és milyen diagnosztikai eredményt kaptak ugyanabból a vizsgálatból. (a) A pozitív családi anamnézissel rendelkező esetek százalékos aránya a diagnosztikai hozamhoz viszonyítva. (b) Az extrarenalis jellemzőkkel rendelkező esetek százalékos aránya a diagnosztikai hozamhoz viszonyítva. c) A rokon családból származó esetek százalékos aránya a diagnosztikai hozamhoz viszonyítva. (d) A végstádiumú vesebetegségben (ESKD) szenvedő esetek százalékos aránya a diagnosztikai hozamhoz viszonyítva. e) Azon esetek százalékos aránya, amikor a betegség felnőttkorban jelentkezett a diagnosztikai hozamhoz viszonyítva. (f) A felnőttkori betegséggel járó esetek százalékos aránya a diagnosztikai hozamhoz viszonyítva, csak a kópiaszám-variációk (CNV-k) alapján.

Támogató szolgáltatás:

E-mail:wallence.suen@wecistanche.com

Whatsapp/Tel.:+86 15292862950

Üzlet:

https://www.xjcistanche.com/cistanche-shop